Existen varios métodos para proponer áreas de endemismo, uno de los más utilizados es
el análisis de simplicidad de endemismos o PAE (Parsimony Analysis of
Endemicity). Esta es una herramienta que permite descubrir los patrones
naturales de distribución de los organismos (Rosen & Smith, 1988). El PAE
clasifica localidades, cuadriculas o áreas de acuerdo a sus taxa compartidos
mediante la solución más simple. El método contempla el uso de un programa de
parsimonia (Ej: Nona, TNT, etc.) para encontrar esta solución.
Morrone (1994) propuso una variante del método, denominado PAE basado en
cuadrículas, el cual comprende las siguientes etapas: 1) Construir una
cuadricula a partir del área de estudio (matriz de datos), 2) se analiza la
matriz aplicando un algoritmo de simplicidad, 3) los grupos que formen un clado
soportado por la presencia de más de un taxón, se considerará como área de
endemismo, y 4) las cuadriculas seleccionadas (clados) se dibujan en el mapa,
delineando los limites en función de las distribuciones de los taxa.
Referencias
Morrone JJ. 1994. On the
identification of areas of endemism. Syst.
Biol. 43: 438–441.
Rosen BR, Smith AB. 1988. Tectonics
from fossils? Analysis of reef-coral and sea-urchin distributions from late
Cretaceous to Recent, using a new method. Gondwana and Tethys Geological
Society Special Publication No. 37(ed. By G. Audley-Charles & A. Hallam),
pp. 275–306. Oxford University Press, Oxford.
Entonces para hacer un PAE, necesitas:
1) Definir el área de estudio. Por ejemplo: México.
Descargue acá la cartografía base, así como el mapa de Provincias biogeográficas de México.
2) Definir el o los grupos taxonómicos de trabajo: Ejemplo: Géneros de plantas.
Descargue acá el archivo de géneros de plantas y coordenadas geográficas. Este fue obtenido en la página del Natural History Museum - London.
3) Utilizar los siguientes programas.
QGIS (https://www.qgis.org/es/site/)
PAST software (Descarga acá)
TNT (http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/)
WinClada (Descarga acá)
MS-Excel
Entonces teniendo esto podemos preparar nuestros datos para hacer el PAE.
Cargue los shapefiles (México y provincias biogeográficas) y el archivo CSV (Datos_generos_plantas.csv) como capas en QGIS:
Realicemos una unión de atributos por localización; para ello vaya al menú vectorial y luego a herramientas de gestión de datos, y finalmente a la opción “Join atributes by location”. Luego elija las capas de entrada, y de unión. Seleccione ejecutar; el resultado puede verse como una nueva capa creada:
Exporte la capa recién creada como CSV, y guárdela en una carpeta de su preferencia. Asegúrese que cada campo este separado por punto y coma, esto permitirá que su lectura en MS-Excel sea más rápida.
Abra el archivo en MS-EXCEL; deberá mostrarse algo similar a la siguiente ventana.
Realice una tabla de referencias cruzadas con las siguientes características: Campos de fila “species” y campos de columna “Province”.
Copie estos datos en una nueva hoja, agregue una columna de nombre RAIZ, y coloque “0” o ceros donde hay celdas vacías. Luego abra el programa PAST, y copie los datos de las especies y provincias de la tabla de referencias cruzadas. No copie los totales. En PAST, ahora vaya al menú “transform” y a la opción “Abundance to presence/ausence”; Observe que la tabla solo contiene 0 y 1 (ceros y unos).
Finalmente vaya al menú “Edit” y luego a la opción “transpose”.
Ahora ya podemos realizar el PAE con el prgrama TNT:
Y ver las sinapomorfías, en este caso, del consenso estricto:
Finalmente, si lo desean pueden usar WinClada para ver el mismo árbol con las sinapomorfías:
