¿Sabes qué es “Oblong”?
Primero que todo, “Oblong” es una
palabra en ingles (obviamente...) que se traduce como oblongo.
Ahora bien, oblongo(ga) significa:
oblongo, ga.
(Del lat. oblongus).
1. adj. Más largo que ancho.
En el caso que interesa a los
sistemáticos, “oblongo” u “oblong” significa:
Un programa para analizar grupos de
datos con millones de caracteres utilizando muy poca memoria RAM.
(traducido de: “a program to
analyse phylogenomic data sets with millions of characters, requiring
negligible amounts of RAM”)
Este programa diseñado por Pablo A.Goloboff, realiza
análisis de parsimonia de grupos/bloques de datos para miles de
caracteres, y contemplando un número moderado de taxa (hasta varios
cientos).
El programa utiliza
un bajo consumo de memoria RAM al guardar temporalmente los datos en
buffers
del disco (Figura 1), permitiendo que sólo algunas partes se lean
periódicamente de nuevo en el programa. Así, el conjunto total de
datos no se carga en la memoria RAM, y sólo una pequeña parte de
él.
Figura 1.- Esquema
de Oblong mostrando la lectura de datos y almacenamiento en buffers.
Aun
cuando el uso de archivos de disco para almacenar los datos las
búsquedas son lentas por un factor relativamente pequeño, los
tiempos de ejecución (Tabla 1) están dentro de un orden de magnitud
similar a los programas más rápidos existentes (Ej.: TNT).
Tabla 1. Tiempos de ejecución para matrices de distintas dimensiones (caracteres y taxa) y varios programas de parsimonia.
¿Quieres conocer más de Oblong?:
Goloboff, PA. 2013. Oblong, a program to analyse phylogenomic data sets with millions of characters, requiring negligible amounts of RAM. Cladistics, 1–9.
Y acá les coloco el sitio de descarga: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/oblong/
