TNT el mejor programa de parsimonia

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Docentes Innovadores

martes, 30 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth (3)

Como les dije... aqui les va la otra forma de colocar filogenias en Google Earth.


















1) Descargar e instalar Mesquite

2) Importar un archivo de datos (matriz de datos TNT, Winclada, Hennig86)

3) Importar un archivo de árboles *.tre (en notación parentética)

4) Crear una matriz de coordenadas decimales, para vincularla a (1) y (2)

5) Descargar e instalar el modulo Cartographer de Mesquite

6) Crear una vista de los terminales con la información cartográfica de (4)

7) Exportar el árbol a un archivo KML de Google Earth

Y si tenemos una cuenta en Google Maps, quedaría un mapa como:


Ver PAE en un mapa más grande

miércoles, 24 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth (2)

Como les dije, existen otras formas (tal vez más sencillas) de colocar una filogenia en Google Maps.

El siguiente mapa es el resultado de un PAE realizado en áreas protegidas de Venezuela.

La referencia del articulo:

Navarro, J.-C., Liria, J., Piñango, H. Barrera, R. 2007. Biogeographic area relationships in Venezuela: A parsimony analysis of Culicidae-phytotelmata distribution in national parks. Zootaxa 1547: 1-19.


Ver PAE Áreas protegidas de Venezuela en un mapa más grande

Para hacer esto necesitamos:

1) Un conjunto de datos, por ejemplo... una matriz de PAE, en donde se obtuvo un cladograma.

2) Las coordenadas geográficas (lat/long) de los terminales utilizados en (1).

3) Ejecutar Google Earth.

4) Entrar en GeoPhylo. Colocar el árbol en notación parentética y enraizado, y los datos de (2).

5) Generar el archivo Kml, y ver el resultado en Google Earth. Guardar el archivo Kml en el disco rigido.

6) Crear una cuenta en Google Maps, y subir el archivo de (5).

7) Crear el codigo para colocar el mapa en nuestro sitio web.

En la tercera entrega les dire como colocar filogenias de otra forma... un poca más complicada.

martes, 23 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth

Este video (de aprox. 6 minutos) muestra como pueden colocarse filogenias en Google Earth. Se trata de unificar espacio y tiempo, tal como en su momento fue mencionado por León Croizat. Actualmente a este concepto se le conoce como Geofilogenias (Geophylogenies).

Para realizar una Geofilogenia puede utilizarse la extensión Geophylobuilder para ArcGIS de ESRI. Existen otras opciones como SupraMap; no obstante existen métodos más sencillos para colocar árboles, áreas de endemismo, trazos panbiogeográficos, etc.



lunes, 15 de noviembre de 2010

Video "descargando datos del portal de DIVA - GIS"

Este video (en ingles) muestra los pasos para descargar datos geoespaciales desde el portal de diva-gis.org.

Articulo de Ciencia Hoy: Cladismo y Diversidad Biológica

Particularmente utilizo los articulos de la revista Ciencia Hoy, durante los cursos de pregrado de las asignaturas Biología General y Biología Animal en la Universidad de Carabobo. Por ello deseo compartir con Uds este articulo titulado "CLADISMO Y DIVERSIDAD BIOLÓGICA", publicado en el volumen 4, numero 21 del año 1992:

JUAN J. MORRONE, MARIA M. CIGLIANO - JORGE V. CRISCI

"El cladismo, método que clasifica a los seres vivos por sus relaciones de parentesco, intenta reconstruir la historia de la vida sobre la Tierra. Se trata, además, de una herramienta útil para plantear estrategias de conservación de la diversidad biológica.
"

lunes, 1 de noviembre de 2010

¿Quieres conocer sobre W. Hennig?


Simplemente colocando en Wikipedia.. "Willi Hennig" encontraremos información básica sobre el precursor de la Sistemática Filogenética, conocida en la actualidad como "Cladismo".


Sin embargo, en este artículo... encontrarán más detalles sobre la vida y obra de este Entomologo.



Schmitt, M. (2003). "Willi Hennig and the Rise of Cladistics". In Legakis, A., Sfenthourakis, S., Polymeni, R. & Thessalou-Legaki, M. (eds.). The New Panorama of Animal Evolution - Proceedings of the 18th International Congress of Zoology. Sofia - Moskau: Pensoft Publ. 369–379.