Curso de Posgrado en análisis Filogenético 2017 - Argentina

Del 20 al 24 de noviembre del 2017 se estará realizando:

Taller intensivo de Cladística - Universidad Central del Ecuador 2017

La semana del 26 al 30 de julio, tuve la oportunidad de dictar junto al PhD. Juan Carlos Navarro (Docente-Investigador de UISEK), el taller de Cladística en la Universdiad Central del Ecuador (UCE). Este taller teórico-práctico fue organizado por la Docente-Investigadora de la UCE PhD. Ana Soto-Vivas y auspiciado por la Jornada científica IV Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica. La Jornada tuvo el propósito de incentivar la divulgación de la producción científica nacional e internacional en las diferentes disciplinas de la Biología y áreas afines. El evento tuvo como eje central el tema EVOLUCIÓN e incluyó tres días de conferencias. Contó con charlas magistrales, exposiciones de trabajos libres, concurso de fotografía y diversos talleres.

El taller de Cladística tuvo una participación de 20 personas: 16 estudiantes de 3ero, 7mo y 8vo semestre de la Carrera Ciencias Biológicas, dos egresados de la UCE, y dos profesionales de otras instituciones.

Les coloco el contenido del curso:

1. Bases teóricas de la Cladística.

2. Codificación y polaridad de caracteres.

3. Construcción de árboles.

4. Estimadores y estadísticos en árboles.

5. Morfofilogenias (Morfometría geométrica y cladística).

6. Cladística, ADN y métodos alternativos.

7. Aplicaciones de la Cladística.

Actividades prácticas:

1. Construcción de árboles por argumentación de Hennig.

2. Elaboración de matrices con Mesquite

3. Manejo de programas de inferencia filogenética: Uso de TNT

La guía N°3:

Práctica n3 Cladística UCE de Universidad Regional Amazónica IKIAM / Universidad de Carabobo

...y las fotos del curso:

 

Curso de Morfometría Geométrica en Quito 2016

En esta entrada les traigo fotos de un nuevo curso de Morfometría Geométrica en Ecuador. Este se realizó en la Universidad de las Fuerzas Armadas (ESPE). Contó con la participación de Investigadores y estudiantes de ESPE, profesionales de la Universidad Regional Amazónica IKIAM, así como profesionales de AGROCALIDAD.

Curso Técticas moleculares en sistemática

La Universidad Nacional de Córdoba - ARGENTINA invita:

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 951-T-2012).

Modalidad: Teórico-práctico

Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).

Fecha de realización: 11 al 15 de marzo de 2013.

Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.

Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)

Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal

Cupo: 12 alumnos. En lo posible, traer notebook para llevar a cabo la parte de uso de programas de análisis de datos.

Arancel: $ 700. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 560.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.

OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.

2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).

3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.

4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA

1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.

2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.

3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).

5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: ISSR y AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).

6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.

7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.

8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.

BIBLIOGRAFIA BASICA

1. Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
2. De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
3. Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
4. Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
5. Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
6. Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
7. Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.

Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, R. González Ittig y M. Chiappero.

Informes y pre-inscripciones:

vía e-mail entre el 1º de febrero hasta el 1º de marzo de 2013

marina.chiappero@gmail.com

Requisitos para la pre-inscripción:

- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas,

- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el lunes 4 de marzo de 2012.

NDM ahora exporta a DIVA GIS

En esta entrada les traigo buenas noticias: La última versión de NDM (noviembre 2012) puede exportar las áreas y especies endémicas a el programa DIVA-GIS. Luego estos archivos son fácilmente transformados (vía DIVA GIS) al formato shapefile. Anteriormente se requería el programa GLOBALMAPPER para pasar las áreas, desde el formato acf (Area Coordinate file) a el formato shp (shapefile).

Acá les dejo un pequeño tutorial de como realizar este procedimiento. Pero antes actualicen su versión de NDM y descarguen la última versión de DIVA GIS; en este paso-a-paso fue utilizado DIVA GIS ver. 7.5.

Muy bien, empecemos!

Lo primero es abrir un conjunto de datos, en este caso estos son los datos liecoy.xyd (datos en formato XYdata) para un grupo hipotético de organismos.

 

Fíjense que agregué el comando “ynegative” para invertir los datos; esto es opcional, pues lo importante es mostrar como pasar las áreas a formato shapefile.

Ejecutamos NDM y abrimos el archivo “liecoy.xyd”

Luego indicamos que deseamos crear una nueva matriz de datos (cuadriculas o grillas).

Realizamos una búsqueda de áreas endémicas con los parámetros deseados.

Seleccionamos una área, en este caso la primera de las siete encontradas. Y con el comando “v” podemos mirar las especies endémicas de esa área y la contribución de cada especie a el score o índice de endemicidad.

Seleccionamos la opción de el menú: File-->Save coordinates for GIS-->Save for DIVAGIS

Durante este proceso se generarán dos archivos: Uno conteniendo la información de las cuadriculas o grillas, y el segundo con las especies contenidas en estas.

Para que tengan una idea, les muestro la página de el manual de DIVA GIS donde aparece el formato de los archivos de texto (.TXT) para polígonos.

Ejecutamos DIVA GIS, y seleccionamos la opción de el menú: Data-->Text to Line or Polygon Shapefile. Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las áreas) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

Finalmente el archivo con las especies endémicas, lo importamos con la opción de el menú: Data-->Import Points to Shapefile-->From text file (.TXT). Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las esepcies) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

La última figura muestra todos los pasos pero con un conjunto de datos de Venezuela. En este caso es una matriz con la distribución de 1292 especies (Invertebrados y Vertebrados); este análisis fue mostrado en otra entrada.

Curso: Cladística y Biogeografía

CURSO INTERNACIONAL: CLADISTICA Y BIOGEOGRAFIA

14 – 23 de Enero de 2013
Lima – Perú

Fecha Limite de Inscripción: 1 de octubre de 2012
Resultados: 5 de Octubre de 2012

CLADÍSTICA: MÉTODOS CUANTITATIVOS DE CLASIFICACIÓN:

14 al 18 de Enero de 2013.

Modalidad del Curso

Curso teórico/práctico, con fuerte énfasis en los aspectos prácticos. Las clases teóricas se usan para introducir la problemática general en cada tema, y los prácticos se utilizan para ilustrar y terminar de entender los temas vistos en las clases teóricas. La dinámica del curso es bastante informal, pasando de modalidad "teórico" a modalidad "práctico" rápidamente y a requerimiento de los participantes.

Las clases serán diarias, de 9:30 a 18:30 hs. aprox.

Duración: 40 horas aprox.

BIOGEOGRAFIA: NDM/VNDM/VIP - PROGRAMAS DE COMPUTACIÓN PARA BIOGEOGRAFÍA, FUNDAMENTOS Y APLICACIONES:

21 al 23 de Enero de 2013.

Objetivos:

Brindar a los alumnos los fundamentos teóricos y metodológicos de algunas preguntas y problemas de la biogeogeografía histórica. Se propone dar a los alumnos herramientas básicas sumamente necesarias para desarrollar estudios biogeográficos. De manera que los objetivos de este curso no son sólo mostrar los fundamentos teóricos sino también su aplicación práctica mediante el uso de programas de computación específicamente desarrollados para estos estudios.

Organización general:

El curso constará de clases teóricas (3hs) y prácticas (5hs) durante 3 días, un total de 24 horas. Dado el énfasis en la aplicación práctica de la metodología biogeográfica se necesita obligadamente del uso de computadoras, idealmente UN alumno por computador.

Las clases serán diarias, de 9:30 a 18:30 horas. aprox.


INSTRUCTORES:

Cladística: Métodos Cuantitativos de Clasificación

• Responsable: Dr. Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)
• Colaboradora: Dra. Claudia Szumik (Inv. Indep. CONICET)

NDM/VNDM/VIP: Programas de Computación para Biogeografía: Fundamentos y Aplicaciones

• Responsable: Dra. Claudia A. Szumik (Inv. Indep. CONICET)
• Colaborador: Dr. Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)

Sistemática Teórica - UBA

Hola amig@s,

Deseo recomendarles que visiten esta página de la Asignatura Sistemática Teórica:

En ella encontrarán información sobre seminarios que se dictan en el Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia", asi como toda la información (clases teóricas, prácticas, bibliografía) sobre la asignatura.

Los Docentes de la Asignatura:

Martín J. Ramírez (Profesor a cargo)

División Aracnología

Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET

Av. Angel Gallardo 470

C1405DJR Buenos Aires

Viviana A. Confalonieri (Profesora)

Laboratorio GIFF - Departamento de Ecología, Genética y Evolución

Pabellón II, 4to piso, Laboratorio 60

Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Intendente Güiraldes y Costanera Norte

Buenos Aires C1428EHA

Alexandra M. Gottlieb (Jefa de Trabajos Prácticos)

Departamento de Ecología, Genética y Evolución

Pabellón II, 4to piso, Laboratorio 62

Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Intendente Güiraldes y Costanera Norte

Buenos Aires C1428EHA

Gisèle Perthuy (Ayudante de Primera)

Departamento de Ecología, Genética y Evolución

Pabellón II, 4to piso, Laboratorio 62

Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Intendente Güiraldes y Costanera Norte

Buenos Aires C1428EHA

Colocaré el vinculo en la lista de páginas... para que podamos accesarlo desde el blog.

Clase de Biogeografía y SIG

Presentación clase biogeografia

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