TNT el mejor programa de parsimonia

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miércoles, 18 de mayo de 2011

Tutoriales sobre VIP

Hace unos días les comente sobre "Vicariance Inference Program" o VIP, realizado por Salvador Arias. Pues bien, estoy recien trabajando con el y me gustaría compartir con ustedes algunos aspectos sobre la instalación y el tipo de datos que se utilizan, así como unas imagenes de las ventanas del programa.

1) El programa utiliza las librerías de GTK+ para la interfaz gráfica. Esto puede traerles inconvenientes cuando deseamos instalar VIP en sistemas operativos de Windows. Hace unos dias baje la última versión de VIP, para instalarla en tres maquinas: Una con WindowsXP, otra con Windows2000, y la portatil que aun tiene Vista!. Cuando descargué la versión 2.22 de GTK+, me di cuenta que VIP solo funcionó en XP; los otros sistemas dieron errores relacionados con la falta de archivos dll (del GTK). Me puse a buscar los posilbes problemas de GTK en Windows2000 y Vista, hasta que encontré la versión 2.16.6. Al instalarla en las dos maquinas, el programa corrió debidamente (de hecho la 2.16.6 es la última versión estable para Windows2000). Aqui les muestro una imagen de VIP en Windows Vista:    



En la izquierda, encontramos la ventana principal donde se abren datos (árboles y registros georreferenciados), y se realizan las búsquedas heurísticas de los eventos vicariantes; la ventana del medio es el visor de árboles y selección de nodos; finalmente en la ventana de la derecha encontramos el visor de mapas, con los registros. 

2) Como les dije tambien, esta disponible el manual de VIP. No obstante para darles una ayuda, les indico los "tips" más relevantes, para preparar los datos:


2.1) Hace falta una filogenia del grupo en estudio. Para ello utilizamos TNT y el macro toxml. Este script nos permite pasar un archivo de árboles en notación parentética [(A (((BC) D)(E(F(GH))))) (A (((BC) D) (E (F (GH )))))] al formato XML. Lo importante es que el archivo de árboles debe contener SOLO los terminales que poseen registros georreferenciados, es decir, debemos quitar los grupos externos de nuestro(s) cladogramas. Para ello, utilizamos el block de notas (o Notepad) y abrimos el archivo *.tre para eliminar los terminales que deseamos. Luego abrimos el archivo de árboles en TNT para asegurarnos que quedó bien. Luego ejecutamos el macro toxml, teniendo en cuenta que por defecto, exportará el primer árbol de nuestro archivo (si deseamos que sea otro, debemos indicarle el número del árbol).  

2.2) Necesitamos datos georreferenciados. En este caso pueden utilizarse varios formatos; en mi caso resultaron faciles los de NDM (archivos *,xyd) y texto separados por tabulaciones (*.txt). Vamos a mostrarles este último:

Scientific name    Latitude    Longitude
Ps_albigenu    -24.4333    -54.9333
Ps_albigenu    9.3617    -71.7311
Ps_albigenu    -22.7333    -50.6167
Ps_albigenu    -28.1333    -64.9667

La primera fila solo tiene tres etiquetas: Scientific name, Latitude y Longitude. Este formato de etiquetas es similar al de GBIF. Luego se coloca cada terminal seguido de tabulación, la coordenada en latitud, tabulación, y la coordenada de longitud. Lo importante aca es que los nombres de las especies DEBEN COINCIDIR con la de los terminales del árbol.

Bueno, eso es todo por ahora. Les dejo otras imagenes de VIP:


Se aprecia la misma disposición de las ventanas, pero mostrando el número de nodos vicariantes y la cuadrícula (en este caso de 1,5 x 1,5) para realizar la búsqueda heurística. 


Este es resultado de la búsqueda de eventos vicariantes, y se aprecia un nodo y la distribución de taxa (azul y rojo) y la barrera (alopatría) hipotética (en verde). Notese que la especie en azul ocupa el área del arco de las Antillas.

lunes, 16 de mayo de 2011

Manual para realizar análisis espaciales

Este es un manual que nos enseña como realizar distintos análisis espaciales para describir la distribución y diversidad de los organismos.

Scheldeman, Xavier and van Zonneveld, Maarten. 2010. Bioversity International, Rome, Italy. ISBN 978-92-9043-880-9

Aunque esta enfocado en Plantas, me parece muy interesante. Aquí tienen el link de la página:

"This training manual is intended for scientists and students who work with biodiversity data and are interested in developing skills to effectively carry out spatial analysis based on (free) GIS applications with a focus on diversity and ecological analyses.
These analyses offer a better understanding of spatial patterns of plant diversity and distribution, helping to improve conservation efforts. The training manual focuses on plants of interest for improving livelihoods (e.g. crops, trees and crop wild relatives) and/or those which are endangered."



y estos son los Capítulos en formato ZIP:

 2.1 Importing observation data (103 KB)
 2.2 Importing climate data (258.2 MB)
 3.1 Basic elements (121.7 MB)
 3.2 Export to Google Earth (1.0 MB)
 4.1 Quality control – Administrative units (13.6 MB)
 4.2 Quality control – Atypical points (3.9 MB)
 5.1 Species diversity (4.0 MB)
 5.2 Diversity - Phenotypic data (8.4 MB)
 5.3 Diversity - Molecular marker data (4.0 MB)
 5.4 Conservation strategies (6.8 MB)
 6.1 Realized niche (12 KB)
 6.2 Potential distribution (9.8 MB)
 6.3 Climate change (29.7 MB)
 6.4 Gap analysis (12.7 MB)

programa VIP

Hola a todos!!

Hace unas semanas que esta disponible el programa VIP de Salvador Arias. Este es el link para tener acceso al programa, manual, datos, etc.




Aquí tienen una presentación tomada de la Asociación Argentina de Bioinformática y Biología Computacional



Para tener una idea de lo que podemos hacer con VIP, deben darle una leída a los trabajos:

J. Salvador Arias, Claudia A. Szumik, Pablo A. Goloboff. 2011. Spatial analysis of vicariance: a method for using direct geographical information in historical biogeography. Cladistics (early view).

Peter Hovenkamp. 2001. A Direct Method for the Analysis of Vicariance Patterns. Cladistics 17(3): 260-265.

Peter Hovenkamp. 1997. Vicariance Events, not Areas, Should be Used in Biogeographical Analysis. Cladistics 13(1-2): 67-79.