TNT el mejor programa de parsimonia

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2 de septiembre de 2018

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)

Estimad@s amigos


Esperamos mucho tiempo, pero ya tenemos fecha de la próxima Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)!

El evento se desarrollará en la ciudad de San Miguel de Tucumán del 8 al 10 de abril del 2019. La XIII RACB es auspiciada por la Unidad Ejecutora Lillo - CONICET, Fundación Miguel Lillo:




Preparen sus ponencias! Nos vemos en Tucumán...

Acá les comparto el pdf con la primera circular.




8 de octubre de 2013

¿Sabes qué es “Oblong”?

¿Sabes qué es “Oblong”?

Primero que todo, “Oblong” es una palabra en ingles (obviamente...) que se traduce como oblongo.

Ahora bien, oblongo(ga) significa:

oblongo, ga.

(Del lat. oblongus).

1. adj. Más largo que ancho.

En el caso que interesa a los sistemáticos, “oblongo” u “oblong” significa:



Un programa para analizar grupos de datos con millones de caracteres utilizando muy poca memoria RAM.

(traducido de: “a program to analyse phylogenomic data sets with millions of characters, requiring negligible amounts of RAM”)

Este programa diseñado por Pablo A.Goloboff, realiza análisis de parsimonia de grupos/bloques de datos para miles de caracteres, y contemplando un número moderado de taxa (hasta varios cientos).

El programa utiliza un bajo consumo de memoria RAM al guardar temporalmente los datos en buffers del disco (Figura 1), permitiendo que sólo algunas partes se lean periódicamente de nuevo en el programa. Así, el conjunto total de datos no se carga en la memoria RAM, y sólo una pequeña parte de él.
Figura 1.- Esquema de Oblong mostrando la lectura de datos y almacenamiento en buffers.

Aun cuando el uso de archivos de disco para almacenar los datos las búsquedas son lentas por un factor relativamente pequeño, los tiempos de ejecución (Tabla 1) están dentro de un orden de magnitud similar a los programas más rápidos existentes (Ej.: TNT).


 

 
Tabla 1. Tiempos de ejecución para matrices de distintas dimensiones (caracteres y taxa) y varios programas de parsimonia.

¿Quieres conocer más de Oblong?:


Y acá les coloco el sitio de descarga: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/oblong/






13 de marzo de 2013

Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística

Esta información fue colocada en el Grupo Clado de Yahoo:


Los invitamos a participar del Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística, organizado por el PROBIOL (Programa de Posgrado en Biología), Mendoza.

El evento tendrá lugar los días 13 al 17 de Mayo del 2013 en el CCT-CONICET Mendoza.



Este curso está destinado a estudiantes avanzados de carreras de Ciencias Naturales y estudiantes de doctorado que planean utilizar la metodología Cladística en sus proyectos de tesis.

Aquí tienen el PDF de el curso.

Para mayor información contactar a PROBIOL: Informes e inscripción para los cursos: María Eugenia Pozzatto (probiol@fca.uncu.edu.ar; 0261-413-5000, int. 1123).

12 de octubre de 2012

Taller en Cladística Cuantitativa - España

En esta entrada les traigo la información (PDF) sobre un Workshop en Cladística utilizando TnT:


 

 
Transmitting Science --->


QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT 
June 3-7, 2013 

The workshop will cover the basics of parsimony analysis and character optimization, tree-searches, diagnosing and summarizing results efficiently, and measuring group supports. The course will be informal, with extensive hands-on exercises which will help students get familiar with the main aspects of phylogenetic analysis using TNT. For each of the units in the workshop, there will be a lecture (one to two hours, depending on the topics), then switching to exercises illustrating the points just seen in the lecture. Switches between "lecture" and "hands-on" mode will be dynamic, depending on how students advance on the exercises. The workshop will make extensive use of TNT. There will also be a demonstration and some practice with GB->TNT, a program to create TNT matrices from GenBank data (in turn, GB->TNT requires installation of some alignment program, ideally Mafft or Muscle and possibly BioEdit to inspect alignments).