TNT el mejor programa de parsimonia

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domingo, 27 de marzo de 2011

Mapas base para NDM (2)

Aquí les dejo otros mapas para usarlos con NDM:

Mexico














España













España (Islas Canarias)


Estados Unidos












Y este es el vínculo para la carpeta con las capas (shapefiles) de los mapas base

Si necesitan otro pais... pueden contactarme.

sábado, 26 de marzo de 2011

Mapas base para NDM

En esta oportunidad les traigo mapas base para utilizarlos como "map line" en el programa NDM. Aquí les dejo los links (en Box.net), donde tengo los archivos xyd:





























































Les remito la informacion que aparece en el manual de NDM (Szumik et al. 2006: 9)

"En este tipo de matrices VNDM permite poner de fondo los límites de un mapa. Esto se logra incluyendo al final del archivo:

map
line
66.217 21.767
66.183 21.783
66.167 21.800
66.117 21.817
66.067 21.833
66.050 21.850
66.050 21.867
66.050 21.883

Cada línea (máximo 300 líneas) del mapa puede tener hasta 5000 referencias planas. Nótese que si se termina de definir la península de Yucatán y se pasa a la costa occidental de México debe definirse una nueva línea, sino ese salto aparecerá dibujado también en el mapa. También es posible editar las líneas en modo gráfico y salvar posteriormente las coordenadas resultantes".

Un ejemplo de estos mapas base.. lo tienen en la siguiente figura:

Tomada de:

CASAGRANDA M , DOLORES; ROIG-JUNENT, SERGIO and SZUMIK, CLAUDIA . Endemismo a diferentes escalas espaciales: un ejemplo con Carabidae (Coleóptera: Insecta) de América del Sur austral. Rev. chil. hist. nat. 2009, vol.82, n.1, pp. 17-42 .

lunes, 14 de marzo de 2011

MartiTracks en linux

Hace unos dias, un amigo colocó en su blog los pasos para correr Martitracks en linux:

aqui les dejo el enlace: Biogeografía y Martitracks

Para los que no lo conocen... Martitracks es un nuevo programa para realizar trazos individuales y generalizados:



imagen tomada de http://axiompanbiog.com/martigtrack.aspx

jueves, 10 de marzo de 2011

Morfometría y Filogenia

En este tutorial, les mostrare como pasar de una matriz TPS del tipo:

LM=18
619 154
303 206
42 209
24 188
24 162
33 146
47 129
79 101
132 80
208 59
276 48
564 125
594 148
392 177
171 183
272 161
188 134
338 121
ID=AN1

A una matriz que puede utilizarse en TNT:

xread
'datos de mosquitos tomados de TPSTree'
1 11
& [ landmark 2d]
ANOPHELES 619,154 303,206 42,209 24,188 24,162 33,146 47,129 79,101 132,80
.
.
;

Con esta última, podremos obtener filogenias a partir de datos morfométricos.



Para hacer un analisis cladístico con landmarks. Tienen que descargar el script landsch.run.

Aqui les van los videos:

Parte1


Parte2


Parte3


Tambien es importante resaltar que en el ejemplo anterior, los datos morfométricos no fueron alineados (rotación, traslación y escalado a la talla centroide). En estos otros videos explicaremos como hacer esto.. y a su vez como nos quedaría la nueva matriz:

Parte4


Parte5


De esta forma al utilizar TnT + el script "landsch.run" obtenemos un cladograma: