Nuevo TNT Matrix Builder: Hacia un análisis cladístico con múltiples matrices sin complicaciones

En el mundo de la sistemática filogenética, uno de los retos más persistentes no es solo la interpretación de los resultados, sino la preparación técnica de los datos. Si alguna vez has intentado combinar manualmente una matriz de ADN con datos morfométricos continuos y caracteres discretos para TNT (Tree analysis using New Technology), sabes que un solo espacio en blanco o una etiqueta mal puesta puede hacernos perder tiempo.

Hoy les presento TNT Matrix Builder v1.0, una aplicación diseñada para cerrar la brecha entre la recolección de datos heterogéneos y el análisis cladístico profesional.

                                               

El desafío de la integración

Aunque plataformas como Mesquite son extraordinarias para la edición visual, la exportación de matrices combinadas que respeten la sintaxis estricta de TNT (como los bloques &[dna], &[num] o &[cont]) sigue siendo un proceso manual propenso a errores. Esta herramienta desarrollada en Python nace precisamente para facilitar la enseñanza en cursos de Sistemática y Cladística, permitiendo que los usuarios se concentren en las hipótesis biológicas y no en la depuración de archivos de texto.

Características Principales:

• Detección automática de datos: El software identifica si tus tablas contienen datos discretos o continuos basándose en el contenido, asignando las etiquetas correctas de forma inteligente.

• Morfometría integrada: Soporte completo para archivos TPS (Landmarks 2D), promediando automáticamente múltiples especímenes por taxón.

• Sincronización de taxones: ¿Faltan especies en algunos bloques? El programa gestiona la Unión o Intersección de taxones, rellenando huecos con datos faltantes (?) de forma automática.

• Normalización de nombres: Corrige automáticamente espacios y caracteres no permitidos, asegurando que TNT lea tu matriz a la primera.

Descarga y recursos

El programa está disponible como un ejecutable independiente para Windows, facilitando su uso en laboratorios y clases sin necesidad de instalaciones complejas de Python.

[ 📥 DESCARGAR TNT MATRIX BUILDER V1.0 AQUÍ ]

Este es el enlace de GitHub para código en Python y archivos de prueba.

Y acá les dejo un manual corto de como usarlo:

Programa py_tm2tnt

Hola de nuevo, apasionados de la cladística!

Continuando con las herramientas que hemos desarrollado para facilitar sus análisis, hoy les presento py_tm2tnt.

Este programa, diseñado en Python, les permite procesar archivos con datos morfométricos tradicionales (medidas) y exportarlos directamente al formato de TNT para análisis filogenéticos mediante parsimonia . py_tm2tnt puede manejar archivos CSV que incluyen varios especímenes por taxón, para lo cual solo requiere la lectura de un archivo CSV adicional con los conteos por especie. Una vez cargados los datos, el programa calcula intervalos (ya sea intervalos de confianza o la media +/- error estándar) y los exporta al formato compatible con TNT.

py_tm2tnt les ofrece la funcionalidad de realizar análisis estadísticos univariados para cada carácter, permitiendo elegir entre ANOVA o Kruskal-Wallis, y exportar los resultados a un archivo CSV.

Además he creado un video tutorial en youtube:

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias) y un manual en PDF.

Actualizado 4/7/2025:

Acá podran descargar desde Dropbox el programa ejecutable (no requiere instalar Python + librerías); el archivo *.exe es aprox. 138mb

Y acá pueden consultar el artículo publicado:

Liria J, Soto-Vivas A. 2025. py_tps2tnt y py_tm2tnt: dos programas en Python para procesamiento de datos morfométricos para análisis cladísticos con TNT. Revista peruana de biología 32(2): e30018 001 - 006 (Julio 2025). doi: https://dx.doi.org/10.15381/rpb.v32i2.30018

¡Espero que esta herramienta les sea de gran utilidad en sus investigaciones! Si tienen alguna pregunta o comentario, no duden en dejarlo.

Programa py_tps2tnt

¡Hola a todos los entusiastas de la cladística!

Hoy quiero compartir con ustedes una emocionante herramienta que he desarrollado como parte de una nueva línea de investigación para optimizar las tareas en sus análisis filogenéticos: py_tps2tnt.

py_tps2tnt está diseñado para procesar archivos TPS con coordenadas x,y (con o sin escala), y exportarlos al formato de TNT para análisis filogenéticos vía parsimonia.

Funcionalidades principales de py_tps2tnt:

• Permite transformar archivos TPS que contienen múltiples individuos por taxón.
• Realiza alineamientos mediante Procrustes.
• Calcula promedios de configuración.
• Determina rangos para el tamaño centroide.
• Permite seleccionar distancias interlandmarks.
• Exporta diversos tipos de datos directamente al formato TNT.
• Puede lidiar con archivos TPS que incluyen varios especímenes.
• Calcula el tamaño centroide promedio (en formato de intervalo de confianza o media +/- ES).
• También puede exportar coordenadas promedio o intervalos de distancias interlandmarks (matrices EDMA).
• El usuario puede realizar el análisis generalizado de Procrustes (AGP) a partir de la configuración consenso, la configuración del primer ejemplar, o la configuración deseada.
• Finalmente, el archivo TNT resultante puede incluir el tamaño centroide, configuraciones promedio o alineadas, y matrices de distancia interlandmarks.

Para que puedan ver cómo funciona py_tps2tnt en la práctica, he preparado un tutorial en YouTube (en español):

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias), manual en PDF, y datos de ejemplo.

Actualizado 4/7/2025:

Acá podran descargar desde Dropbox el programa ejecutable (no requiere instalar Python + librerías); el archivo *.exe es aprox. 138mb

Y acá pueden consultar el artículo publicado:

Liria J, Soto-Vivas A. 2025. py_tps2tnt y py_tm2tnt: dos programas en Python para procesamiento de datos morfométricos para análisis cladísticos con TNT. Revista peruana de biología 32(2): e30018 001 - 006 (Julio 2025). doi: https://dx.doi.org/10.15381/rpb.v32i2.30018

¡Espero que esta herramienta les sea de gran ayuda en sus investigaciones! Si tienen alguna pregunta o comentario, no duden en dejarlo en la sección de comentarios.

Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución (updated)

En estos tiempos de aislamiento social y restricciones de movilidad, producto de la pandemia por COVID19 (acá una aplicación web sobre el estatus de la pandemia), muchos de nosotros esperamos encontrarnos con eventos de este tipo.

Se trata de la I Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución, la cual pretende llegar a las personas con restricciones económicas para asistir a reuniones científicas con intereses en tópicos de la biología evolutiva.

La inscripción es muy sencilla...ingresa acá

El evento tendrá lugar los días 28, 29 y 30 de julio a través de sesiones de Zoom. El idioma de las charlas es elegible por los hablantes (del inglés, español o portugués). Pero las diapositivas / presentaciones y multimedia deben estar en inglés.

El evento se divide en seis simposios que cubren una amplia variedad de disciplinas. Cada simposio tendrá un orador principal y cuatro charlas.

Gracias totales... J. Grosso, A. Adruchow-Colombo, J. S Arias, A. Torres, y demás organizadores.





Actualización al 30-7-2020:

Así quedaron las ponencias y sesiones de posters:










 







Y acá la foto de parte del grupo que asistimos,... pero les digo,...había más de 1000 participantes:

Taller intensivo Morfometría Geométrica 2018

Hola a tod@s

A continuación se remiten fotografías del Taller Morfometría Geométrica dictado del 2 al 6 de julio en la Facultad de Cs. Biológicas de la Universidad Central del Ecuador (UCE). Esta capacitación se realizó en el marco del V Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica (ver entrada pasada con la información).

Entre los cursantes tuvimos estudiantes de Biología UCE (6to, 7mo, 8vo y 9no semestres), así como estudiantes y egresados de otras instituciones: Universidad de Azuay, Universidad de las Américas, y Universidad San Francisco de Quito. 

 

 

Curso de Posgrado en análisis Filogenético 2017 - Argentina

Del 20 al 24 de noviembre del 2017 se estará realizando:

Taller intensivo de Cladística - Universidad Central del Ecuador 2017

La semana del 26 al 30 de julio, tuve la oportunidad de dictar junto al PhD. Juan Carlos Navarro (Docente-Investigador de UISEK), el taller de Cladística en la Universdiad Central del Ecuador (UCE). Este taller teórico-práctico fue organizado por la Docente-Investigadora de la UCE PhD. Ana Soto-Vivas y auspiciado por la Jornada científica IV Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica. La Jornada tuvo el propósito de incentivar la divulgación de la producción científica nacional e internacional en las diferentes disciplinas de la Biología y áreas afines. El evento tuvo como eje central el tema EVOLUCIÓN e incluyó tres días de conferencias. Contó con charlas magistrales, exposiciones de trabajos libres, concurso de fotografía y diversos talleres.

El taller de Cladística tuvo una participación de 20 personas: 16 estudiantes de 3ero, 7mo y 8vo semestre de la Carrera Ciencias Biológicas, dos egresados de la UCE, y dos profesionales de otras instituciones.

Les coloco el contenido del curso:

1. Bases teóricas de la Cladística.

2. Codificación y polaridad de caracteres.

3. Construcción de árboles.

4. Estimadores y estadísticos en árboles.

5. Morfofilogenias (Morfometría geométrica y cladística).

6. Cladística, ADN y métodos alternativos.

7. Aplicaciones de la Cladística.

Actividades prácticas:

1. Construcción de árboles por argumentación de Hennig.

2. Elaboración de matrices con Mesquite

3. Manejo de programas de inferencia filogenética: Uso de TNT

La guía N°3:

Práctica n3 Cladística UCE de Universidad Regional Amazónica IKIAM / Universidad de Carabobo

...y las fotos del curso:

 

Charla sobre cuantificación del fenotipo mediante morfometría geométrica

Acá les muestro la charla que tuve en la Universidad Regional Amazónica IKIAM:

Los humanos en su afán de organizar y clasificar la diversidad biológica, han venido tratando de utilizar formas eficientes para describir la diversidad fenotípica de los organismos. La morfometría geométrica se presenta como una herramienta que cuantifica estas variaciones en dos componentes: conformación y tamaño. En esta charla se mostrarán algunas aplicaciones de la morfometría en distintos grupos de animales.

Curso de Morfometría Geométrica en Quito 2016

En esta entrada les traigo fotos de un nuevo curso de Morfometría Geométrica en Ecuador. Este se realizó en la Universidad de las Fuerzas Armadas (ESPE). Contó con la participación de Investigadores y estudiantes de ESPE, profesionales de la Universidad Regional Amazónica IKIAM, así como profesionales de AGROCALIDAD.

Curso de Morfometría Geométrica en Quito 2015

En esta entrada les muestro algunas fotos del 1er Curso de Morfometría Geométrica dictado en el Centro Internacional de Zoonosis de la Universidad Central del Ecuador.

Acá la publicidad del curso:

Y acá el programa del curso:

A continuación algunas fotos durante el curso:

Curso de Morfometría Geométrica para biólogos y ciencias afines (fotos)

Acá les coloco algunas fotos tomadas durante el curso de Postgrado realizado en el Instituto de Zoología y Ecología Tropical de la Facultad de Ciencias de la Universidad Central de Venezuela

Los participantes se encuentran realizando las actividades practicas:






















































































































































































Y acá, los participantes realizan la defensa de sus proyectos finales: