Tutorial: Quiero hacer un análisis de endemismo con VNDM y no tengo idea como empezar...

Szumik et al. (2002) propone el análisis de endemismo (AE); el procedimiento consiste en evaluar la concordancia en la distribución de las especies de un área predefinida (o un conjunto de celdas). El método permite evaluar distintos tamaños de celda, esto permite describir el efecto causado por esta variable (escala espacial) en la identificación de áreas de endemismo; también es posible asignar presencias asumidas. Uno de los aspectos más relevantes es el cálculo del índice de endemicidad del área, este es igual a la suma de los IE de las especies endémicas del área propuesta, de manera que cuanto más especies endémicas presente un área, y cuanto mayor sea su grado de endemicidad, el grupo de celdas estará mejor apoyado como “área de endemismo” (Szumik & Goloboff, 2004). También puede calcularse áreas de consenso, análogamente a los consensos de árboles en filogenia, resumen la información común contenida en aquellas áreas individuales que comparten un porcentaje dado de especies endémicas, facilitando en gran medida la comparación y evaluación de los resultados (Szumik et al., 2006).

Referencias

Goloboff P. 2005. NDM/VNDM Ver. 2.5. Programs for identification of areas of endemism. Disponible
en: http://www.lillo.org.ar/phylogeny/endemism/

Szumik C, Cuezzo F, Goloboff P, Chalup A. 2002. An optimality criterion to determine areas of
endemism. Syst. Biol. 51: 806-816.

Szumik C, Goloboff P. 2004. Areas de endemism. An improved optimality criterion. Syst. Biol. 53:
968-977.

Szumik C, Casagranda MD, Roig-Juñent S. 2006. Manual de NDM/VNDM: Programas para la
identificación de áreas de endemismo. Instituto Argentino de Estudios Filogenéticos, Año V, Vol.
3. Argentina. Disponible en: http://www.lillo.org.ar/phylogeny/endemism/Manual_VNDM.pdf

Entonces para hacer un análisis de endemismo en VNDM, necesitas:

1) Definir el área de estudio. Por ejemplo: México.

Descargue acá la cartografía base, así como el mapa de Provincias biogeográficas de México.


2) Definir el o los grupos taxonómicos de trabajo: Ejemplo: Géneros de plantas.

Descargue acá el archivo de géneros de plantas y coordenadas geográficas. Este fue obtenido en la página del Natural History Museum - London.


3) Utilizar los siguientes programas.

QGIS (https://www.qgis.org/es/site/)

VNDM (http://www.lillo.org.ar/phylogeny/endemism/)

DIVA-GIS (https://www.diva-gis.org/download)

OpenCalc (https://www.openoffice.org/es/descargar/)

Pasos para realizar el análisis de endemismo en VNDM.

1. Cargue los shapefiles (México y provincias biogeográficas) y el archivo CSV (Datos_generos_plantas.csv) como capas en QGIS:

 

 

2.  Utilice el programa OpenCalc para ver el archivo CSV:

 

 

3. Puede emplear el bloc de notas de MS-Windows, para preparar el archivo que será utilizado en VNDM:  

 

 4. Vaya a la página de la aplicación web GeX en http://gex.mfuhlendorf.com/index.php: 

Referencia:

GeX: an automated tool for generating XYD files for analysis of endemicity using VNDM was published in Cladistics in March 2018. It is open-access and goes into greater detail on the use of this software: https://doi.org/10.1111/cla.12236.

 

5. Realice en VNDM un análisis de endemismo a partir de cuadrículas de 2° x 2° (puede verificar el manual del programa para las distintas opciones):

6. Finalmente, utilice DIVA-GIS para exportar los resultados de VNDM; En este caso, áreas consensos, y colocar capas o shapefiles en QGIS:

Referencia: 

DIVA-GIS. 2012. User Manual, version 7.5 [en línea]. Disponible en: https://www.diva-gis.org/docs/DIVA-GIS_manual_7.pdf

Tengo muchos datos de biodiversidad y no se como procesar y limpiar toda esta información

La cantidad de información (registros) disponibles en Biodiversidad se ha incrementado en las últmas decadas, y la proyección es que seguirá aumentando:

Figura tomada de:

Soberón, J. & Peterson, A. (2009). Monitoring Biodiversity Loss with Primary Species-occurrence Data: Toward National-level Indicators for the 2010 Target of the Convention on Biological Diversity. Ambio. 38. 29-34. 10.1579/0044-7447-38.1.29.

Repositorios como GBIF, NHM, SpeciesLink, entre otros, nos permiten tener acceso a millones de datos de Biodiversidad. Sólo el GBIF posee 1.582.205.031 registros biológicos (agosto 2020):

Existen mchos progrmas que nos permiten lidiar y manipular tal magnitud de datos, sin embargo, uno de lo más interesantes que he utilizado es OpenRefine:

Por suerte hay varios tutoriales y guías con algunas funcionalidades de OpenRefine para datos de Biodiversidad. Acá les coloco un video, y las guías desarrolladas por el Sistema de información en Biodiversidad - Colombia (SiB-Colombia) y el propio GBIF.

Funciones básicas de OpenRefine para limpieza de datos de biodiversidad.

OpenRefine - Guía básica, Limpieza de datos sobre biodiversidad.

Tomado de:

SiB Colombia (2019). OpenRefine - Guía básica, Limpieza de datos sobre biodiversidad.Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia, Bogotá D.C., Colombia, 22 pp

Esta es la guía desarrollada por el GBIF:

Guía de Uso Básico de OpenRefine para la limpieza de datos sobre biodiversidad.

Tutorial: Quiero hacer un PAE y no tengo idea como empezar...

Existen varios métodos para proponer áreas de endemismo, uno de los más utilizados es el análisis de simplicidad de endemismos o PAE (Parsimony Analysis of Endemicity). Esta es una herramienta que permite descubrir los patrones naturales de distribución de los organismos (Rosen & Smith, 1988). El PAE clasifica localidades, cuadriculas o áreas de acuerdo a sus taxa compartidos mediante la solución más simple. El método contempla el uso de un programa de parsimonia (Ej: Nona, TNT, etc.) para encontrar esta solución. Morrone (1994) propuso una variante del método, denominado PAE basado en cuadrículas, el cual comprende las siguientes etapas: 1) Construir una cuadricula a partir del área de estudio (matriz de datos), 2) se analiza la matriz aplicando un algoritmo de simplicidad, 3) los grupos que formen un clado soportado por la presencia de más de un taxón, se considerará como área de endemismo, y 4) las cuadriculas seleccionadas (clados) se dibujan en el mapa, delineando los limites en función de las distribuciones de los taxa.

Referencias

Morrone JJ. 1994. On the identification of areas of endemism. Syst. Biol. 43: 438–441.

Rosen BR, Smith AB. 1988. Tectonics from fossils? Analysis of reef-coral and sea-urchin distributions from late Cretaceous to Recent, using a new method. Gondwana and Tethys Geological Society Special Publication No. 37(ed. By G. Audley-Charles & A. Hallam), pp. 275–306. Oxford University Press, Oxford.

Entonces para hacer un PAE, necesitas:

1) Definir el área de estudio. Por ejemplo: México.

Descargue acá la cartografía base, así como el mapa de Provincias biogeográficas de México.


2) Definir el o los grupos taxonómicos de trabajo: Ejemplo: Géneros de plantas.

Descargue acá el archivo de géneros de plantas y coordenadas geográficas. Este fue obtenido en la página del Natural History Museum - London.


3) Utilizar los siguientes programas.

QGIS (https://www.qgis.org/es/site/)

PAST software (Descarga acá)

TNT (http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/)

WinClada  (Descarga acá)

MS-Excel

Entonces teniendo esto podemos preparar nuestros datos para hacer el PAE.

Cargue los shapefiles (México y provincias biogeográficas) y el archivo CSV (Datos_generos_plantas.csv) como capas en QGIS:

Realicemos una unión de atributos por localización; para ello vaya al menú vectorial y luego a herramientas de gestión de datos, y finalmente a la opción “Join atributes by location”. Luego elija las capas de entrada, y de unión. Seleccione ejecutar; el resultado puede verse como una nueva capa creada:

Exporte la capa recién creada como CSV, y guárdela en una carpeta de su preferencia. Asegúrese que cada campo este separado por punto y coma, esto permitirá que su lectura en MS-Excel sea más rápida.
Abra el archivo en MS-EXCEL; deberá mostrarse algo similar a la siguiente ventana.

Realice una tabla de referencias cruzadas con las siguientes características: Campos de fila “species” y campos de columna “Province”.

Copie estos datos en una nueva hoja, agregue una columna de nombre RAIZ, y coloque “0” o ceros donde hay celdas vacías. Luego abra el programa PAST, y copie los datos de las especies y provincias de la tabla de referencias cruzadas. No copie los totales. En PAST, ahora vaya al menú “transform” y a la opción “Abundance to presence/ausence”; Observe que la tabla solo contiene 0 y 1 (ceros y unos).
Finalmente vaya al menú “Edit” y luego a la opción “transpose”.

Ahora ya podemos realizar el PAE con el prgrama TNT:

Y ver las sinapomorfías, en este caso, del consenso estricto:

Finalmente, si lo desean pueden usar WinClada para ver el mismo árbol con las sinapomorfías:

Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución (updated)

En estos tiempos de aislamiento social y restricciones de movilidad, producto de la pandemia por COVID19 (acá una aplicación web sobre el estatus de la pandemia), muchos de nosotros esperamos encontrarnos con eventos de este tipo.

Se trata de la I Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución, la cual pretende llegar a las personas con restricciones económicas para asistir a reuniones científicas con intereses en tópicos de la biología evolutiva.

La inscripción es muy sencilla...ingresa acá

El evento tendrá lugar los días 28, 29 y 30 de julio a través de sesiones de Zoom. El idioma de las charlas es elegible por los hablantes (del inglés, español o portugués). Pero las diapositivas / presentaciones y multimedia deben estar en inglés.

El evento se divide en seis simposios que cubren una amplia variedad de disciplinas. Cada simposio tendrá un orador principal y cuatro charlas.

Gracias totales... J. Grosso, A. Adruchow-Colombo, J. S Arias, A. Torres, y demás organizadores.





Actualización al 30-7-2020:

Así quedaron las ponencias y sesiones de posters:










 







Y acá la foto de parte del grupo que asistimos,... pero les digo,...había más de 1000 participantes:

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB) - Resúmenes

Hola a tod@s

Les traigo información reciente relacionada con la XIII-RACB.



Acá tienen las direcciones donde podrán ver todo lo relacionado a la presentación (formato) y envió de resúmenes: 

Fecha límite envío de resúmenes: 22 de Febrero 2019.

Para revisar el formato de los resúmenes ir al siguiente enlace: Formato de resúmenes

Para enviar un resumen ir al siguiente enlace: Envío de resúmenes online



Finalmente les dejo el vínculo de la 2da circular

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)

Estimad@s amigos


Esperamos mucho tiempo, pero ya tenemos fecha de la próxima Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)!

El evento se desarrollará en la ciudad de San Miguel de Tucumán del 8 al 10 de abril del 2019. La XIII RACB es auspiciada por la Unidad Ejecutora Lillo - CONICET, Fundación Miguel Lillo:

Preparen sus ponencias! Nos vemos en Tucumán...

Acá les comparto el pdf con la primera circular.