Charla sobre Biogeografía histórica de patógenos y hospedadores

Esta charla abordará un análisis de endemismo realizado con base en registros de patógenos (Arbovirus, tremátodos, nematodos, etc) y hospedadores (incluyendo vectores) de Venezuela.

Gráfica de descargas para mapas base utilizables en NDM

Acá les coloco una gráfica que muestra las descargas de mapas base para utilizarlos en el programa NDM; estas descargas se han venido realizando desde 2011 cuando inicié con los primeros mapas.

 

Recordando un poco, en la primera entrada de mi blog sobre mapas base para NDM:

Les remito la informacion que aparece en el manual de NDM (Szumik et al. 2006: 9)

"En este tipo de matrices VNDM permite poner de fondo los límites de un mapa. Esto se logra incluyendo al final del archivo:

map

line

66.217 21.767

66.183 21.783

66.167 21.800

66.117 21.817

66.067 21.833

66.050 21.850

66.050 21.867

66.050 21.883

Cada línea (máximo 300 líneas) del mapa puede tener hasta 5000 referencias planas. Nótese que si se termina de definir la península de Yucatán y se pasa a la costa occidental de México debe definirse una nueva línea, sino ese salto aparecerá dibujado también en el mapa. También es posible editar las líneas en modo gráfico y salvar posteriormente las coordenadas resultantes".

Y si quieren leer un artículo más reciente sobre áreas de Endemismo, les recomiendo:

Areas of Endemism: Methodological and Applied Biogeographic Contributions from South America

Me gustaría tener un "feedback" sobre los mapas que descargan, así que por favor coloquen algun comentario en la página.

Finalmente para los interesados en descargar los mapas para NDM, les coloco esta imagen interactiva con los vínculos de descargas:

¿Cómo realizar el método de propincuidad media de Rapoport usando un programa SIG?

Este método desarrollado por Eduardo Rapoport se basa en el concepto de distancia con el vecino más próximo y en la teoría de grafos. El primer paso es el trazado de un árbol de tendido mínimo (mst, en inglés) entre las localidades o nodos donde se ha verificado la existencia de la especie. Una vez medidas las distancias, se halla la media aritmética, y alguna medida de dispersión (varianza, desviación estándar o error estándar (Rapoport y Monjeau, 2001). El calculo del mst se realizará utilizando el programa PASSAGE, para lo cual necesitamos un archivo en formato shapefile (*.shp) como datos de entrada que contenga los biorregistros. En la siguiente figura se aprecia la vista de el programa PASSAGE:

Oprima con el botón derecho de ratón sobre la ventana “data monitor”, y aparecerá la opción “load data”. Seleccione el archivo shapefile:

A continuación, indique el formato Lat / Lon, y cliqueé en aceptar. Al hacer doble clic en el archivo, se pueden apreciar los datos:

 

Seleccione el menú “Create”. Luego oprima en “Distance / Angles for Coordinates”: 

Ahora oprima en “Connections / Tassellations”, y elija la opción de “Minimum Spanning Tree”:

Para ver el resultado, elija el menú “Draw”, y seleccione “Draw Points” y “Draw Connections”:

Para guardar los resultados del mst, oprima botón derecho del ratón sobre el diagrama del árbol de tendido mínimo, y seleccione “Export to Google Earth”:

Utilice el bloc de notas (o Notepad) para abrir el archivo guardado y verificar su estructura. Note que PASSAGE almacenó las coordenadas de el mst utilizando comas y no puntos para los decimales: <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <kml xmlns="http://earth.google.com/kml/2.0"> <Document>  <description>PASSaGE 2 GoogleEarth Export</description>  <name>PASSaGE 2 Export</name> . . .    <coordinates>      -71,4855996555,7,6150988275,0      -69,0809089063,8,8597462197,0     </coordinates>    </LineString> . . . Si deseamos cargar el árbol de tendido mínimo en  QGIS tenemos dos posibles soluciones: 1) cambiar los decimales a puntos utilizando el bloc de notas, o 2) cambiar la configuración de Windows, seleccionar la notación Norteamericana y repetir el análisis en PASSAGE: . . .    <coordinates>      -71.4855996555,7.6150988275,0      -69.0809089063,8.8597462197,0     </coordinates>    </LineString> . . . Para cargar la capa del mst en QGIS seleccione en el menú: Capa --> Añadir capa vectorial. Y a continuación elija el tipo de archivo KML (Keyhole Markup Language). Cambie las propiedades de mst para que pueda verse fácilmente:

 

En la última parte de el método de propincuidad media se deben calcular el promedio y alguna medida de dispersión (Ej: desviación estándar) para las distancias del mst. Para ello elegimos la capa de puntos de nuestra especie hipotética y utilizamos la herramienta del menú: Vectorial --> Herramientas de análisis --> Matriz de distancia. Luego elegir el tipo de matriz de salida: Matriz de distancia lineal (N*k x 3). Recuerde que la matriz de distancia posee los decimales en formato norteamericano, así que debe configurar MS-EXCEL o CALC de OpenOffice para que lo reconozca:

Ahora la matriz de distancia debe verse de la siguiente forma. Fíjese que aparece la distancia entre pares de puntos (InputID -> TargetID), así que solo debemos conocer que distancias se utilizaron para crear el mst:

InputID	TargetID	Distance
0	5	1,3124965233
0	3	3,1992492027
0	2	3,4386145291
0	8	4,0752566316
0	14	4,4727581951
0	13	4,7553475788
0	12	4,8508520012
0	1	4,9028601318
0	4	5,1487224861
0	9	5,3137516228
0	10	6,2233965449
0	6	6,3989988376
0	7	6,5732926456
0	11	7,5607337908
1	12	0,3042497689
1	14	1,1610465533
1	13	1,1753958548
1	11	2,7077083909

Para realizar esto colocaremos en QGIS una leyenda sobre los puntos para conocer su ID:

Fíjese que la capa de puntos muestra el ID de cada biorregistro:

Ahora en la matriz de distancia calcule los valores promedios y desviación estándar de la conexión (mst). Por ejemplo, busque la distancia entre 7 y 10, y así sucesivamente: 

Según estas distancias, el promedio es 1,288 grados y desviación estándar 0,869. Realice un buffer utilizando estos valores para los radios. Una vez finalizado, el resultado de el método de propincuidad media debería apreciarse como la siguiente figura:

Bibliografía

Rapoport E, Monjeau A. 2001. Aerografía. En: Introducción a la biogeografía en Latinoamérica: Teorías, conceptos, métodos y aplicaciones. Llorente J & JJ. Morrone (Eds.). UNAM, México. pp. 23 - 30.

Páginas de Internet:

QGIS Tutorials. Disponible en: http://qgis.spatialthoughts.com

QGIS Documentation. Disponible en: http://www.qgis.org/en/docs/index.html

Mapa base formato NDM para Islas Hawaii

En esta entrada les traigo el mapa base en formato NDM (xydata) de las Islas Hawaii (al final de la entrada podrán descargarlo):

Este mapa base fue realizado a partir del siguiente procedimiento:

1) Se visitó la página del SIG para el estado de Hawaii: http://planning.hawaii.gov/gis/

2) Entramos a la zona de descarga: http://planning.hawaii.gov/gis/download-gis-data/

3) Seleccionamos "Coastline" para descargar la linea de costa

4) Utilizamos el programa gvSIG para cargar el shapefile. En nuestro caso la linea de costa son polígonos:

5) Seleccionamos las herramientas de Sextante para emplear un algoritmo que transforme de polígono a polilínea:

Esto debe realizarse para luego colocar puntos equidistantes sobre la polilínea y obtener pocas coordenadas por polígono (recuerden que NDM sólo admite 500 coordenadas por mapa).

6) Una vez creadas las polilíneas, volvemos a emplear Sextante pero esta vez utilizamos el algoritmo que permite colocar puntos equidistantes a lo largo de cada línea. Fíjense que se colocó en tolerancia 5000.00 porque la proyección cartográfica esta en UTM (NAD83 1:24000):

7) Obtenemos los puntos, pero aun nos falta reproyectar el shapefile UTM (NAD83) a el sistema de coordenadas geográficas en WGS84. Esto lo logramos con la herramienta de geoproceso Reproyectar que posee gvSIG:

8) Finalmente preparamos el archivo xydata siguiendo el formato de NDM.

Aqui tienen el archivo XYD para su descarga.

Mapa interactivo con recopilación de mapas base (xydata) para países

Este mapa interactivo realizado con Thinglink es una recopilación de las distintas entradas de el blog donde realicé varios mapline (mapa base) para el programa NDM que determina áreas de endemismo, espero les guste esta figura interactiva:

Mapas base para NDM (12)

Recientemente preparé mapas base a partir de los siguientes trabajos:


MORRONE JJ. 2001. Biogeografía de América Latina y el Caribe, Vol. 3. Zaragoza, Spain: Manuales & Tesis, SEA. 152p.

MORRONE JJ. 2006. Biogeographic areas and Transition Zones of Latin America and the Caribbean Islands based on panbiogeographic and cladistic analyses of the entomofauna. Annu. Rev. Entomol. 51: 467-494.

Para los interesados, les dejo el mapa de Biogeografía de América Latina y el Caribe en SHP.

Aquí esta el mapa de la Subregión Amazónica:

y la descarga en formato XYD y SHP


Este es el mapa de la Zona de Transición Suraméricana

y acá la descarga en formato XYD y SHP

Mapas base para NDM (11)

En esta entrada les traigo dos mapas base para NDM.

El primero de ellos, India:

y el otro, para Nueva Zelandia:

Aquí tienen los archivos de India en formato XYD y SHP, y el de Nueva Zelandia en XYD y SHP.

Mapas bases para NDM (10)

 En esta entrada les traígo el mapa base (formato xydata) para NDM de la Antártida.

Pero antes, esto fue lo que hice para que se vea desde la vista polar:

1) Entre en esta página: http://nsidc.org/

2) Me suscribí y descargué la capa de linea de costa (en formato UTM de una proyeccion polar). Esta es la cita que deben incluir para indicar de donde se obtuvieron los datos:

Haran, T., J. Bohlander, T. Scambos, T. Painter, and M. Fahnestock compilers. 2005, updated 2006. MODIS mosaic of Antarctica (MOA) image map. Boulder, Colorado USA: National Snow and Ice Data Center. Digital media.

3) Lleve esta capa en UTM a GVSIG y utilice la opción:

Geoprocesos->conversion de datos->reproyectar para pasarla a lat/long.

La proyeccion usada fue EPSG 4736 (Deception Island).

4) Seguidamente utilizo ArcView, y verifico la nueva capa, para convertir la linea en un set de puntos con coordenadas.

4.1) Como la linea de costa venia de una imagen MODIS, la cantidad de puntos era muy grande. Asi que utilice una extensión que me permite colocar puntos equidistantes sobre la linea (en este caso utilice una
distancia de 2 unidades mapa). Esto da aproximadamente como 190 puntos...

5) Finalmente preparé el archivo para NDM. Noten que tiene unas opciones de "transpose" para girar los datos...

Bueno aquí esta el archivo XYD y como siempre el SHAPEFILE.

Curso Modelado de distribución de especies

Navegando por allí me encontré con estos videos (14 en total) del CONABIO, sobre Modelado de distribución de especies:

Introducción





El resto de los videos los pueden ver aquí


También encontré esta guía sobre Nichos y Áreas de Distribución del CONABIO:

Página interesante sobre Cartografía y SIG

Deseo recomendar esta página:

 
















http://mappinggis.com/

Posee un enlace de Tutoriales, con el siguiente comentario:

"En nuestro afán de difundir el conocimiento y ayudar a todos los interesados en la tecnología geoespacial a mejorar sus aptitudes, hemos recopilado en una única entrada un listado de recursos útiles para todos los que trabajen en el ámbito SIG. Los tutoriales de SIG incluyen libros electrónicos, manuales o cursos relacionados con los SIG. Todos gratuitos."

Mapas base para NDM (9)

Tenía tiempo que no colocaba un mapa base para NDM. Este es uno que siempre quise hacer, y se relaciona el siguiente artículo que lei hace algunos años...

Biogeographic relationships of the Galapagos terrestrial biota: parsimony analyses of endemicity based on reptiles, land birds and Scalesia land plants. 2001. Journal of Biogeography

Un poco de información sobre el artículo:

Location

The Galapagos archipelago is located 1000 km off the western coast of Ecuador. It is formed by 13 large islands (greater than 10 km2), six smaller islands and over 40 islets that have official names. Other small rocks and islets remain unnamed. The archipelago straddles the equator at the 90th meridian west.

Methods

Lists of the living reptilian, land bird species and genera and Scalesia land plant species were compiled from various published and online works. Parsimony Analysis of Endemicity (PAE) was used to find the most parsimonious cladograms depicting the biogeographic relationships of Galapagos to the American continents and the intra-archipelago ones. Analyses of species richness vs. island extents, species sharing vs. distance between islands, and species sharing vs. island extents were performed to assess the distribution patterns of the analysed vertebrates.

Results

Genus distribution-based PAE results suggest that Galapagos archipelago was settled by South American reptiles. The Galapagos islands cluster with Ecuador, Chile and Peru. A large American clade including Meso-America, USA, Mexico and Colombia is supported by this work too. Sister group relationships between the Galapagos–western South American clade and the large American clade are not defined. Species distribution-based PAE results are not able to place the Galapagos into any clade. PAE intra-archipelago output shows that large islands cluster together, very small islands are placed with lesser confidence because of ecological noise explained by the analyses of species richness vs. extent, shared species vs. distance between islands, and shared species vs. extent relationships. This distribution-based work supports previously published phylogeny-based biogeographic analyses and corroborates them with an independent evidence. Two competing colonization models of the archipelago are discussed.


Esta es la imagen para los mapas base:

Aquí esta el enlace para el archivo XYD, y como siempre en formato shapefile (SHP).

Creado Grupo Google de discusión Biogeografía

Recientemente fue creado un grupo de discusión llamado:

 
GRUPO LATINOAMERICANO Y CARIBEÑO DE BIOGEOGRAFÍA

El “Grupo Latinoamericano y Caribeño de Biogeografía” pretende promover el desarrollo y consolidación de una comunidad biogeográfica diversa. Está abierto a la participación de biogeógrafos, ya sean profesores, investigadores, estudiante o aficionados.

https://groups.google.com/d/forum/biogeo-la

Te invitamos a participar, pero antes las reglas para realizar los comentarios:

Normas de uso:

Nombres de usuarios: 

 
es requisito identificarse con el nombre real.
 

Eliminación de mensajes:
serán eliminados los mensajes fuera de tema (off-topic), anuncios (spam), cadenas.
 

Normas de estilo

a.      No utilizar mayúsculas en el título ni abusar de ellas en el contenido. En internet equivale a gritar y es muy desagradable.

b.      El idioma a usar es el español o el portugués. Evitar el lenguaje soez y los localismos.

c.      Escribir de la manera más correcta posible.

Normas de contenido

a.      No incluir contenidos ilegales, tales como piratería o prácticas de dudosa ética o legalidad.

b.      No se permite contenido racista, xenófobo, homófobo o sexista, así como insultos a otros usuarios o moderadores.

c.      La crítica constructiva siempre es bienvenida, no así la destructiva.

d.      No está permitida la publicidad o promoción directa de productos o servicios. A menos que esté totalmente justificada.

e.      No se permitirán contenidos que se desvíen de la temática general del foro ni aquellos que carezcan de la debida seriedad.

Fuentes de contenidos

Si se va a publicar contenido de otras personas, siempre hay que citar la fuente original. Utilizar siempre las comillas en citas textuales.

Nomes de usuários:
é necessário identificar-se com o nome verdadeiro 

Eliminação de mensagens:
serão eliminadas as mensagens fora do tema (off-topic), anúncios (spam), correntes.
 

Normas de estilo

a.      Não utilizar maiúsculas no título nem abusar delas no conteúdo. Na internet equivale a gritar e é muito desagradável.

b.               Usar o espanhol ou o português. Evitar o "portunhol".

c.               Escrever corretamente.

Normas de conteúdo

a.               Não é permitido incluir conteúdos ilegais, tais como pirataria ou práticas de duvidosa ética ou legalidade.

b.               Não é permitido conteúdo racista, xenófobo, homófobo ou sexista, assim como insultos a outros usuários ou moderadores.

c.               A crítica construtiva sempre é bem-vinda.

d.               Não é permitido a propaganda ou promoção direta de produtos ou serviços, a menos que totalmente justificado.

e.               Não é permitido conteúdos que se desviem da temática geral do fórum nem aquelas que careçam da devida seriedade.

Fontes de conteúdos

Se publicar conteúdo de outras pessoas, sempre citar a fonte original. Sempre utilizar as aspas em citação textual.

NDM ahora exporta a DIVA GIS

En esta entrada les traigo buenas noticias: La última versión de NDM (noviembre 2012) puede exportar las áreas y especies endémicas a el programa DIVA-GIS. Luego estos archivos son fácilmente transformados (vía DIVA GIS) al formato shapefile. Anteriormente se requería el programa GLOBALMAPPER para pasar las áreas, desde el formato acf (Area Coordinate file) a el formato shp (shapefile).

Acá les dejo un pequeño tutorial de como realizar este procedimiento. Pero antes actualicen su versión de NDM y descarguen la última versión de DIVA GIS; en este paso-a-paso fue utilizado DIVA GIS ver. 7.5.

Muy bien, empecemos!

Lo primero es abrir un conjunto de datos, en este caso estos son los datos liecoy.xyd (datos en formato XYdata) para un grupo hipotético de organismos.

 

Fíjense que agregué el comando “ynegative” para invertir los datos; esto es opcional, pues lo importante es mostrar como pasar las áreas a formato shapefile.

Ejecutamos NDM y abrimos el archivo “liecoy.xyd”

Luego indicamos que deseamos crear una nueva matriz de datos (cuadriculas o grillas).

Realizamos una búsqueda de áreas endémicas con los parámetros deseados.

Seleccionamos una área, en este caso la primera de las siete encontradas. Y con el comando “v” podemos mirar las especies endémicas de esa área y la contribución de cada especie a el score o índice de endemicidad.

Seleccionamos la opción de el menú: File-->Save coordinates for GIS-->Save for DIVAGIS

Durante este proceso se generarán dos archivos: Uno conteniendo la información de las cuadriculas o grillas, y el segundo con las especies contenidas en estas.

Para que tengan una idea, les muestro la página de el manual de DIVA GIS donde aparece el formato de los archivos de texto (.TXT) para polígonos.

Ejecutamos DIVA GIS, y seleccionamos la opción de el menú: Data-->Text to Line or Polygon Shapefile. Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las áreas) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

Finalmente el archivo con las especies endémicas, lo importamos con la opción de el menú: Data-->Import Points to Shapefile-->From text file (.TXT). Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las esepcies) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

La última figura muestra todos los pasos pero con un conjunto de datos de Venezuela. En este caso es una matriz con la distribución de 1292 especies (Invertebrados y Vertebrados); este análisis fue mostrado en otra entrada.