Nuevo TNT Matrix Builder: Hacia un análisis cladístico con múltiples matrices sin complicaciones

En el mundo de la sistemática filogenética, uno de los retos más persistentes no es solo la interpretación de los resultados, sino la preparación técnica de los datos. Si alguna vez has intentado combinar manualmente una matriz de ADN con datos morfométricos continuos y caracteres discretos para TNT (Tree analysis using New Technology), sabes que un solo espacio en blanco o una etiqueta mal puesta puede hacernos perder tiempo.

Hoy les presento TNT Matrix Builder v1.0, una aplicación diseñada para cerrar la brecha entre la recolección de datos heterogéneos y el análisis cladístico profesional.

                                               

El desafío de la integración

Aunque plataformas como Mesquite son extraordinarias para la edición visual, la exportación de matrices combinadas que respeten la sintaxis estricta de TNT (como los bloques &[dna], &[num] o &[cont]) sigue siendo un proceso manual propenso a errores. Esta herramienta desarrollada en Python nace precisamente para facilitar la enseñanza en cursos de Sistemática y Cladística, permitiendo que los usuarios se concentren en las hipótesis biológicas y no en la depuración de archivos de texto.

Características Principales:

• Detección automática de datos: El software identifica si tus tablas contienen datos discretos o continuos basándose en el contenido, asignando las etiquetas correctas de forma inteligente.

• Morfometría integrada: Soporte completo para archivos TPS (Landmarks 2D), promediando automáticamente múltiples especímenes por taxón.

• Sincronización de taxones: ¿Faltan especies en algunos bloques? El programa gestiona la Unión o Intersección de taxones, rellenando huecos con datos faltantes (?) de forma automática.

• Normalización de nombres: Corrige automáticamente espacios y caracteres no permitidos, asegurando que TNT lea tu matriz a la primera.

Descarga y recursos

El programa está disponible como un ejecutable independiente para Windows, facilitando su uso en laboratorios y clases sin necesidad de instalaciones complejas de Python.

[ 📥 DESCARGAR TNT MATRIX BUILDER V1.0 AQUÍ ]

Este es el enlace de GitHub para código en Python y archivos de prueba.

Y acá les dejo un manual corto de como usarlo:

Programa py_tm2tnt

Hola de nuevo, apasionados de la cladística!

Continuando con las herramientas que hemos desarrollado para facilitar sus análisis, hoy les presento py_tm2tnt.

Este programa, diseñado en Python, les permite procesar archivos con datos morfométricos tradicionales (medidas) y exportarlos directamente al formato de TNT para análisis filogenéticos mediante parsimonia . py_tm2tnt puede manejar archivos CSV que incluyen varios especímenes por taxón, para lo cual solo requiere la lectura de un archivo CSV adicional con los conteos por especie. Una vez cargados los datos, el programa calcula intervalos (ya sea intervalos de confianza o la media +/- error estándar) y los exporta al formato compatible con TNT.

py_tm2tnt les ofrece la funcionalidad de realizar análisis estadísticos univariados para cada carácter, permitiendo elegir entre ANOVA o Kruskal-Wallis, y exportar los resultados a un archivo CSV.

Además he creado un video tutorial en youtube:

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias) y un manual en PDF.

Actualizado 4/7/2025:

Acá podran descargar desde Dropbox el programa ejecutable (no requiere instalar Python + librerías); el archivo *.exe es aprox. 138mb

Y acá pueden consultar el artículo publicado:

Liria J, Soto-Vivas A. 2025. py_tps2tnt y py_tm2tnt: dos programas en Python para procesamiento de datos morfométricos para análisis cladísticos con TNT. Revista peruana de biología 32(2): e30018 001 - 006 (Julio 2025). doi: https://dx.doi.org/10.15381/rpb.v32i2.30018

¡Espero que esta herramienta les sea de gran utilidad en sus investigaciones! Si tienen alguna pregunta o comentario, no duden en dejarlo.

Programa py_tps2tnt

¡Hola a todos los entusiastas de la cladística!

Hoy quiero compartir con ustedes una emocionante herramienta que he desarrollado como parte de una nueva línea de investigación para optimizar las tareas en sus análisis filogenéticos: py_tps2tnt.

py_tps2tnt está diseñado para procesar archivos TPS con coordenadas x,y (con o sin escala), y exportarlos al formato de TNT para análisis filogenéticos vía parsimonia.

Funcionalidades principales de py_tps2tnt:

• Permite transformar archivos TPS que contienen múltiples individuos por taxón.
• Realiza alineamientos mediante Procrustes.
• Calcula promedios de configuración.
• Determina rangos para el tamaño centroide.
• Permite seleccionar distancias interlandmarks.
• Exporta diversos tipos de datos directamente al formato TNT.
• Puede lidiar con archivos TPS que incluyen varios especímenes.
• Calcula el tamaño centroide promedio (en formato de intervalo de confianza o media +/- ES).
• También puede exportar coordenadas promedio o intervalos de distancias interlandmarks (matrices EDMA).
• El usuario puede realizar el análisis generalizado de Procrustes (AGP) a partir de la configuración consenso, la configuración del primer ejemplar, o la configuración deseada.
• Finalmente, el archivo TNT resultante puede incluir el tamaño centroide, configuraciones promedio o alineadas, y matrices de distancia interlandmarks.

Para que puedan ver cómo funciona py_tps2tnt en la práctica, he preparado un tutorial en YouTube (en español):

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias), manual en PDF, y datos de ejemplo.

Actualizado 4/7/2025:

Acá podran descargar desde Dropbox el programa ejecutable (no requiere instalar Python + librerías); el archivo *.exe es aprox. 138mb

Y acá pueden consultar el artículo publicado:

Liria J, Soto-Vivas A. 2025. py_tps2tnt y py_tm2tnt: dos programas en Python para procesamiento de datos morfométricos para análisis cladísticos con TNT. Revista peruana de biología 32(2): e30018 001 - 006 (Julio 2025). doi: https://dx.doi.org/10.15381/rpb.v32i2.30018

¡Espero que esta herramienta les sea de gran ayuda en sus investigaciones! Si tienen alguna pregunta o comentario, no duden en dejarlo en la sección de comentarios.

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB) - Resúmenes

Hola a tod@s

Les traigo información reciente relacionada con la XIII-RACB.



Acá tienen las direcciones donde podrán ver todo lo relacionado a la presentación (formato) y envió de resúmenes: 

Fecha límite envío de resúmenes: 22 de Febrero 2019.

Para revisar el formato de los resúmenes ir al siguiente enlace: Formato de resúmenes

Para enviar un resumen ir al siguiente enlace: Envío de resúmenes online



Finalmente les dejo el vínculo de la 2da circular

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)

Estimad@s amigos


Esperamos mucho tiempo, pero ya tenemos fecha de la próxima Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)!

El evento se desarrollará en la ciudad de San Miguel de Tucumán del 8 al 10 de abril del 2019. La XIII RACB es auspiciada por la Unidad Ejecutora Lillo - CONICET, Fundación Miguel Lillo:

Preparen sus ponencias! Nos vemos en Tucumán...

Acá les comparto el pdf con la primera circular.

Taller intensivo Morfometría Geométrica 2018

Hola a tod@s

A continuación se remiten fotografías del Taller Morfometría Geométrica dictado del 2 al 6 de julio en la Facultad de Cs. Biológicas de la Universidad Central del Ecuador (UCE). Esta capacitación se realizó en el marco del V Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica (ver entrada pasada con la información).

Entre los cursantes tuvimos estudiantes de Biología UCE (6to, 7mo, 8vo y 9no semestres), así como estudiantes y egresados de otras instituciones: Universidad de Azuay, Universidad de las Américas, y Universidad San Francisco de Quito. 

 

 

Curso de Posgrado en análisis Filogenético 2017 - Argentina

Del 20 al 24 de noviembre del 2017 se estará realizando:

Taller intensivo de Cladística - Universidad Central del Ecuador 2017

La semana del 26 al 30 de julio, tuve la oportunidad de dictar junto al PhD. Juan Carlos Navarro (Docente-Investigador de UISEK), el taller de Cladística en la Universdiad Central del Ecuador (UCE). Este taller teórico-práctico fue organizado por la Docente-Investigadora de la UCE PhD. Ana Soto-Vivas y auspiciado por la Jornada científica IV Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica. La Jornada tuvo el propósito de incentivar la divulgación de la producción científica nacional e internacional en las diferentes disciplinas de la Biología y áreas afines. El evento tuvo como eje central el tema EVOLUCIÓN e incluyó tres días de conferencias. Contó con charlas magistrales, exposiciones de trabajos libres, concurso de fotografía y diversos talleres.

El taller de Cladística tuvo una participación de 20 personas: 16 estudiantes de 3ero, 7mo y 8vo semestre de la Carrera Ciencias Biológicas, dos egresados de la UCE, y dos profesionales de otras instituciones.

Les coloco el contenido del curso:

1. Bases teóricas de la Cladística.

2. Codificación y polaridad de caracteres.

3. Construcción de árboles.

4. Estimadores y estadísticos en árboles.

5. Morfofilogenias (Morfometría geométrica y cladística).

6. Cladística, ADN y métodos alternativos.

7. Aplicaciones de la Cladística.

Actividades prácticas:

1. Construcción de árboles por argumentación de Hennig.

2. Elaboración de matrices con Mesquite

3. Manejo de programas de inferencia filogenética: Uso de TNT

La guía N°3:

Práctica n3 Cladística UCE de Universidad Regional Amazónica IKIAM / Universidad de Carabobo

...y las fotos del curso:

 

Charla sobre cuantificación del fenotipo mediante morfometría geométrica

Acá les muestro la charla que tuve en la Universidad Regional Amazónica IKIAM:

Los humanos en su afán de organizar y clasificar la diversidad biológica, han venido tratando de utilizar formas eficientes para describir la diversidad fenotípica de los organismos. La morfometría geométrica se presenta como una herramienta que cuantifica estas variaciones en dos componentes: conformación y tamaño. En esta charla se mostrarán algunas aplicaciones de la morfometría en distintos grupos de animales.

Quantitative Cladistics and Use of TNT.... (P. Goloboff's slides)

Cladistics and Use of TNT

 

All Rights Reserved

© Pablo A. Goloboff

Instituto Superior de Entomología, CONICET

Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo,

Miguel Lillo 205, 4000 S.M. De Tucumán

 

 

 

Quantitative Clad is Tics

Morfometría geométrica y filogenia: Un ejemplo utilizando triángulos

A continuación les presento un análisis filogenetico realizado a un grupo de triángulos. Pero antes, les recomiendo la lectura de los siguientes artículos:

Una vez que tengan la idea de el procedimiento, podemos ver los triángulos que utilizamos para inferir las relaciones filogenéticas a partir de coordenadas de puntos anatómicos (PAR o landmarks):

El análisis se realizó con base en 5 triángulos (denotados por letras y colores). El grupo externo (para enraizar el cladograma) estará representado por la configuración del triángulo azul o "Triángulo A".

A continuación se presentan un gráfico con cada una de estas configuraciones:

En la gráfica superior se aprecia que los triángulos A, D y C están cercanos al punto 0,0 de coordenadas. Mientras que los triángulos B y E se localizan hacia coordenadas positivas de X e Y.

A continuación se muestran los árboles obtenidos mediante el script Landschw.run ejecutado en TNT. La primera figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas sin alinear:

El cladograma posee un score de 1,5018. En este árbol el triángulo B se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo D se ubica como grupo hermano del clado B y E. Y finalmente, el triángulo C se aprecia como grupo hermano del clado D, B y E.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método generalizado de Procrustes (=GLS) a partir de la configuración consenso:

El cladograma posee un score de 1,5980. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método generalizado de Procrustes (=GLS) a partir de la configuración del triángulo A:

El cladograma posee un score de 1,3634. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

La siguiente figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método "two point registration Bookstein":

El cladograma posee un score de 1,3702. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método implementado en TNT donde se minimiza la distancia euclidiana respecto a la configuración de el triángulo A:

El cladograma posee un score de 1,2425. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

A modo de conclusiones, observamos que:

1) Distintos alineamientos pueden llegar a resultados contrastantes en cuanto a topología de los árboles e inclusive a la descripción de los cambios entre configuraciones ancestro-descendientes.

2) En términos del score de los árboles más parsimoniosos; el análisis de PAR sin alineamiento generó el score más elevado, mientras que el método implementado en TNT mostró el menor valor de score.

3) El análisis generalizado de Procrustes (o GLS) con base en la configuración consenso, resultó en un peor score respecto al análisis utilizando la configuración del grupo externo (en este caso el triángulo A) como configuración de referencia.

4) El cladograma obtenido con el alineamiento de two point registration no difiere de los restantes: GLS, GLS utilizando la configuración A, y minimizando la distancia euclidiana respecto a la configuración A. No obstante, el valor de score fue similar al alineamiento de GLS utilizando la configuración A.

¿Sabes qué es “Oblong”?

¿Sabes qué es “Oblong”?

Primero que todo, “Oblong” es una palabra en ingles (obviamente...) que se traduce como oblongo.

Ahora bien, oblongo(ga) significa:

oblongo, ga.

(Del lat. oblongus).

1. adj. Más largo que ancho.

En el caso que interesa a los sistemáticos, “oblongo” u “oblong” significa:

Un programa para analizar grupos de datos con millones de caracteres utilizando muy poca memoria RAM.

(traducido de: “a program to analyse phylogenomic data sets with millions of characters, requiring negligible amounts of RAM”)

Este programa diseñado por Pablo A.Goloboff, realiza análisis de parsimonia de grupos/bloques de datos para miles de caracteres, y contemplando un número moderado de taxa (hasta varios cientos).

El programa utiliza un bajo consumo de memoria RAM al guardar temporalmente los datos en buffers del disco (Figura 1), permitiendo que sólo algunas partes se lean periódicamente de nuevo en el programa. Así, el conjunto total de datos no se carga en la memoria RAM, y sólo una pequeña parte de él.

Figura 1.- Esquema de Oblong mostrando la lectura de datos y almacenamiento en buffers.

Aun cuando el uso de archivos de disco para almacenar los datos las búsquedas son lentas por un factor relativamente pequeño, los tiempos de ejecución (Tabla 1) están dentro de un orden de magnitud similar a los programas más rápidos existentes (Ej.: TNT).

 

 
Tabla 1. Tiempos de ejecución para matrices de distintas dimensiones (caracteres y taxa) y varios programas de parsimonia.

¿Quieres conocer más de Oblong?:

Goloboff, PA. 2013. Oblong, a program to analyse phylogenomic data sets with millions of characters, requiring negligible amounts of RAM. Cladistics, 1–9.

Y acá les coloco el sitio de descarga: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/oblong/

XI Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía, Santa Fe 2014

Los invitamos por este medio a la XI Reunión argentina de Cladística y Biogeografía, a realizarse los días 26, 27 y 28 de marzo de 2014  en la Facultad de Humanidades y Ciencias, Universidad Nacional del Litoral - (Ciudad Universitaria S/N – CP: 3000 - Santa Fe).


Ver mapa más grande

El objetivo de la Reunión es permitir un espacio de comunicación, incentivando el intercambio de ideas y promoviendo la discusión de aspectos relacionados a la cladística o sistemática filogenética, y a  la biogeografía desde una perspectiva histórica. Estimular e impulsar el desarrollo de estas disciplinas entre investigadores, docente y estudiantes de la región.

 Ejes Tematicos:

- Simposio Problemas metodológicos

- Simposio Problemas empíricos

- Simposio Biogeografía

- Comunicaciones libres presentadas en forma oral o poster

 Destinatarios:

Investigadores, docentes, egresados y alumnos de carreras afines a la biología y biodiversidad.

 Presentación de Trabajos:

Presentación Resumen

Fecha de Presentación: 29 de octubre de 2013

El Resumen deberá poseer hasta 250 palabras como máximo (No incluyendo Eje, Título, Autores e E-mail) y debe seguir las siguientes normas:

·   Primer renglón: Título del trabajo

·   Segundo renglón: Nombre y apellido del o los autores (sin comas, separados por guiones en caso que sean varios autores)

·   Tercer renglón: Dirección de correo electrónico

·   Cuarto renglón: Nombre completo de la Institución de pertenencia incluyendo las siglas sin división de puntos, en caso que corresponda; consignar además entre paréntesis y separado por un guión la ciudad y país

·   Quinto renglón: Tipo de presentación: Oral o Póster

·   Cuerpo del resumen

·   Procesador de texto: Microsoft Word

El resumén deberá ser en Fuente Arial, 10 puntos, normal. Sin sangría. Alineación: izquierda (sin viñetas, bordes o sombreados) y los márgenes serán:  Superior: 2,5 cm; Inferior: 2,5 cm; Izquierdo: 3 cm; Derecho: 2,5 cm.

Modalidad de Inscripción:

La inscripción de asistentes y expositores se realiza a través del sitio www.fhuc.unl.edu.ar/inscripciones hasta el 17 de marzo de 2014

Información de Hoteles, Alojamientos y Medios de Transportes

Puede visitar el sitio web http://www.unl.edu.ar/santafe

Para consultas generales, dirigirse al correo electrónico informes@fhuc.unl.edu.ar

Reunion argentina de cladistica y biogeografia circularhellip from Jonathan Liria

Matriz de Brooks et al. (1994) para Docencia en Zoología

Para la docencia en Zoología o Biología Animal, les traigo la matriz de Brooks y col. (1994) en formatos de los programas TNT y WINCLADA.

Esta matriz es un clásico de los cursos. Así que les coloco el Capítulo 13 donde se explica como realizar la matriz, y la descripción de cada carácter.

Brooks et al_1994_ch13_phylogenetics_systematics from Jonathan Liria

En particular, les mostraré con esta presentación donde se utiliza la matriz en TNT y se mapean los caracteres y estados.

Tutorial para correr matriz de Brooks etal1994 en TnT from Jonathan Liria


Aquí tienen las matrices (Brooks_etal1994_Amniote_matrix) en formato TNT y WINCLADA.

CURSO: "PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA"

Noticias sobre Filogenética: 1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filog...: Este viernes finalizamos el 1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filogenia" de Ecuador...

Universidad Central del Ecuador (UCE)

Centro Internacional de Zoonosis (CIZ)

Proyecto Prometeo-Senescyt

CURSO:

PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA:

Desde la morfología hasta el ADN.

26 Abril – 14 Junio 2013

 

Coordinador Científico:                Prof. Washington Benítez-Ortiz Ph.D.

Coordinador Académico:              Prof. Juan-Carlos Navarro, Ph.D, Investigador Prometeo-Senescyt-INSPI-CIZ-UCE (Universidad Central de Venezuela)

Lugar:                                                         Auditorio 2 / CIZ-UCE

Número de horas:                              TOTAL 36 horas

21 horas teóricas

15 horas práctica

10 horas consultas e informes

Aval Académico:                     Instituto Universitario de Capacitación Pedagógica

 

Objetivo general:

Iniciar al participante en los conceptos, filosofía y práctica de la Cladística como método de inferencia evolutiva para estudios y análisis de filogenia, así como sus aplicaciones en las diferentes áreas de la Biología general.

Workshop de Biogeografía - Brasil

Del 13 al 18 de junio del año en curso se realizará el I Workshop de Biogeografía, en el Instituto de Biociencias de la USP, Brasil.

Aunque creo es tarde para asistir (según la página, la postulacion era hasta el 30 de abril), aquí les va la información (textual) de el Workshop:

O Workshop tem como missão estimular e impulsionar o desenvolvimento de estudos biogeográficos no meio acadêmico brasileiro, voltado especialmente aos estudantes de pós-graduação. Nossa maior preocupação está em aumentar a produtividade científica do país na área de biogeografia, tanto em qualidade quanto em quantidade. Para tanto, queremos estimular o desenvolvimento de projetos de pesquisa envolvendo questões biogeográficas no Brasil, especialmente para os níveis de Mestrado, Doutorado e Pós-doc.

Grande parte das publicações brasileiras relacionadas com biogeografia são puramente descritivas, tais como, check-lists distribucionais, levantamentos faunísticos e florísticos, mapas de distribuição, entre outras variantes. Poucos artigos analisam e interpretam as distribuições descritas, poucos empregam uma metodologia de análise, poucos relacionam o padrão de distribuição com a história geológica da área. Neste cenário, os pesquisadores brasileiros estão simplesmente provendo dados brutos, que são posteriormente utilizados por outros pesquisadores em suas análises e interpretações mais gerais. Neste cenário, continuamos produzindo artigos de baixo impacto e menor importância, tendo que citar com frequência os artigos de maior relevância produzidos fora do país, artigos estes contendo explicações gerais para os padrões de distribuição e diversificação dos organismos que ocorrem na Mata Atlântica, Amazônia, Cerrado, para a América do Sul e Região Neotropical.

O Workshop de Biogeografia envolverá um grupo de pesquisadores especializados nas mais diversas abordagens da biogeografia. Serão ao todo 10 pesquisadores, sendo oito brasileiros e dois estrangeiros.

A ênfase do Workshop é prover de bases conceituais e ferramental analítico os seus estudantes participantes, para que estes possam desenvolver estudos biogeográficos de cunho teórico ou analítico-interpretativo. Pretendemos criar um ambiente estimulante e ricamente produtivo em termos de idéias e discussões dos métodos de análise.

Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística

Esta información fue colocada en el Grupo Clado de Yahoo:

Los invitamos a participar del Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística, organizado por el PROBIOL (Programa de Posgrado en Biología), Mendoza.

El evento tendrá lugar los días 13 al 17 de Mayo del 2013 en el CCT-CONICET Mendoza.

Este curso está destinado a estudiantes avanzados de carreras de Ciencias Naturales y estudiantes de doctorado que planean utilizar la metodología Cladística en sus proyectos de tesis.

Aquí tienen el PDF de el curso.

Para mayor información contactar a PROBIOL: Informes e inscripción para los cursos: María Eugenia Pozzatto (probiol@fca.uncu.edu.ar; 0261-413-5000, int. 1123).

Curso Técticas moleculares en sistemática

La Universidad Nacional de Córdoba - ARGENTINA invita:

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 951-T-2012).

Modalidad: Teórico-práctico

Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).

Fecha de realización: 11 al 15 de marzo de 2013.

Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.

Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)

Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal

Cupo: 12 alumnos. En lo posible, traer notebook para llevar a cabo la parte de uso de programas de análisis de datos.

Arancel: $ 700. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 560.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.

OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.

2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).

3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.

4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA

1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.

2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.

3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).

5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: ISSR y AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).

6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.

7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.

8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.

BIBLIOGRAFIA BASICA

1. Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
2. De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
3. Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
4. Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
5. Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
6. Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
7. Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.

Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, R. González Ittig y M. Chiappero.

Informes y pre-inscripciones:

vía e-mail entre el 1º de febrero hasta el 1º de marzo de 2013

marina.chiappero@gmail.com

Requisitos para la pre-inscripción:

- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas,

- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el lunes 4 de marzo de 2012.