XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)

Estimad@s amigos


Esperamos mucho tiempo, pero ya tenemos fecha de la próxima Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)!

El evento se desarrollará en la ciudad de San Miguel de Tucumán del 8 al 10 de abril del 2019. La XIII RACB es auspiciada por la Unidad Ejecutora Lillo - CONICET, Fundación Miguel Lillo:

Preparen sus ponencias! Nos vemos en Tucumán...

Acá les comparto el pdf con la primera circular.

Taller intensivo Morfometría Geométrica 2018

Hola a tod@s

A continuación se remiten fotografías del Taller Morfometría Geométrica dictado del 2 al 6 de julio en la Facultad de Cs. Biológicas de la Universidad Central del Ecuador (UCE). Esta capacitación se realizó en el marco del V Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica (ver entrada pasada con la información).

Entre los cursantes tuvimos estudiantes de Biología UCE (6to, 7mo, 8vo y 9no semestres), así como estudiantes y egresados de otras instituciones: Universidad de Azuay, Universidad de las Américas, y Universidad San Francisco de Quito. 

 

 

Taller intensivo de Cladística - Universidad Central del Ecuador 2017

La semana del 26 al 30 de julio, tuve la oportunidad de dictar junto al PhD. Juan Carlos Navarro (Docente-Investigador de UISEK), el taller de Cladística en la Universdiad Central del Ecuador (UCE). Este taller teórico-práctico fue organizado por la Docente-Investigadora de la UCE PhD. Ana Soto-Vivas y auspiciado por la Jornada científica IV Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica. La Jornada tuvo el propósito de incentivar la divulgación de la producción científica nacional e internacional en las diferentes disciplinas de la Biología y áreas afines. El evento tuvo como eje central el tema EVOLUCIÓN e incluyó tres días de conferencias. Contó con charlas magistrales, exposiciones de trabajos libres, concurso de fotografía y diversos talleres.

El taller de Cladística tuvo una participación de 20 personas: 16 estudiantes de 3ero, 7mo y 8vo semestre de la Carrera Ciencias Biológicas, dos egresados de la UCE, y dos profesionales de otras instituciones.

Les coloco el contenido del curso:

1. Bases teóricas de la Cladística.

2. Codificación y polaridad de caracteres.

3. Construcción de árboles.

4. Estimadores y estadísticos en árboles.

5. Morfofilogenias (Morfometría geométrica y cladística).

6. Cladística, ADN y métodos alternativos.

7. Aplicaciones de la Cladística.

Actividades prácticas:

1. Construcción de árboles por argumentación de Hennig.

2. Elaboración de matrices con Mesquite

3. Manejo de programas de inferencia filogenética: Uso de TNT

La guía N°3:

Práctica n3 Cladística UCE de Universidad Regional Amazónica IKIAM / Universidad de Carabobo

...y las fotos del curso:

 

Charla sobre cuantificación del fenotipo mediante morfometría geométrica

Acá les muestro la charla que tuve en la Universidad Regional Amazónica IKIAM:

Los humanos en su afán de organizar y clasificar la diversidad biológica, han venido tratando de utilizar formas eficientes para describir la diversidad fenotípica de los organismos. La morfometría geométrica se presenta como una herramienta que cuantifica estas variaciones en dos componentes: conformación y tamaño. En esta charla se mostrarán algunas aplicaciones de la morfometría en distintos grupos de animales.

Quantitative Cladistics and Use of TNT.... (P. Goloboff's slides)

Cladistics and Use of TNT

 

All Rights Reserved

© Pablo A. Goloboff

Instituto Superior de Entomología, CONICET

Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo,

Miguel Lillo 205, 4000 S.M. De Tucumán

 

 

 

Quantitative Clad is Tics

CURSO: "PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA"

Noticias sobre Filogenética: 1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filog...: Este viernes finalizamos el 1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filogenia" de Ecuador...

Universidad Central del Ecuador (UCE)

Centro Internacional de Zoonosis (CIZ)

Proyecto Prometeo-Senescyt

CURSO:

PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA:

Desde la morfología hasta el ADN.

26 Abril – 14 Junio 2013

 

Coordinador Científico:                Prof. Washington Benítez-Ortiz Ph.D.

Coordinador Académico:              Prof. Juan-Carlos Navarro, Ph.D, Investigador Prometeo-Senescyt-INSPI-CIZ-UCE (Universidad Central de Venezuela)

Lugar:                                                         Auditorio 2 / CIZ-UCE

Número de horas:                              TOTAL 36 horas

21 horas teóricas

15 horas práctica

10 horas consultas e informes

Aval Académico:                     Instituto Universitario de Capacitación Pedagógica

 

Objetivo general:

Iniciar al participante en los conceptos, filosofía y práctica de la Cladística como método de inferencia evolutiva para estudios y análisis de filogenia, así como sus aplicaciones en las diferentes áreas de la Biología general.

Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística

Esta información fue colocada en el Grupo Clado de Yahoo:

Los invitamos a participar del Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística, organizado por el PROBIOL (Programa de Posgrado en Biología), Mendoza.

El evento tendrá lugar los días 13 al 17 de Mayo del 2013 en el CCT-CONICET Mendoza.

Este curso está destinado a estudiantes avanzados de carreras de Ciencias Naturales y estudiantes de doctorado que planean utilizar la metodología Cladística en sus proyectos de tesis.

Aquí tienen el PDF de el curso.

Para mayor información contactar a PROBIOL: Informes e inscripción para los cursos: María Eugenia Pozzatto (probiol@fca.uncu.edu.ar; 0261-413-5000, int. 1123).

Matrices morfométricas 2D y 3D

En esta entrada les traigo unas matrices para que puedan practicar los análisis filogenéticos (utilizando parsimonia) de datos continuos, particularmente puntos anatómicos de referencia (=landmarks).

El programa TNT admite matrices de landmarks en dos (X,Y) y en tres (X,Y,Z) dimensiones:

Esta es una matriz 2D (Sneath.tnt), para cuatro géneros de Hominidos:

Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run























Esta es una matriz 3D (Caiman_3D.tnt), basada en un articulo sobre ontogenia en Cocodrilia:

















Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run

Esta es una matriz 3D (Cercocebus_3D.tnt), basada en un articulo sobre dimorfismo en Cercocebus:

Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run

Megafilogenias: ¿Quién y cómo lo hicieron?

¿Existe un record para la filogenia de mayores dimensiones posible?

Imaginen el Record Mundial Guinnes para la filogenia que contemple el mayor número de taxa posibles (Megafilogenia):

Ya existe un record:

Goloboff, P.A., Catalano, S.A., Mirande, J.M., Szumik, C.A., Arias, J.S., Kallersjo, M., Farris, J.S., 2009. Phylogenetic analysis of 73 060 taxa corroborates major eukaryotic groups. Cladistics 25, 211– 230.

Esto no implica que hasta el 2009 no se realizaran megafilogenias. Sin  embargo, este es el estudio de mayores dimensiones (taxa y caracteres) conocido hasta el momento. 

Recientemente, Goloboff y Catalano (2012) publicaron un articulo donde se explica como puede prepararse una matriz de tales dimensiones:

              Este es el manual de GB-to-TnT: GB2TNT_MANUAL.pdf 

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El año pasado, tuvimos la visita del Dr. Pablo Goloboff, durante el Congreso Venezolano de Entomología. En su Charla nos mostró algunos de los avances que permitieron realizar esta Megafilogenia. Aquí les dejo la presentación:

Venezuela_2011.ppt

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Matrices para docencia en Biología Animal

La siguiente entrada esta dedicada a los Docentes en Biología Animal y Zoología. En la asignatura Biología Animal de la Carrera Licenciatura en Biología en la Universidad de Carabobo, tenemos un tema que se titula “Recapitulación de la filogenia de Metazoa”. La idea es que los participantes vean varias hipótesis filogenéticas en Metazoa (desde las clásicas hasta las más recientes). En este sentido, años atrás recopilé algunas matrices morfológicas y moleculares para realizar filogenias utilizando programas ad hoc.

Acá les coloco algunas matrices morfológicas “clásicas”, basadas en las siguientes referencias:

Brusca, R.C., Brusca, G.J. 2005. Invertebrados. McGraw-Hill/Interamericana de España, S.A.U., Madrid. 1005 p.

Eernisse, D.J., Albert, J.S., Anderson, F.E. 1992. Annelida and Arthropoda are not sister taxa: A phylogenetic analysis of spiralian metazoan morphology. Systematic Biology, 41, 305-330.

Nielsen, C. 2001. Animal Evolution, Interrelationships of the Living Phyla Second Edition, Oxford University Press, Oxford, 563 p.

La matrices tienen la extensión “.ss” (de Hennig86), no obstante pueden abrirlas en programas como NoNa (y Piwe), WinClada, y TNT.

Brusca-Brusca2005.ss (Taxa = 35 ; caracteres = 96)

Eernisse_et_al1992.ss (Taxa = 26 ; caracteres = 141)

Nielsen2001.ss (Taxa = 32; caracteres = 64)

Las figuras a continuación son los consensos estrictos de corridas en TNT (con búsquedas tradicionales). Sin embargo, como se darán cuenta cuando vean cada archivo, las matrices no incluyen la lista de caracteres, así que deben tener las referencias para saber que carácter corresponde con cada número. Por cierto si alguien ya tiene estas matrices, y ademas poseen los caracteres, o tiene tiempo de hacerlo, sería excelente si las mandan para sustituirlas.

Ontologías, imagenes, bases de datos y Biología Evolutiva - Dr. Martin Ramírez

Presentación del Dr. Ramirez





Articulo relacionado:

Ramírez, M. J., J. A. Coddington, W. P. Maddison, P. E. Midford, L. Prendini, J. Miller, C. E. Griswold, G. Hormiga, P. Sierwald, N. Scharff, S. P. Benjamin, W. C. Wheeler. 2007. Linking of digital images to phylogenetic data matrices using a morphological ontology. Systematic Biology, 56, 283–294.