Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística

Esta información fue colocada en el Grupo Clado de Yahoo:

Los invitamos a participar del Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística, organizado por el PROBIOL (Programa de Posgrado en Biología), Mendoza.

El evento tendrá lugar los días 13 al 17 de Mayo del 2013 en el CCT-CONICET Mendoza.

Este curso está destinado a estudiantes avanzados de carreras de Ciencias Naturales y estudiantes de doctorado que planean utilizar la metodología Cladística en sus proyectos de tesis.

Aquí tienen el PDF de el curso.

Para mayor información contactar a PROBIOL: Informes e inscripción para los cursos: María Eugenia Pozzatto (probiol@fca.uncu.edu.ar; 0261-413-5000, int. 1123).

Taller: Uso de filogenias en macroevolución

Aquí les dejo la información de un curso ofrecido por Transmitting Science:

THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION






 

Evolution leaves its footprint in fossil and living taxa. This signal on the processes of origination of new organisms from ancestral lineages and their extinction can be recovered and depicted in phylogenetic trees. New phylogenetic methods would allow us to draw on the information encapsulated in phylogenetic trees in order to address a wide range of questions on macroevolution. First, this workshop will introduce attendees to the use, modification and representation of phylogenetic trees. Then, we will focus on the use of phylogenetic information to reconstruct ancestral characters and biogeographic histories, learning how to apply phylogenetic comparative methods. The workshop will also tackle the study of the shape of phylogenetic trees and how to estimate the rates of diversification throughout the evolutionary history of groups. Finally, we will learn how to test the phylogenetic signal of a trait of interest. Participants are encouraged to bring their data sets to use in the practical class.

Instructor:

Dr. Juan López-Cantalapiedra
(Museo Nacional de Ciencias Naturales - CSIC, Spain).

Workshop requirements: Graduate or Postgraduate in Biology (including paleontologists no matter the degree), basic knowledge in Statistics, R and personal  computers. In case you are not familiar with the R project, an introductory course on R will be offered the week before this workshop: INTRODUCTION TO R - Second Edition. People attending the workshop THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION and the course INTRODUCTION TO R - Second Edition will have a 20% off on the last one (see "Fees" section below). Participants should bring their personal laptop (Windows, Mac, Linux) with this software installed:

- Mesquite (free): http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
- R (free): http://www.r-project.org
- Python Essentials for running Lagrange (free): http://www.enthought.com/products/epd_free.php
- FigTree, Tracer and TreeEdit (only Mac) (free): http://tree.bio.ed.ac.uk/software

Revisión: Filogeografía en Suramérica

Un colega me envió este artículo,

Me parece interesante y deseo compartirlo con Ustedes:

Filogeografia en Suramerica from jliria

Curso Técticas moleculares en sistemática

La Universidad Nacional de Córdoba - ARGENTINA invita:

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 951-T-2012).

Modalidad: Teórico-práctico

Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).

Fecha de realización: 11 al 15 de marzo de 2013.

Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.

Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)

Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal

Cupo: 12 alumnos. En lo posible, traer notebook para llevar a cabo la parte de uso de programas de análisis de datos.

Arancel: $ 700. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 560.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.

OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.

2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).

3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.

4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA

1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.

2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.

3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).

5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: ISSR y AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).

6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.

7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.

8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.

BIBLIOGRAFIA BASICA

1. Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
2. De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
3. Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
4. Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
5. Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
6. Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
7. Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.

Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, R. González Ittig y M. Chiappero.

Informes y pre-inscripciones:

vía e-mail entre el 1º de febrero hasta el 1º de marzo de 2013

marina.chiappero@gmail.com

Requisitos para la pre-inscripción:

- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas,

- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el lunes 4 de marzo de 2012.

NDM ahora exporta a DIVA GIS

En esta entrada les traigo buenas noticias: La última versión de NDM (noviembre 2012) puede exportar las áreas y especies endémicas a el programa DIVA-GIS. Luego estos archivos son fácilmente transformados (vía DIVA GIS) al formato shapefile. Anteriormente se requería el programa GLOBALMAPPER para pasar las áreas, desde el formato acf (Area Coordinate file) a el formato shp (shapefile).

Acá les dejo un pequeño tutorial de como realizar este procedimiento. Pero antes actualicen su versión de NDM y descarguen la última versión de DIVA GIS; en este paso-a-paso fue utilizado DIVA GIS ver. 7.5.

Muy bien, empecemos!

Lo primero es abrir un conjunto de datos, en este caso estos son los datos liecoy.xyd (datos en formato XYdata) para un grupo hipotético de organismos.

 

Fíjense que agregué el comando “ynegative” para invertir los datos; esto es opcional, pues lo importante es mostrar como pasar las áreas a formato shapefile.

Ejecutamos NDM y abrimos el archivo “liecoy.xyd”

Luego indicamos que deseamos crear una nueva matriz de datos (cuadriculas o grillas).

Realizamos una búsqueda de áreas endémicas con los parámetros deseados.

Seleccionamos una área, en este caso la primera de las siete encontradas. Y con el comando “v” podemos mirar las especies endémicas de esa área y la contribución de cada especie a el score o índice de endemicidad.

Seleccionamos la opción de el menú: File-->Save coordinates for GIS-->Save for DIVAGIS

Durante este proceso se generarán dos archivos: Uno conteniendo la información de las cuadriculas o grillas, y el segundo con las especies contenidas en estas.

Para que tengan una idea, les muestro la página de el manual de DIVA GIS donde aparece el formato de los archivos de texto (.TXT) para polígonos.

Ejecutamos DIVA GIS, y seleccionamos la opción de el menú: Data-->Text to Line or Polygon Shapefile. Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las áreas) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

Finalmente el archivo con las especies endémicas, lo importamos con la opción de el menú: Data-->Import Points to Shapefile-->From text file (.TXT). Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las esepcies) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

La última figura muestra todos los pasos pero con un conjunto de datos de Venezuela. En este caso es una matriz con la distribución de 1292 especies (Invertebrados y Vertebrados); este análisis fue mostrado en otra entrada.

Andrés Bello y Charles Darwin

Buscando en distintas revistas de divulgación científica, encontré este artículo de CIENCIA AL DÍA, que me gustaria compartir con Ustedes (les coloco el resumen y link para que lo consulten directamente en la página):

Andrés Bello y la Visita de Charles Darwin a Chile

Por: 

Juan Bacigalupo & David Yudilevich

(A la izquierda A. Bello, y a la derecha C. Darwin)

El insigne naturalista inglés Charles Darwin pasó una parte importante de su viaje alrededor del mundo (1831-1836) recorriendo tierras chilenas. Las experiencias recogidas y las extensas observaciones que efectuó durante esa etapa de su periplo a bordo del bergantín HMS Beagle fueron fundamentales para las ideas que posteriormente Darwin desarrollara acerca de la evolución de los seres vivos. En aquellos años quizás la personalidad más influyente en el ambiente intelectual chileno era el ilustre sabio venezolano Andrés Bello, radicado en Santiago unos años antes. Bello seguía muy atentamente los progresos científicos contemporáneos y en 1839 y 40 publicó en el periódico El Araucano extractos del libro en el que Darwin y Fitz-Roy relatan su reciente viaje. Bello se interesó en la descripción que hace Darwin de Tierra del Fuego y la Patagonia, refiriéndose a sus habitantes, flora, fauna y geología, y además de la del violento terremoto de Concepción de 1835, de cuyos efectos Darwin fue testigo. La repercusión de estos artículos en los círculos políticos e intelectuales y la percepción de su importancia por parte de Bello pudo haber influido en el subsecuente establecimiento de la primera base militar chilena en el Estrecho de Magallanes. Finalmente cavilamos sobre un posible encuentro de ambos hombres en Santiago. Ciencia al Día, 1998. 1(1):1-11.

Texto Completo

Dale un vistazo a la portada de el periódico EL ARAUCANO:

¿Sabes quien fue Andrés Bello? 

Andrés Bello, el ilustre americano

Andrés Bello, nació en Caracas, el 29 de noviembre de 1781 y murió en Santiago de Chile, un 15 de octubre de 1865. Filósofo, poeta, traductor, filólogo, ensayista, educador - fue maestro del Libertador Simón Bolívar; político y jurista venezolano-chileno, es uno de los humanistas más importantes que alguna vez la tierra americana viera.

Vivió en Caracas hasta 1810, cuando Integró la primera misión diplomática del joven gobierno revolucionario de Caracas, en la que junto a Luis López Méndez y Simón Bolívar partiera hacia Londres con la finalidad de establecer contacto con el gobierno inglés para lograr su apoyo en la lucha independentista en contra del imperio de España. Desde ese entonces residiría en Londres hasta 1829 cuando viajó a Chile y fue contratado por el gobierno de ese hermano país suramericano. Andrés Bello desarrolló grandes obras en el campo del derecho y las humanidades, convirtiéndose en uno de los héroes de la patria chilena, cuya ciudadanía le fue otorgada en reconocimiento a su mérito humanístico en 1832. Andrés Bello fue un hombre de pensamiento revolucionario, que participó en el proceso de independencia de Venezuela, en la formación de la República de Chile con un aporte fundamental para el perfil jurídico y cultural de las repúblicas que nacían después de la derrota de España. Padre del Americanismo desarrolló una obra poética en la que exaltó la naturaleza y los elementos culturales de un “nuevo mundo” que emergía con características propias. Desempeñó cargos como senador y profesor; redactó del Código Civil, una de las obras jurídicas americanas más novedosas e influyentes de su época. Fundador y primer Rector de la Universidad de Chile. Autor de la Gramática del idioma castellano (Gramática de la lengua castellana destinada al uso de los americanos y los esclavos españoles), los Principios del derecho de gentes, la poesía Silva a la agricultura de la zona tórrida y el Resumen de la Historia de Venezuela.