Matriz de Brooks et al. (1994) para Docencia en Zoología

Para la docencia en Zoología o Biología Animal, les traigo la matriz de Brooks y col. (1994) en formatos de los programas TNT y WINCLADA.

Esta matriz es un clásico de los cursos. Así que les coloco el Capítulo 13 donde se explica como realizar la matriz, y la descripción de cada carácter.

Brooks et al_1994_ch13_phylogenetics_systematics from Jonathan Liria

En particular, les mostraré con esta presentación donde se utiliza la matriz en TNT y se mapean los caracteres y estados.

Tutorial para correr matriz de Brooks etal1994 en TnT from Jonathan Liria


Aquí tienen las matrices (Brooks_etal1994_Amniote_matrix) en formato TNT y WINCLADA.

CURSO: "PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA"

Noticias sobre Filogenética: 1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filog...: Este viernes finalizamos el 1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filogenia" de Ecuador...

Universidad Central del Ecuador (UCE)

Centro Internacional de Zoonosis (CIZ)

Proyecto Prometeo-Senescyt

CURSO:

PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA:

Desde la morfología hasta el ADN.

26 Abril – 14 Junio 2013

 

Coordinador Científico:                Prof. Washington Benítez-Ortiz Ph.D.

Coordinador Académico:              Prof. Juan-Carlos Navarro, Ph.D, Investigador Prometeo-Senescyt-INSPI-CIZ-UCE (Universidad Central de Venezuela)

Lugar:                                                         Auditorio 2 / CIZ-UCE

Número de horas:                              TOTAL 36 horas

21 horas teóricas

15 horas práctica

10 horas consultas e informes

Aval Académico:                     Instituto Universitario de Capacitación Pedagógica

 

Objetivo general:

Iniciar al participante en los conceptos, filosofía y práctica de la Cladística como método de inferencia evolutiva para estudios y análisis de filogenia, así como sus aplicaciones en las diferentes áreas de la Biología general.

Áreas de Endemismo: Metodología y Aplicaciones Biogeográficas...

Deseo compartir este Capítulo del libro: Current Progress in biological research

Dra Dolores Casagranda and Dra Mercedes Lizarralde de Grosso (2013). Areas of Endemism: Methodological and Applied Biogeographic Contributions from South America, Current Progress in Biological Research, Dr. Marina Silva-Opps (Ed.), ISBN: 978-953-51-1097-2, InTech, DOI: 10.5772/55482. Available from: http://www.intechopen.com/books/current-progress-in-biological-research/areas-of-endemism-methodological-and-applied-biogeographic-contributions-from-south-america

Areas of Endemism: Methodological and Applied Biogeographic Contributions from South America

The geographic distribution of organisms is the subject of Biogeography, a field of biology that naturalists have carried out for over two centuries [1-6]. From the observation of animal and plant distribution, diverse questions emerge; the description of diversity gradients; delimitation of areas of endemism; identification of ancestral areas and search of relationships among areas, among others, have become major issues to be analyzed, worked out and solved. In this way,  biogeography  has  turned  into  a multi-layered  discipline  with  both  theoretical  and analytical frameworks and far-reaching objectives.

Mapas base para NDM (12)

Recientemente preparé mapas base a partir de los siguientes trabajos:


MORRONE JJ. 2001. Biogeografía de América Latina y el Caribe, Vol. 3. Zaragoza, Spain: Manuales & Tesis, SEA. 152p.

MORRONE JJ. 2006. Biogeographic areas and Transition Zones of Latin America and the Caribbean Islands based on panbiogeographic and cladistic analyses of the entomofauna. Annu. Rev. Entomol. 51: 467-494.

Para los interesados, les dejo el mapa de Biogeografía de América Latina y el Caribe en SHP.

Aquí esta el mapa de la Subregión Amazónica:

y la descarga en formato XYD y SHP


Este es el mapa de la Zona de Transición Suraméricana

y acá la descarga en formato XYD y SHP

Mapas base para NDM (11)

En esta entrada les traigo dos mapas base para NDM.

El primero de ellos, India:

y el otro, para Nueva Zelandia:

Aquí tienen los archivos de India en formato XYD y SHP, y el de Nueva Zelandia en XYD y SHP.

Mapas bases para NDM (10)

 En esta entrada les traígo el mapa base (formato xydata) para NDM de la Antártida.

Pero antes, esto fue lo que hice para que se vea desde la vista polar:

1) Entre en esta página: http://nsidc.org/

2) Me suscribí y descargué la capa de linea de costa (en formato UTM de una proyeccion polar). Esta es la cita que deben incluir para indicar de donde se obtuvieron los datos:

Haran, T., J. Bohlander, T. Scambos, T. Painter, and M. Fahnestock compilers. 2005, updated 2006. MODIS mosaic of Antarctica (MOA) image map. Boulder, Colorado USA: National Snow and Ice Data Center. Digital media.

3) Lleve esta capa en UTM a GVSIG y utilice la opción:

Geoprocesos->conversion de datos->reproyectar para pasarla a lat/long.

La proyeccion usada fue EPSG 4736 (Deception Island).

4) Seguidamente utilizo ArcView, y verifico la nueva capa, para convertir la linea en un set de puntos con coordenadas.

4.1) Como la linea de costa venia de una imagen MODIS, la cantidad de puntos era muy grande. Asi que utilice una extensión que me permite colocar puntos equidistantes sobre la linea (en este caso utilice una
distancia de 2 unidades mapa). Esto da aproximadamente como 190 puntos...

5) Finalmente preparé el archivo para NDM. Noten que tiene unas opciones de "transpose" para girar los datos...

Bueno aquí esta el archivo XYD y como siempre el SHAPEFILE.