Programa py_tm2tnt

Continuando con los programas realizados en Python, les presento py_tm2tnt. 

 

 

Este programa permite procesar archivos con datos morfométricos tradicionales (medidas), y exportarlos al formato de TNT para analisis filogenéticos via parsimonia; py_tm2tnt puede lidiar con archivos CSV que incluyen varios especímenes (requiere leer un CSV con conteos por especie); luego el programa calcula intervalos (intervalo de confianza o media +/- ES) y los exporta al formato de TNT. 

Adicionalmente el usuario puede realizar análisis estadísticos para cada caracter (ANOVA o Kruskal-Wallis), y exportar resultados a un archivo CSV.

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias) y un manual en PDF. En este caso no hice un video tutorial porque creo que el programa es bastante intuitivo.

La cita sugerida es:

Liria, J. (2024) py_tm2tnt v4.0: A program to export traditional morphometrics to TNT format for cladistic analysis of continuous data. https://doi.org/10.5281/zenodo.14046420

Nuevo manual de Biogeografía práctica

Una buena noticia para los interesados en Biogeografía:

La enseñanza de la biogeografía es relativamente compleja, pues involucra conceptos y métodos de diferentes disciplinas y para muchos estudiantes es demasiado “teórica”, sin una conexión clara con la realidad biológica. Para mejorar su enseñanza y como resultado de invitar a diversos investigadores del área, un total de 106 autores de 40 instituciones contribuyeron con 131 prácticas que permiten aclarar conceptos y, a través de la aplicación de metodologías específicas, logran una concepción integral de la biogeografía, reafirmando los conocimientos teóricos que se imparten en clase.

Biogeografía práctica, fue pensado como complementario a libros de texto teóricos sobre biogeografía, por lo que consta de 131 ejercicios prácticos, agrupados en ocho unidades:

• Unidad 1: Introducción al estudio evolutivo de la diversidad y su distribución geográfica (prácticas 1-12).
• Unidad 2: Datos biogeográficos y herramientas analíticas (prácticas 13-29).
• Unidad 3: Conceptos biogeográficos (prácticas 30-63). 
• Unidad 4: Procesos biogeográficos (prácticas 64-76).
• Unidad 5: Geografía de la diversidad: biodiversidad y patrones ecológicos (prácticas 77-94). 
• Unidad 6: Reconstrucción de la historia biogeográfica de taxones (prácticas 95-102).
• Unidad 7: Biogeografía evolutiva de biotas (prácticas 103-115).
• Unidad 8: Biogeografía de la conservación (prácticas 116-131).

En este libro tuvimos la oportunidad de contribuir con la práctica N°43 (Unidad 3 "Conceptos biogeográficos"):

En la actividad utilizamos las distribuciones hipotéticas de animales del Mundo de Hielo y Fuego de G.R.R. Martin. Seguidamente, identificamos áreas de endemismo en las regiones de Westeros, Essos y Sothoryos.

Los archivos para las prácticas pueden obtenerlos acá:

https://libros.fciencias.unam.mx/biogeografia-practica/practicas.php

Más información de como adquirir el libro:

Biogeografía Práctica (versión PDF)

Primera edición

Tania Escalante, Erick A. García-Trejo, Juan J. Morrone (coordinadores)

Año 2024, Peso en MB: 41.1 MB

ISBN: 978-607-30-9190-9

Para mayores informes envíe un correo electrónico a: ventas.editoriales@ciencias.unam.mx

Programa py_tps2tnt

Tenía tiempo en realizar una entrada.

En esta oportunidad les comento sobre una nueva línea de investigación que estoy desarrollando.

Muchos colegas me habían comentado sobre Python y su potencialidad.

Decidí adentrarme en lo más básico de la programación en Python, y desarrollar pequeños programas para apoyar en tareas que tradicionalmente consumen tiempo.

Les presento py_tps2tnt

Este programa permite procesar archivos TPS con coordenadas x,y (con escala o no), y exportarlos al formato de TNT para analisis filogenéticos via parsimonia; py_tps2tnt puede lidiar con archivos TPS que incluyen varios especímenes, y calcular el tamaño centroide promedio (en formato de intervalo de confianza o media +/- ES), coordenadas promedio, o inclusive intervalos de distancias interlandmarks (matrices EDMA). También el usuario puede realizar el análisis generalizado de Procrustes a partir de la configuración consenso, la configuración del primer ejemplar, o la configuración deseada.

Finalmente, el archivo TNT puede incluir el tamaño centroide, configuraciones promedio o alineadas, y matrices de distancia interlandmarks. 

La cita sugerida es:

Liria, J. (2024) py_tps2tnt v4.2: A program to export geometric morphometrics (x,y coordinates) to TNT format for cladistic analysis of continuous data. https://doi.org/10.5281/zenodo.14046448

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias), manual en PDF, y datos de ejemplo.

De igual forma preparé un tutorial en youtube (en español):

Una geofilogenia para 10 años de la RACB 1997-2007

La Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB), es un evento que se organiza en este país con la finalidad de agrupar a distint@s investigador@s y estudiantes (pre- y posgrado) que realizan investigaciones en analisis filogenéticos y estudios sobre la distribución de la biota. 

Durante la conmemoración de los 10 año de RACB, 1997-2007 tuve la oportunidad de recibir la siguiente imagen preparada por los organizadores:

Como se puede apreciar, es un cladograma con un arreglo de ramas por periodos (años), donde se indican las distintas RACB y sus sedes, desde Tucumán en 1997, pasando por Buenos Aires 1999, Mendoza 2001, Córdoba 2003, Salta 2004, Trelew 2006, y San Isidro en 2007.

Se me ocurrió una forma de homenajear a todos los organizadores de esos 10 años, y también a los participantes.

Realicé una geofilogenia en Mesquite a partir de las localidades de cada RACB; por ejemplo, Instituto Miguel Lillo en 1997, Museo Paleontológico Egidio Feruglio en 2006, Instituto de Botánica Darwinion en 2007, entre otras.  

Acá les presento algunos mapas,

  y la vista en Google Earth con el archivo kml:

Vista general de la geofilogenia.

Detalle con imagen (logo) de cada RACB.