Para entender sobre filogenia y patrones de distribución de la biota. Ver blog en formato revista http://cladisticaybiogeografia.blogspot.com/view/magazine
19 de septiembre de 2011
Matrices para docencia en Biología Animal
16 de septiembre de 2011
Importando modelos de MaxEnt a un programa SIG
...y con esta presentación les muestro en 8 diapositivas como hacerlo (es muy sencillo):
Como vieron podemos resumirlo en tres pasos:
1) En MaxEnt cambiamos el archivo de salida de asc (defecto) a grd.
2) En DIVA-GIS abrimos la capa grid. Y manipulamos las categorías y colores a nuestro gusto.
3) En GVSIG insertamos la capa raster (archivo bmp).
Para los que tienen ArcView, no hay tanto problema. Solo deben importar el archivo asc y convertirlo a un GRID.
12 de septiembre de 2011
Nueva versión de NDM
Si no conocen el vínculo de descarga, aca se los coloco: http://www.lillo.org.ar/phylogeny/endemism/
Los archivos CulicidaeVenezuela1.xyd y CulicidaeVenezuela2.xyd, los utilizaré en esta entrada para indicarles como ejecutar NDM 3.0. El programa ahora debe abrir tres tipos de archivos, siguiendo este orden:
1) DAT file: contiene una matrix de "n" columnas x "m" filas con las presencias de las especies.
2) XYD file: contiene el archivo "clasico" de coordenadas (latitud y longitud) para cada especie.
3) NDM file: contiene las áreas.
Actualizado (2020): Ya esto no trae inconvenientes. Sólo con tener el archvo XYD se puede iniciar el programa y ver los datos. Sin embargo, tomen en en cuenta que es preferible si ya colocan estos comandos: autogrid, automatrix, fill x y, assume. Que se explican más abajo en esta entrada.
¿Qué pasa entonces si tratamos de ejecutar NDM 3.0, y solo tenemos el archivo XYD?
El programa da este error, porque ha solicitado el archivo DAT y no lo encuentra. Los archivos DAT y NDM son creados en las versiones anteriores de NDM una vez que se lee el archivo XYD. Sin embargo, en la nueva versión son requeridos al principio. Entonces ¿cómo hacemos para que lea nuestros datos XYD?
Hay dos formas, pero en ambos casos debemos usar la línea de comandos en MS-DOS (es muy sencillo!)
En esta doble ventana se aprecian a la izquierda el archivo CulicidaeVenezuela1.xyd y a la derecha el archivo CulicidaeVenezuela2.xyd. Solo difieren en que el primero no tiene separada las coordenadas por comas (por ello el nuevo comando nocommas). Tambien se aprecian en ambos archivos los siguientes comandos:
autogrid: Crea una cuadricula de tamaño dependiente de la densidad de puntos
automatrix: Una vez que lee los datos XYD, crea automaticamente la matrix DAT
fill x y: Llena celdas alrededor de los puntos, con cierto porcentaje de ancho y alto
assume x y: Llena celdas alrededor de los puntos, pero asumiendo los registros
El programa viene con un manual (en PDF) donde se explican estos y otros comandos.
Siguiente paso, vamos a la línea de comando del MS-DOS:
...y si el archivo XYD no tiene errores, podemos ver nuestros datos
8 de septiembre de 2011
Libro SIG gratis
Mancebo Quintana, Santiago y Ortega Pérez, Emilio y Martín Fernández, Luis y Valentín Criado, Ana Cristina (2009) LibroSIG: aprendiendo a manejar los SIG en la gestión ambiental: Ejercicios. Los autores, Madrid. ISBN 978-84-692-8534-3
Aquí les coloco el resumen (de los autores):
Es resultado de la recopilación de los ejercicios prácticos asociados a las clases impartidas durante más de 10 años en los cursos de SIG del Departamento de Construcción y Vías Rurales de la Escuela de Montes de la Universidad Politécnica de Madrid. Estos cursos de postgrado comparten el objetivo de ofrecer unos conocimientos teórico-prácticos suficientes para poder realizar adecuadamente la cartografía ambiental presente en multitud de proyectos relacionados con la gestión ambiental. Aunque los cursos difieren en duración y perfil del alumno: estudiantes del último año de carrera, recién licenciados, desempleados y profesionales. Hemos recopilado buena parte de los ejercicios, especialmente los de dificultad baja y media. Estos ejercicios son, básicamente, el resultado de adaptar y simplificar experiencias reales de los autores, proyectos fin de carrera, asesorías técnicas, etc., si bien alguno de los más básicos son invenciones de principio a fin. Con el objetivo de acercar el mundo real a los estudiantes, también la información suministrada es real y, la mayor parte, es una copia fidedigna de la información que distintas administraciones ofrecen. Por tanto, hay que tener presente que toda la información está sujeta a derechos de autor. Buena parte de esta información es de acceso libre, pudiéndose usar y distribuir libremente. Otra parte es libre sólo en el ámbito de la docencia y la investigación. En consecuencia, hay que tener muy presente que, por defecto, toda la información que se aporta en los ejercicios es para su uso exclusivo en la realización de estos ejercicios, quedando prohibido su uso, venta o distribución para cualquier otro fin, estando estos términos sujetos a los derechos de autor originales de cada unidad de información aportada. Cada capítulo es un ejercicio que consta de planteamiento y resolución paso a paso. La solución planteada en todos los casos es con el SIG ArcGis 9.2, si bien todos son susceptibles de ser realizados con cualquier otro SIG. Los capítulos están ordenados siguiendo el mismo orden y numeración que en el libro de teoría, en parte por dificultad de aprendizaje y en parte por orden natural, y en su conjunto cubren todas las fases típicas de un proyecto SIG de gestión ambiental del territorio. El orden natural aparece en el gráfico. Varios temas que aparecen en el esquema de proyecto cartográfico no están tratados en el libro de teoría ni en este de ejercicios: revisión bibliográfica, escaneado y tratamiento de imágenes. Tampoco hemos incluído ningún ejercicio específico de cambios de formato, si bien, sí se practica este punto como parte de otros ejercicios. Tampoco se trata la digitalización con GPS-PDA por requerir trabajo de campo.
Capítulo 1: Los SIG y ArcGIS
Capítulo 2: Visualización
Capítulo 3: Diseño de mapas
Capítulo 4: Análisis alfanumérico
Capítulo 5: Gestión de datos
Capítulo 6: Cambios de formato
Capítulo 7: Sistemas de referencia
Capítulo 8: Georreferenciación
Capítulo 9: Digitalización y edición
Capítulo 10: Digitalización con GPS-PDA
Capítulo 11: Análisis vectorial
Capítulo 12: Análisis ráster
Capítulo 13: Análisis de redes
Capítulo 14: Topología
Capítulo 15: Fuentes de información.
Descarga el PDF (aprox. 10 MB)
Descarga los ejercicios
5 de septiembre de 2011
Un flash sobre sistemática filogenética
Es una iniciativa desarrollada por la Universidad de los Andes, de Colombia.
Si deseas conocer sobre los otros temas, visita:
4 de septiembre de 2011
Mapas base para NDM (5)
Francia
Inglaterra
Italia
Shapefiles: Francia, Inglaterra e Italia.