TNT el mejor programa de parsimonia

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16 de junio de 2020

Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución (updated)


En estos tiempos de aislamiento social y restricciones de movilidad, producto de la pandemia por COVID19 (acá una aplicación web sobre el estatus de la pandemia), muchos de nosotros esperamos encontrarnos con eventos de este tipo.

Se trata de la I Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución, la cual pretende llegar a las personas con restricciones económicas para asistir a reuniones científicas con intereses en tópicos de la biología evolutiva.

La inscripción es muy sencilla...ingresa acá

El evento tendrá lugar los días 28, 29 y 30 de julio a través de sesiones de Zoom. El idioma de las charlas es elegible por los hablantes (del inglés, español o portugués). Pero las diapositivas / presentaciones y multimedia deben estar en inglés.

El evento se divide en seis simposios que cubren una amplia variedad de disciplinas. Cada simposio tendrá un orador principal y cuatro charlas.

Gracias totales... J. Grosso, A. Adruchow-Colombo, J. S Arias, A. Torres, y demás organizadores.

SBEmeeting



Actualización al 30-7-2020:

Así quedaron las ponencias y sesiones de posters:


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Y acá la foto de parte del grupo que asistimos,... pero les digo,...había más de 1000 participantes:




2 de septiembre de 2018

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)

Estimad@s amigos


Esperamos mucho tiempo, pero ya tenemos fecha de la próxima Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)!

El evento se desarrollará en la ciudad de San Miguel de Tucumán del 8 al 10 de abril del 2019. La XIII RACB es auspiciada por la Unidad Ejecutora Lillo - CONICET, Fundación Miguel Lillo:




Preparen sus ponencias! Nos vemos en Tucumán...

Acá les comparto el pdf con la primera circular.




7 de junio de 2018


El V Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica de la Facultad de Ciencias Biológicas – Universidad Central del Ecuador, tiene el agrado de invitar al:

Taller PRINCIPIOS EN MORFOMETRÍA GEOMÉTRICA:





















































El taller es teórico-prácticos y se dictará en las tardes de los 5 días del Ciclo de Conferencias; en aulas y laboratorios adecuados.

A cada persona que participe tanto en las charlas como en alguno de los talleres, se le otorgará un certificado de capacitación o aprobación (depende del taller) de 40 horas.

Los costos para la inscripción (antes del 30 de junio) son:
          GRATIS para estudiantes UCE
          20$ para estudiantes externos y graduados Biología UCE
          30$ para profesionales

Para quienes paguen después del 30 de junio:
         GRATIS para estudiantes UCE
         25$ para estudiantes externos y graduados Biología UCE
         40$ para profesionales

El precio incluye la participación en uno de los talleres y el certificado.


1 de marzo de 2018

Curso de postgrado “Biogeografía Histórica Cuantitativa: un enfoque crítico”


Les remito la información:

Para más detalles, dirigirse a la página del curso en la Unidad Ejecutora Lillo

Docentes: Lone Aagesen (IBODA), Salvador Arias y Claudia Szumik (UE Lillo). Ayudante de campo: Alejandra Molina (UE Lillo).

Contenido: Este curso también difundido con el título: “Biogeografía de la A a la V” analizará criticamente conceptos, teorías y metodologías cuantitativas de dos grandes núcleos biogeográficos: las áreas de endemismo y la biogeografía filogenética. Incluirá generalidades y detalles de la cladística filogenética, visitaremos las diferentes instancias del manejo del espacio en el contexto de la biogeografía, revisaremos 40 años de biogeografía filogenética (historia de la tierra e historia del taxón), y es claro hablaremos sobre las áreas de endemismo consideradas como las unidades de estudio en BH. Las clases incluyen teóricos, ejercicios a realizar con computadora y una buena discusión. Aquellos con datos propios podrán traerlos para analizar durante la cursada. Este curso contará también con la sección terapia de proyecto. Así también ¡caminata biogeográfica!

Destinatarios: Tesistas e investigadores en Biología y carreras afines interesados en biogeografía y análisis filogenético.

Carga horaria: 50 hs. aprobado por el postgrado de la Facultad de Cs. Naturales (UNT).

Fecha: 25 al 29 de Abril. Tomar en cuenta que salimos para Villa Batiruana el 24 a la tarde.

Costo del curso: estamos intentanto que el costo sea el mismo que el curso de filogenia dictado en Nov. del 2017 (5mil). Esto incluye traslado a la Villa desde el Lillo (ida y vuelta), hospedaje, alimentación (las 4 comidas plus coffer breaks) este último ítem cuenta con mejoras notables en el servicio. 🙂

Fecha limite de preinscripción: 15 de Marzo de 2018.

Si decidís aplicar a la preinscripción, necesitamos que envíes a Claudia Szumik (szu.claudia@gmail.com) la siguiente info:

1- una carta de intención (por qué te sería útil este curso)
2- tus datos académicos generales (institución donde trabajas, director de tesis, tema de trabajo)

1 de julio de 2017

Taller intensivo de Cladística - Universidad Central del Ecuador 2017

La semana del 26 al 30 de julio, tuve la oportunidad de dictar junto al PhD. Juan Carlos Navarro (Docente-Investigador de UISEK), el taller de Cladística en la Universdiad Central del Ecuador (UCE). Este taller teórico-práctico fue organizado por la Docente-Investigadora de la UCE PhD. Ana Soto-Vivas y auspiciado por la Jornada científica IV Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica. La Jornada tuvo el propósito de incentivar la divulgación de la producción científica nacional e internacional en las diferentes disciplinas de la Biología y áreas afines. El evento tuvo como eje central el tema EVOLUCIÓN e incluyó tres días de conferencias. Contó con charlas magistrales, exposiciones de trabajos libres, concurso de fotografía y diversos talleres.

El taller de Cladística tuvo una participación de 20 personas: 16 estudiantes de 3ero, 7mo y 8vo semestre de la Carrera Ciencias Biológicas, dos egresados de la UCE, y dos profesionales de otras instituciones.

Les coloco el contenido del curso:

1. Bases teóricas de la Cladística.
2. Codificación y polaridad de caracteres.
3. Construcción de árboles.
4. Estimadores y estadísticos en árboles.
5. Morfofilogenias (Morfometría geométrica y cladística).
6. Cladística, ADN y métodos alternativos.
7. Aplicaciones de la Cladística.

Actividades prácticas:

1. Construcción de árboles por argumentación de Hennig.
2. Elaboración de matrices con Mesquite
3. Manejo de programas de inferencia filogenética: Uso de TNT

La guía N°3:



...y las fotos del curso:


 






10 de mayo de 2016

Charla sobre cuantificación del fenotipo mediante morfometría geométrica


Acá les muestro la charla que tuve en la Universidad Regional Amazónica IKIAM:





Los humanos en su afán de organizar y clasificar la diversidad biológica, han venido tratando de utilizar formas eficientes para describir la diversidad fenotípica de los organismos. La morfometría geométrica se presenta como una herramienta que cuantifica estas variaciones en dos componentes: conformación y tamaño. En esta charla se mostrarán algunas aplicaciones de la morfometría en distintos grupos de animales.

26 de diciembre de 2015

1er Encuentro Venezolano de Morfometría

Estimados amigos

Desde hace varios meses estamos organizando el 1er Encuentro Venezolano de Métodos de cuantificación Morfológica. Una iniciativa que surge de varios colegas interesados en el estudio cuantitiativo de la forma biológica. El evento se desarrollará en el Instituto de Zoología y Ecología Tropical de la Universidad Central de Venezuela, en el marco de las Jornadas de Investigación y Extensión de la Facultad de Ciencias, en Mayo del 2016.

Acá les coloco la convocatoria:


1 de septiembre de 2015

Curso de Morfometría Geométrica en Quito 2015

En esta entrada les muestro algunas fotos del 1er Curso de Morfometría Geométrica dictado en el Centro Internacional de Zoonosis de la Universidad Central del Ecuador.

Acá la publicidad del curso:


Y acá el programa del curso:





































A continuación algunas fotos durante el curso:











































































































































20 de marzo de 2015

Quantitative Cladistics and Use of TNT.... (P. Goloboff's slides)


Cladistics and Use of TNT
 
All Rights Reserved
© Pablo A. Goloboff
Instituto Superior de Entomología, CONICET
Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo,
Miguel Lillo 205, 4000 S.M. De Tucumán

 
 

 

14 de marzo de 2015

Morfometría geométrica y filogenia: Un ejemplo utilizando triángulos

A continuación les presento un análisis filogenetico realizado a un grupo de triángulos. Pero antes, les recomiendo la lectura de los siguientes artículos:





















Una vez que tengan la idea de el procedimiento, podemos ver los triángulos que utilizamos para inferir las relaciones filogenéticas a partir de coordenadas de puntos anatómicos (PAR o landmarks):


El análisis se realizó con base en 5 triángulos (denotados por letras y colores). El grupo externo (para enraizar el cladograma) estará representado por la configuración del triángulo azul o "Triángulo A".

A continuación se presentan un gráfico con cada una de estas configuraciones:



En la gráfica superior se aprecia que los triángulos A, D y C están cercanos al punto 0,0 de coordenadas. Mientras que los triángulos B y E se localizan hacia coordenadas positivas de X e Y.

A continuación se muestran los árboles obtenidos mediante el script Landschw.run ejecutado en TNT. La primera figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas sin alinear:


El cladograma posee un score de 1,5018. En este árbol el triángulo B se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo D se ubica como grupo hermano del clado B y E. Y finalmente, el triángulo C se aprecia como grupo hermano del clado D, B y E.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método generalizado de Procrustes (=GLS) a partir de la configuración consenso:







El cladograma posee un score de 1,5980. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método generalizado de Procrustes (=GLS) a partir de la configuración del triángulo A:



El cladograma posee un score de 1,3634. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

La siguiente figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método "two point registration Bookstein":



El cladograma posee un score de 1,3702. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método implementado en TNT donde se minimiza la distancia euclidiana respecto a la configuración de el triángulo A:



El cladograma posee un score de 1,2425. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

A modo de conclusiones, observamos que:

1) Distintos alineamientos pueden llegar a resultados contrastantes en cuanto a topología de los árboles e inclusive a la descripción de los cambios entre configuraciones ancestro-descendientes.

2) En términos del score de los árboles más parsimoniosos; el análisis de PAR sin alineamiento generó el score más elevado, mientras que el método implementado en TNT mostró el menor valor de score.

3) El análisis generalizado de Procrustes (o GLS) con base en la configuración consenso, resultó en un peor score respecto al análisis utilizando la configuración del grupo externo (en este caso el triángulo A) como configuración de referencia.

4) El cladograma obtenido con el alineamiento de two point registration no difiere de los restantes: GLS, GLS utilizando la configuración A, y minimizando la distancia euclidiana respecto a la configuración A. No obstante, el valor de score fue similar al alineamiento de GLS utilizando la configuración A.

18 de abril de 2014

Resúmenes de la XI Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía - marzo de 2014

En esta entrada les coloco el enlace con el libro de Resúmenes de la RACB -2014, en la Universidad Nacional del Litoral.



...y acá un "abre boca" con los títulos de las interesantes conferencias dictadas:




Página del Curso Biogeografía de Chile - 2014

Este curso fue realizado en ENERO del 2014. Sin embargo, les coloco la información pues están disponibes las lecturas y clases de el Curso.

Este es el programa del Curso:








Pre- y Postgrado, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile
Programa de Postgrado en Ecología, Pontificia Universidad Católica de Chile

Profesores Coordinadores: Dra. Carolina Villagrán & Dr. Juan J. Armesto
Ayudante: Dr. Ricardo Segovia;

Profesores Invitados: Dra. Fernanda Pérez, Dr. Kester Bull, Dr. Constantino Mpodozis, Dr. Patricio Aceituno, Dr. Alexander Vargas, Dr. Ricardo Segovia, Dr. Iván Díaz, Dr. Pablo Guerrero, Dr. Claudio Latorre, Dr. Antonio Maldonado y Dr. Jorge Mpodozis

Segundo Semestre 2013
Lugar: Universidad de Chile, Facultad de Ciencias, Las Palmeras 3425
Fecha: 6 al 14 de enero 2014
Curso intensivo
Horario: Mañana: 9.30 -13 hrs.   Tarde: 14.30 – 18 hrs.


OBJETIVOS

1.         Examinar el desarrollo histórico de la Biogeografía y disciplinas relacionadas, desde la perspectiva del pensamiento de la Historia Natural.

2.         Fundamentar y presentar los conceptos, procesos, mecanismos, principios teóricos, métodos y técnicas que sustentan la investigación biogeográfica.

3.         Determinar la conexión de procesos tectónicos, geomorfológicos y cambios climáticos con los patrones tempo-espaciales de distribución de la biota de Chile y Sudamérica.

4.        Analizar, desde una perspectiva histórica-evolutiva del Paleógeno y Neógeno, los caracteres biogeográficos que singularizan la biota de los principales ecosistemas terrestres chilenos (bosques subtropicales-mediterráneos y templado-lluviosos, desiertos y semidesiertos, Andes).

5.                  Discutir el papel de los seres humanos en la biogeografía actual y la contribución de las ciencias biogeográficas a la comprensión de los problemas ambientales y desafíos de la modernidad.


TEMARIO

I INTRODUCCIÓN HISTÓRICA

Lunes 6 de Enero: 9:30 - 13 hrs. Concepto de Biogeografía. Desarrollo histórico de la Biogeografía y ciencias relacionadas. Naturalistas y exploradores del siglo XIX. Darwin y el origen de la teoría del origen de las especies.
Escala de tiempo geológico. Unidades Biogeográficas.  Desarrollo de las Ciencia Naturales Históricas y  las bases físicas que sustentan  la Biogeografía. Teoría de Deriva Continental y Tectónica de Placas. Teoría Glacial. Raíces filosóficas que fundamentan la Historia Natural de los seres vivos
Juan J. Armesto & Carolina Villagrán

Lunes 6 de Enero: 14.30 – 18 hrs. Introducción a la Biogeografía de Sudamérica y Chile.  Singularidad del continente: Diagonal Árida, Interjuego Clima – Andes – Pacífico. Biomas de Sudamérica. Desarrollo histórico de la Biogeografía en Sudamérica y Chile. Composición florística y patrones de distribución de la vegetación chilena.
Carolina Villagrán & Juan J. Armesto

II FUNDAMENTOS TEÓRICOS Y MÉTODOS DE LA BIOGEOGRAFÍA

Martes 7 de Enero: 9:30- 13 hrs.  hrs. Origen y extinción de especies en la historia de la vida. El origen de las especies y la biodiversidad. Modelos de Evolución.
Teoría de Biogeografía de Islas. Teoría de Vicarianza versus hipótesis dispersalistas. Breve introducción a las principales Escuelas biogeográficas. Métodos de análisis biogeográfico.
Juan J. Armesto

Sistemática molecular y Biogeografía histórica. Estudios en América del Sur, con énfasis especial en el Cono Sur del continente.
Fernanda Pérez
Martes 7 de Enero: 14.30 – 18 hrs. Morfología, formas de vida y fisionomía vegetal. La conformidad vegetación-ambiente en vinculación con el desarrollo y la morfogénesis floral  
(continuación Fernanda Pérez)  Kester Bull


III FUNDAMENTOS FÍSICOS DE LA BIOGEOGRAFÍA DE CHILE

Miércoles 8 de enero: 9:30 - 13 hrs. La historia de la Tierra. Evolución geológica  de Sudamérica y Chile. Teoría de tectónica de Placas. Paleomagnetismo. Orogenia andina. Vulcanismo. Historia del cambio climático en el tiempo geológico.
Constantino Mpodozis

Miercoles 8 enero: 14.30 – 18 hrs. Clima de Sudamérica y Chile. Rasgos generales del sistema climático y sus fluctuaciones. Interacción océano-atmósfera en el Pacífico oriental y su impacto en el clima de Sudamérica. El fenómeno ENOS (El Niño-Oscilación del Sur).
Patricio Aceituno

IV BIOGEOGRAFÍA DE SUDAMÉRICA Y CHILE: CRETÁCICO-TERCIARIO

Jueves 9 de enero: 9.30-13 hrs.  Caracterización biogeográfica de la flora de los ecosistemas de bosques de Sudamérica y Chile. Elementos Fitogeográficos. Aislamiento y relictualidad de la flora. Disyunciones Gondwánicas y Neotropicales. Endemismos y áreas de concentración. Bosques relictos.
Carolina Villagrán

Historia terciaria de la flora de bosques de Sudamérica y Chile: Paleofloras del Cretácico-Terciario de América del Sur e historia tectónica asociada. Clima terciario. Métodos fisionómico-foliares. Paleodiversidad.
Felipe Hinojosa

Jueves 9 de enero: 14:30 - 18 hrs.
Provincia biogeográfica Weddeliana desde el Cretácico al Eoceno. Paleontología de Dinosaurios, Plesiosaurios y Reptiles marinos.  Evolución del desarrollo (Evo-Devo).
Alexander Vargas

Orogenia andina y origen de la Diagonal Árida. Evolución de los ecosistemas áridos en Sudamérica. Biogeografía y ecología de la flora de desiertos. Relación de los sistemas biológicos con los ciclos ENOS. Formaciones de Lomas de la costa Pacífica y dinámica de los ecosistemas de neblina.
Juan J. Armesto
V BIOGEOGRAFÍA DE SUDAMÉRICA Y CHILE: CUATERNARIO

Viernes 10 de enero: 9.30-13 hrs.: 
Principios y metodologías en ciencias naturales históricas. Desarrollo de los métodos de información paleo-ambiental. Relojes isotópicos. Indicadores paleoclimáticos físicos y biológicos (proxy data): sedimentos oceánicos y hielo; microfósiles, polen y esporas, insectos, carbón, microalgas; macrofósiles: madera, hojas, anillos de árboles.

Historia cuaternaria de la vegetación de bosques de Chile. Procesos físicos que han afectado la distribución de la vegetación del Cono Sur durante el Pleistoceno. Glaciaciones y su cronología. Reconstrucciones climático-vegetacionales en Chile sobre la base de registros paleobiológicos. Consecuencias biogeográficas de las glaciaciones: Areas de endemismos y  concentración de la riqueza de especies. Disyunciones montañosas. Refugios y relictos.
Carolina Villagrán

 Viernes 10 de enero: 14:30 - 18 hrs:  Filogeografía de los bosques de Chile. Hipótesis y predicciones filogeográficas. Ejemplos de casos: Eucryphia, Myrceugenia, Cryptocarya. Hipótesis acerca de refugios Pleistocénicos de biota.
Ricardo Segovia

Incidencia del factor histórico en las anomalías en los gradientes latitudinales de riqueza de especies de plantas Vasculares y No Vasculares de los bosques chilenos.
Carolina Villagrán & Ricardo Segovia

Origen de las Aves de los bosques chilenos
Iván Díaz

VI – ECOSISTEMAS ANDINOS Y DESIERTOS

Sábado 11 de enero: 9:30 – 13 hrs. Rasgos fisiográfico-climáticos y biogeografía de los  Andes de Sudamérica. Gradientes altitudinales de clima y vegetación: Pisos andinos. Análisis Fitogeográfico y relaciones florísticas entre la flora puneña y la andino-patagónica. Barreras a la dispersión.
Carolina Villagrán

Macro-evolución de la flora del desierto de Atacama: diversificación de linajes y restricciones a la colonización de zonas hiper-áridas. Aproximaciones filogenéticas en las inferencias evolutivas y nichos climáticos ancestrales de grupos xerofíticos.
Pablo Guerrero

Lunes 13 de enero: 9.30 – 13 hrs. Historia de la vegetación andina de la región árida durante el Pleistoceno tardío. Reconstrucciones paleo-ambientales sobre la base del estudio de paleomadrigueras de roedores, depósitos de macrofósiles vegetales y  proxy físicos.
      Claudio Latorre 
El Holoceno en la región semiárida y Chile Central. Reconstrucciones paleo-ambientales sobre la base de análisis de polen, carbón, sedimentos y depósitos arqueológicos.
Antonio Maldonado

VI -  EL antropoceno

Lunes 13  de enero: 14:30-18  hrs.
Una nueva era geológica – impactos humanos a nivel global – el nuevo contrato social
Juan Armesto
“Deriva natural”: la perspectiva histórica-sistémica de la evolución –ser humano y naturaleza
                                                   filósofo – Jorge Mpodozis

FORO: “MERIDIANO 70-73 OESTE: EL LUGAR QUE HABITAMOS”
Expositores:
Profesora Victoria Castro, Profesor Humberto Maturana & Profesor Pablo Oyarzún
Martes 14 de enero:  9:30 – 13 hrs.
Panel de discusión: El lugar que habitamos, desde la naturaleza a las culturas

Asado de cierre

EVALUACIÓN: Ensayo de 10 páginas máximo, Word, espacio y medio, 12. Entrega: Última semana de Febrero 2014


Acá les coloco la página con las lecturas: