TNT el mejor programa de parsimonia

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19 de enero de 2011

Nuevo libro de Biogeografía: Biogeografia da América do Sul - Padrões e Processos


Hola a todos... en esta entrada encontrarán la información sobre un nuevo libro de Biogeografía para Suramerica (publicado por la Editora Roca)





Apresentação: Claudio José Barros de Carvalho & Eduardo A. B. Almeida
Prefácio: Nelson Papavero
Parte I: Histórico e Conceitos
Capítulo 1 – Evolução geológica da América do Sul nos últimos 250 milhões de anos: Ernesto Lavina & Gerson Fauth
Capítulo 2 – América do Sul e a geografia da vida: uma comparação de algumas propostas de regionalização: Juan José Morrone
Capítulo 3 – Áreas de endemismo: Claudio José Barros de Carvalho
Capítulo 4 – A lógica da Biogeografia de Vicariância: Eduardo A. B. Almeida & Charles Morphy D. dos Santos
Parte II: Métodos e aplicações
Capítulo 5 – Introdução à Panbiogeografia: método e síntese: John Grehan
Capítulo 6 – Biogeografia Cladística: Silvio Shigueo Nihei
Capítulo 7 – Modelos de eventos para reconstrução biogeográfica: Eduardo A. B. Almeida
Capítulo 8 – Filogeografia: Felipe de Mello Martins & Marcus Vinicius Domingues
Capítulo 9 – Macroecologia e mudanças climáticas: José Alexandre Felizola Diniz Filho & Miguel Bastos Araújo
Capítulo 10 – Conservação da biodiversidade e a Biogeografia Histórica: Peter Löwenberg-Neto
Parte III: Evolução espacial da região
Capítulo 11 – Evolução da Região Andina da América do Sul: Paula Posadas & Edgardo Ortiz-Jaureguizar
Capítulo 12 – Padrões e processos biogeográficos na Amazônia: José Maria Cardoso da Silva & Adrian Garda
Capítulo 13 – Evolução da biota da diagonal de formações abertas secas da América do Sul: Fernando César Vieira Zanella
Capítulo 14 – A história biogeográfica da Mata Atlântica: opiliões (Arachnida) como modelo para sua inferência: Márcio Bernardino daSilva & Ricardo Pinto-da-Rocha
Parte IV: Padrões e processos – estudos de casos
Capítulo 15 – A caatinga no contexto de uma metacomunidade: evidências da biogeografia, padrões filogenéticos e abundância de espécies em Leguminosas: Domingos Benício Oliveira Silva Cardoso & Luciano Paganucci de Queiroz
Capítulo 16 – Biogeografia dos peixes de água doce da América do Sul: Alexandre Cunha Ribeiro; Flávio César Thadeo de Lima & Naércio A. Menezes
Capítulo 17 – Biogeografia de Muscidae (Diptera) na região Neotropical e Andina: Claudio José Barros de Carvalho & Márcia Souto Couri
Glossário

30 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth (3)

Como les dije... aqui les va la otra forma de colocar filogenias en Google Earth.


















1) Descargar e instalar Mesquite

2) Importar un archivo de datos (matriz de datos TNT, Winclada, Hennig86)

3) Importar un archivo de árboles *.tre (en notación parentética)

4) Crear una matriz de coordenadas decimales, para vincularla a (1) y (2)

5) Descargar e instalar el modulo Cartographer de Mesquite

6) Crear una vista de los terminales con la información cartográfica de (4)

7) Exportar el árbol a un archivo KML de Google Earth

Y si tenemos una cuenta en Google Maps, quedaría un mapa como:


Ver PAE en un mapa más grande

24 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth (2)

Como les dije, existen otras formas (tal vez más sencillas) de colocar una filogenia en Google Maps.

El siguiente mapa es el resultado de un PAE realizado en áreas protegidas de Venezuela.

La referencia del articulo:

Navarro, J.-C., Liria, J., Piñango, H. Barrera, R. 2007. Biogeographic area relationships in Venezuela: A parsimony analysis of Culicidae-phytotelmata distribution in national parks. Zootaxa 1547: 1-19.


Ver PAE Áreas protegidas de Venezuela en un mapa más grande

Para hacer esto necesitamos:

1) Un conjunto de datos, por ejemplo... una matriz de PAE, en donde se obtuvo un cladograma.

2) Las coordenadas geográficas (lat/long) de los terminales utilizados en (1).

3) Ejecutar Google Earth.

4) Entrar en GeoPhylo. Colocar el árbol en notación parentética y enraizado, y los datos de (2).

5) Generar el archivo Kml, y ver el resultado en Google Earth. Guardar el archivo Kml en el disco rigido.

6) Crear una cuenta en Google Maps, y subir el archivo de (5).

7) Crear el codigo para colocar el mapa en nuestro sitio web.

En la tercera entrega les dire como colocar filogenias de otra forma... un poca más complicada.

23 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth

Este video (de aprox. 6 minutos) muestra como pueden colocarse filogenias en Google Earth. Se trata de unificar espacio y tiempo, tal como en su momento fue mencionado por León Croizat. Actualmente a este concepto se le conoce como Geofilogenias (Geophylogenies).

Para realizar una Geofilogenia puede utilizarse la extensión Geophylobuilder para ArcGIS de ESRI. Existen otras opciones como SupraMap; no obstante existen métodos más sencillos para colocar árboles, áreas de endemismo, trazos panbiogeográficos, etc.