Nuevo manual de Biogeografía práctica

Una buena noticia para los interesados en Biogeografía:

La enseñanza de la biogeografía es relativamente compleja, pues involucra conceptos y métodos de diferentes disciplinas y para muchos estudiantes es demasiado “teórica”, sin una conexión clara con la realidad biológica. Para mejorar su enseñanza y como resultado de invitar a diversos investigadores del área, un total de 106 autores de 40 instituciones contribuyeron con 131 prácticas que permiten aclarar conceptos y, a través de la aplicación de metodologías específicas, logran una concepción integral de la biogeografía, reafirmando los conocimientos teóricos que se imparten en clase.

Biogeografía práctica, fue pensado como complementario a libros de texto teóricos sobre biogeografía, por lo que consta de 131 ejercicios prácticos, agrupados en ocho unidades:

• Unidad 1: Introducción al estudio evolutivo de la diversidad y su distribución geográfica (prácticas 1-12).
• Unidad 2: Datos biogeográficos y herramientas analíticas (prácticas 13-29).
• Unidad 3: Conceptos biogeográficos (prácticas 30-63). 
• Unidad 4: Procesos biogeográficos (prácticas 64-76).
• Unidad 5: Geografía de la diversidad: biodiversidad y patrones ecológicos (prácticas 77-94). 
• Unidad 6: Reconstrucción de la historia biogeográfica de taxones (prácticas 95-102).
• Unidad 7: Biogeografía evolutiva de biotas (prácticas 103-115).
• Unidad 8: Biogeografía de la conservación (prácticas 116-131).

En este libro tuvimos la oportunidad de contribuir con la práctica N°43 (Unidad 3 "Conceptos biogeográficos"):

En la actividad utilizamos las distribuciones hipotéticas de animales del Mundo de Hielo y Fuego de G.R.R. Martin. Seguidamente, identificamos áreas de endemismo en las regiones de Westeros, Essos y Sothoryos.

Los archivos para las prácticas pueden obtenerlos acá:

https://libros.fciencias.unam.mx/biogeografia-practica/practicas.php

Más información de como adquirir el libro:

Biogeografía Práctica (versión PDF)

Primera edición

Tania Escalante, Erick A. García-Trejo, Juan J. Morrone (coordinadores)

Año 2024, Peso en MB: 41.1 MB

ISBN: 978-607-30-9190-9

Para mayores informes envíe un correo electrónico a: ventas.editoriales@ciencias.unam.mx

Programa py_tps2tnt

Tenía tiempo en realizar una entrada.

En esta oportunidad les comento sobre una nueva línea de investigación que estoy desarrollando.

Muchos colegas me habían comentado sobre Python y su potencialidad.

Decidí adentrarme en lo más básico de la programación en Python, y desarrollar pequeños programas para apoyar en tareas que tradicionalmente consumen tiempo.

Les presento py_tps2tnt

Este programa permite procesar archivos TPS con coordenadas x,y (con escala o no), y exportarlos al formato de TNT para analisis filogenéticos via parsimonia; py_tps2tnt puede lidiar con archivos TPS que incluyen varios especímenes, y calcular el tamaño centroide promedio (en formato de intervalo de confianza o media +/- ES), coordenadas promedio, o inclusive intervalos de distancias interlandmarks (matrices EDMA). También el usuario puede realizar el análisis generalizado de Procrustes a partir de la configuración consenso, la configuración del primer ejemplar, o la configuración deseada.

Finalmente, el archivo TNT puede incluir el tamaño centroide, configuraciones promedio o alineadas, y matrices de distancia interlandmarks.

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias), manual en PDF, y datos de ejemplo.

De igual forma preparé un tutorial en youtube (en español):

Una geofilogenia para 10 años de la RACB 1997-2007

La Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB), es un evento que se organiza en este país con la finalidad de agrupar a distint@s investigador@s y estudiantes (pre- y posgrado) que realizan investigaciones en analisis filogenéticos y estudios sobre la distribución de la biota. 

Durante la conmemoración de los 10 año de RACB, 1997-2007 tuve la oportunidad de recibir la siguiente imagen preparada por los organizadores:

Como se puede apreciar, es un cladograma con un arreglo de ramas por periodos (años), donde se indican las distintas RACB y sus sedes, desde Tucumán en 1997, pasando por Buenos Aires 1999, Mendoza 2001, Córdoba 2003, Salta 2004, Trelew 2006, y San Isidro en 2007.

Se me ocurrió una forma de homenajear a todos los organizadores de esos 10 años, y también a los participantes.

Realicé una geofilogenia en Mesquite a partir de las localidades de cada RACB; por ejemplo, Instituto Miguel Lillo en 1997, Museo Paleontológico Egidio Feruglio en 2006, Instituto de Botánica Darwinion en 2007, entre otras.  

Acá les presento algunos mapas,

  y la vista en Google Earth con el archivo kml:

Vista general de la geofilogenia.

Detalle con imagen (logo) de cada RACB.

Bigdata e identificación de áreas de endemismo

Actualmente existen distintas bases de datos sobre biodiversidad (BDB), las cuales ofrecen infinidad de aplicaciones en estudios sobre biogeografía y conservación. El número de datos disponibles y que incluyen el componente espacial (coordenadas) se ha incrementado exponencialmente.

Imagen tomada y modificada de: 

Wüest, R.O., Zimmermann, N.E., Zurell, D, et al. 2020. Macroecology in the age of Big Data – Where to go from here? J Biogeogr. 47: 1– 12. https://doi.org/10.1111/jbi.13633

https://journalofbiogeographynews.org/2020/01/28/biogeography-in-the-age-of-big-data/

Liria, J., Szumik, C. y Goloboff, P. A. (2021). Analysis of endemism of world arthropod distribution data supports
biogeographic regions and many established subdivisions. Cladistics, 37, 559–570. https://doi.org/10.1111/cla.12448
 

En esta entrada me centraré en un ejemplo reciente publicado en la Revista Mexicana de Biodiversidad, donde se muestra como a partir de cuatro BDB (una de ellas Nacional) se compiló toda la información disponible con el fin de identificar áreas de endemismo en  Ecuador:

Liria, J. (2022). Áreas de endemismo de Ecuador: un análisis a partir de datos de distribución de especies de plantas, animales y hongos. Revista Mexicana de Biodiversidad, 93(mayo-): e934031

 

 

Al revisar estas bases de datos, lo primero que surgió fue la incompatibilidad taxonómica en algunos casos; especies con categorias supra especificas distintas en dos bases de datos. Este tipo de aspectos fue recientemente abordado por:

Feng, X., Enquist, B.J., Park, D.S., et al. (2022) A review of the heterogeneous landscape of biodiversity databases: Opportunities and challenges for a synthesized biodiversity knowledge base. Global Ecology and Biogeography. 31(7): 1242-1260. Disponible en: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/geb.13497

"Information in a biodiversity database is generally indexed by species’ scientific names. However, the dynamic nature of taxonomic research presents challenges to such indexing. With the exception of a few well-established groups such as birds (whose taxonomy is relatively stable and subject to regular external review and standardization; Chesser et al., 2021), conflicting taxonomic concepts, homonyms, outdated synonyms, and ambiguous alternative spellings are prevalent across the tree of life (Boyle et al., 2013; Franz et al., 2008). Furthermore, in addition to the roughly 18,000 new species discovered each year, the taxonomy of the > 2 million species currently described (Mora et al., 2011) is in a state of constant flux, as old species definitions are re-examined and relationships are updated to reflect new insights. Finally, no single, universally agreed-upon taxonomy exists for the tree of life. Therefore, biodiversity databases have implemented different strategies (here termed taxonomic systems) to handle this taxonomic churn..."

De esta forma al integrar multiples BDB se pueden utilizar herramientas como OpenRefine para normalizar la información taxonómica:

Imagen tomada de: https://docs.gbif.org/openrefine-guide/3.0/es/guia-para-la-limpieza-de-datos-sobre-biodiversidad-con-openrefine.es.pdf

 

A partir de esta figura les presento la metodología utilizada para procesar cuatro BDB y poder identificar areas de endemismo en Ecuador:

Haciendo actividades divertidas para estudiar Biogeografía: "Mundo de Hielo y Fuego" de G.R.R. Martin

Hola a todos!

Tenia tiempo sin publicar una entrada. 

Hace unos días recibí la notica sobre la publicación de un reciente artículo:

Liria, J. (2022). Desde el imaginario del “Mundo de Hielo y Fuego” de G. R. R. Martin a las áreas de endemismo: Una propuesta didáctica. Revista de Educación en Biología, 25(1), 34–44. Recuperado a partir de https://revistas.unc.edu.ar/index.php/revistaadbia/article/view/32932

 

En esta publicación desarrollé una propuesta didáctica en donde se utilizan animales del Mundo de Hielo y Fuego, para identificar áreas de endemismo.

Esta propuesta ha sido bien recibida como parte del "Nuevo Manual de prácticas de Biogeografía" de la Universidad Nacional Autónoma de México. Aprovecho la oportunidad de agradecer a la PhD. Tania Escalante por su invitación a participar en el manual.

 

Uno de los aspectos que tenia pendiente, era crear mapas rasters del Mundo de Hielo y Fuego. Si bien existen varios mapas disponibles en internet, queria tener mapas propios. 

 

Buscando en internet estos días, conseguí esta increible aplicación Azgaar'd Fantasy Map Generator. 

 

Acá les coloco un pequeño video con el mapa creado en Azgaar'd: 

 

 

Actualizado: El mapa se ha mejorado bastante, y más abajo les muestro como se ven superponiendo la distribución de los animales del Mundo de Hielo y Fuego.

 

Luego exporté imágenes (jpeg) de los mapas relieve, biomas y textura, y los georreferencié en QGIS para crear mapas que incluyeran los animales usados para identificar áreas de endemismo.

Comparto con Ustedes tres mapas (actualizados*):

 

Mapa de biomas con distribución de animales.

 

Mapa de relieve con distribución de animales.

Mapa de textura (detalle Essos) con distribución de animales.

 

(*) Los mapas raster de Azgaar'd y georreferenciarse con QGIS son bastante grandes (más de 100MB c/u); esto complica que los aloje en mi blog. Sin embargo, si alguna persona los desea me puede escribir al correo (jonathan.liria gmail.com) indicando brevemente la finalidad de su uso y porque creen que este tipo de recurso didáctico puede fomentar el aprendizaje de la Biogeografía. 

De igual forma las personas que desen realizar la práctica les recuerdo que en la publicación de la Revista de Educación en Biología tienen el enlace para descargar los shapefiles y datos de los animales del Mundo de Hielo y Fuego.