TNT el mejor programa de parsimonia

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9 de agosto de 2022

Bigdata e identificación de áreas de endemismo

Actualmente existen distintas bases de datos sobre biodiversidad (BDB), las cuales ofrecen infinidad de aplicaciones en estudios sobre biogeografía y conservación. El número de datos disponibles y que incluyen el componente espacial (coordenadas) se ha incrementado exponencialmente.

Imagen tomada y modificada de: 

Wüest, R.O., Zimmermann, N.E., Zurell, D, et al. 2020. Macroecology in the age of Big Data – Where to go from here? J Biogeogr. 47: 1– 12. https://doi.org/10.1111/jbi.13633

https://journalofbiogeographynews.org/2020/01/28/biogeography-in-the-age-of-big-data/

Liria, J., Szumik, C. y Goloboff, P. A. (2021). Analysis of endemism of world arthropod distribution data supports
biogeographic regions and many established subdivisions.
Cladistics, 37, 559–570. https://doi.org/10.1111/cla.12448
 

En esta entrada me centraré en un ejemplo reciente publicado en la Revista Mexicana de Biodiversidad, donde se muestra como a partir de cuatro BDB (una de ellas Nacional) se compiló toda la información disponible con el fin de identificar áreas de endemismo en  Ecuador:

Liria, J. (2022). Áreas de endemismo de Ecuador: un análisis a partir de datos de distribución de especies de plantas, animales y hongos. Revista Mexicana de Biodiversidad, 93(mayo-): e934031

 

 

Al revisar estas bases de datos, lo primero que surgió fue la incompatibilidad taxonómica en algunos casos; especies con categorias supra especificas distintas en dos bases de datos. Este tipo de aspectos fue recientemente abordado por:

Feng, X., Enquist, B.J., Park, D.S., et al. (2022) A review of the heterogeneous landscape of biodiversity databases: Opportunities and challenges for a synthesized biodiversity knowledge base. Global Ecology and Biogeography. 31(7): 1242-1260. Disponible en: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/geb.13497

"Information in a biodiversity database is generally indexed by species’ scientific names. However, the dynamic nature of taxonomic research presents challenges to such indexing. With the exception of a few well-established groups such as birds (whose taxonomy is relatively stable and subject to regular external review and standardization; Chesser et al., 2021), conflicting taxonomic concepts, homonyms, outdated synonyms, and ambiguous alternative spellings are prevalent across the tree of life (Boyle et al., 2013; Franz et al., 2008). Furthermore, in addition to the roughly 18,000 new species discovered each year, the taxonomy of the > 2 million species currently described (Mora et al., 2011) is in a state of constant flux, as old species definitions are re-examined and relationships are updated to reflect new insights. Finally, no single, universally agreed-upon taxonomy exists for the tree of life. Therefore, biodiversity databases have implemented different strategies (here termed taxonomic systems) to handle this taxonomic churn..."

De esta forma al integrar multiples BDB se pueden utilizar herramientas como OpenRefine para normalizar la información taxonómica:

Imagen tomada de: https://docs.gbif.org/openrefine-guide/3.0/es/guia-para-la-limpieza-de-datos-sobre-biodiversidad-con-openrefine.es.pdf

 

A partir de esta figura les presento la metodología utilizada para procesar cuatro BDB y poder identificar areas de endemismo en Ecuador:




28 de enero de 2022

Haciendo actividades divertidas para estudiar Biogeografía: "Mundo de Hielo y Fuego" de G.R.R. Martin

Hola a todos!


Tenia tiempo sin publicar una entrada. 

Hace unos días recibí la notica sobre la publicación de un reciente artículo:

Liria, J. (2022). Desde el imaginario del “Mundo de Hielo y Fuego” de G. R. R. Martin a las áreas de endemismo: Una propuesta didáctica. Revista de Educación en Biología, 25(1), 34–44. Recuperado a partir de https://revistas.unc.edu.ar/index.php/revistaadbia/article/view/32932

Tapa
 
En esta publicación desarrollé una propuesta didáctica en donde se utilizan animales del Mundo de Hielo y Fuego, para identificar áreas de endemismo.

Esta propuesta ha sido bien recibida como parte del "Nuevo Manual de prácticas de Biogeografía" de la Universidad Nacional Autónoma de México. Aprovecho la oportunidad de agradecer a la PhD. Tania Escalante por su invitación a participar en el manual.
 
Uno de los aspectos que tenia pendiente, era crear mapas rasters del Mundo de Hielo y Fuego. Si bien existen varios mapas disponibles en internet, queria tener mapas propios. 
 
Buscando en internet estos días, conseguí esta increible aplicación Azgaar'd Fantasy Map Generator
 
Acá les coloco un pequeño video con el mapa creado en Azgaar'd: 

 
 
Actualizado: El mapa se ha mejorado bastante, y más abajo les muestro como se ven superponiendo la distribución de los animales del Mundo de Hielo y Fuego.
 

Luego exporté imágenes (jpeg) de los mapas relieve, biomas y textura, y los georreferencié en QGIS para crear mapas que incluyeran los animales usados para identificar áreas de endemismo.

Comparto con Ustedes tres mapas (actualizados*):

 

Mapa de biomas con distribución de animales.
 

Mapa de relieve con distribución de animales.

Mapa de textura (detalle Essos) con distribución de animales.
 

(*) Los mapas raster de Azgaar'd y georreferenciarse con QGIS son bastante grandes (más de 100MB c/u); esto complica que los aloje en mi blog. Sin embargo, si alguna persona los desea me puede escribir al correo (jonathan.liria gmail.com) indicando brevemente la finalidad de su uso y porque creen que este tipo de recurso didáctico puede fomentar el aprendizaje de la Biogeografía. 

De igual forma las personas que desen realizar la práctica les recuerdo que en la publicación de la Revista de Educación en Biología tienen el enlace para descargar los shapefiles y datos de los animales del Mundo de Hielo y Fuego.