Nuevo manual de Biogeografía práctica

Una buena noticia para los interesados en Biogeografía:

La enseñanza de la biogeografía es relativamente compleja, pues involucra conceptos y métodos de diferentes disciplinas y para muchos estudiantes es demasiado “teórica”, sin una conexión clara con la realidad biológica. Para mejorar su enseñanza y como resultado de invitar a diversos investigadores del área, un total de 106 autores de 40 instituciones contribuyeron con 131 prácticas que permiten aclarar conceptos y, a través de la aplicación de metodologías específicas, logran una concepción integral de la biogeografía, reafirmando los conocimientos teóricos que se imparten en clase.

Biogeografía práctica, fue pensado como complementario a libros de texto teóricos sobre biogeografía, por lo que consta de 131 ejercicios prácticos, agrupados en ocho unidades:

• Unidad 1: Introducción al estudio evolutivo de la diversidad y su distribución geográfica (prácticas 1-12).
• Unidad 2: Datos biogeográficos y herramientas analíticas (prácticas 13-29).
• Unidad 3: Conceptos biogeográficos (prácticas 30-63). 
• Unidad 4: Procesos biogeográficos (prácticas 64-76).
• Unidad 5: Geografía de la diversidad: biodiversidad y patrones ecológicos (prácticas 77-94). 
• Unidad 6: Reconstrucción de la historia biogeográfica de taxones (prácticas 95-102).
• Unidad 7: Biogeografía evolutiva de biotas (prácticas 103-115).
• Unidad 8: Biogeografía de la conservación (prácticas 116-131).

En este libro tuvimos la oportunidad de contribuir con la práctica N°43 (Unidad 3 "Conceptos biogeográficos"):

En la actividad utilizamos las distribuciones hipotéticas de animales del Mundo de Hielo y Fuego de G.R.R. Martin. Seguidamente, identificamos áreas de endemismo en las regiones de Westeros, Essos y Sothoryos.

Los archivos para las prácticas pueden obtenerlos acá:

https://libros.fciencias.unam.mx/biogeografia-practica/practicas.php

Más información de como adquirir el libro:

Biogeografía Práctica (versión PDF)

Primera edición

Tania Escalante, Erick A. García-Trejo, Juan J. Morrone (coordinadores)

Año 2024, Peso en MB: 41.1 MB

ISBN: 978-607-30-9190-9

Para mayores informes envíe un correo electrónico a: ventas.editoriales@ciencias.unam.mx

Programa py_tps2tnt

¡Hola a todos los entusiastas de la cladística!

Hoy quiero compartir con ustedes una emocionante herramienta que he desarrollado como parte de una nueva línea de investigación para optimizar las tareas en sus análisis filogenéticos: py_tps2tnt.

py_tps2tnt está diseñado para procesar archivos TPS con coordenadas x,y (con o sin escala), y exportarlos al formato de TNT para análisis filogenéticos vía parsimonia.

Funcionalidades principales de py_tps2tnt:

• Permite transformar archivos TPS que contienen múltiples individuos por taxón.
• Realiza alineamientos mediante Procrustes.
• Calcula promedios de configuración.
• Determina rangos para el tamaño centroide.
• Permite seleccionar distancias interlandmarks.
• Exporta diversos tipos de datos directamente al formato TNT.
• Puede lidiar con archivos TPS que incluyen varios especímenes.
• Calcula el tamaño centroide promedio (en formato de intervalo de confianza o media +/- ES).
• También puede exportar coordenadas promedio o intervalos de distancias interlandmarks (matrices EDMA).
• El usuario puede realizar el análisis generalizado de Procrustes (AGP) a partir de la configuración consenso, la configuración del primer ejemplar, o la configuración deseada.
• Finalmente, el archivo TNT resultante puede incluir el tamaño centroide, configuraciones promedio o alineadas, y matrices de distancia interlandmarks.

Para que puedan ver cómo funciona py_tps2tnt en la práctica, he preparado un tutorial en YouTube (en español):

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias), manual en PDF, y datos de ejemplo.

Actualizado 4/7/2025:

Acá podran descargar desde Dropbox el programa ejecutable (no requiere instalar Python + librerías); el archivo *.exe es aprox. 138mb

¡Espero que esta herramienta les sea de gran ayuda en sus investigaciones! Si tienen alguna pregunta o comentario, no duden en dejarlo en la sección de comentarios.