TNT el mejor programa de parsimonia

TNT el mejor programa de parsimonia
TNT el mejor programa de parsimonia

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Docentes Innovadores

martes, 30 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth (3)

Como les dije... aqui les va la otra forma de colocar filogenias en Google Earth.


















1) Descargar e instalar Mesquite

2) Importar un archivo de datos (matriz de datos TNT, Winclada, Hennig86)

3) Importar un archivo de árboles *.tre (en notación parentética)

4) Crear una matriz de coordenadas decimales, para vincularla a (1) y (2)

5) Descargar e instalar el modulo Cartographer de Mesquite

6) Crear una vista de los terminales con la información cartográfica de (4)

7) Exportar el árbol a un archivo KML de Google Earth

Y si tenemos una cuenta en Google Maps, quedaría un mapa como:


Ver PAE en un mapa más grande

miércoles, 24 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth (2)

Como les dije, existen otras formas (tal vez más sencillas) de colocar una filogenia en Google Maps.

El siguiente mapa es el resultado de un PAE realizado en áreas protegidas de Venezuela.

La referencia del articulo:

Navarro, J.-C., Liria, J., Piñango, H. Barrera, R. 2007. Biogeographic area relationships in Venezuela: A parsimony analysis of Culicidae-phytotelmata distribution in national parks. Zootaxa 1547: 1-19.


Ver PAE Áreas protegidas de Venezuela en un mapa más grande

Para hacer esto necesitamos:

1) Un conjunto de datos, por ejemplo... una matriz de PAE, en donde se obtuvo un cladograma.

2) Las coordenadas geográficas (lat/long) de los terminales utilizados en (1).

3) Ejecutar Google Earth.

4) Entrar en GeoPhylo. Colocar el árbol en notación parentética y enraizado, y los datos de (2).

5) Generar el archivo Kml, y ver el resultado en Google Earth. Guardar el archivo Kml en el disco rigido.

6) Crear una cuenta en Google Maps, y subir el archivo de (5).

7) Crear el codigo para colocar el mapa en nuestro sitio web.

En la tercera entrega les dire como colocar filogenias de otra forma... un poca más complicada.

martes, 23 de noviembre de 2010

Colocando filogenias en Google Earth

Este video (de aprox. 6 minutos) muestra como pueden colocarse filogenias en Google Earth. Se trata de unificar espacio y tiempo, tal como en su momento fue mencionado por León Croizat. Actualmente a este concepto se le conoce como Geofilogenias (Geophylogenies).

Para realizar una Geofilogenia puede utilizarse la extensión Geophylobuilder para ArcGIS de ESRI. Existen otras opciones como SupraMap; no obstante existen métodos más sencillos para colocar árboles, áreas de endemismo, trazos panbiogeográficos, etc.



lunes, 15 de noviembre de 2010

Video "descargando datos del portal de DIVA - GIS"

Este video (en ingles) muestra los pasos para descargar datos geoespaciales desde el portal de diva-gis.org.

Articulo de Ciencia Hoy: Cladismo y Diversidad Biológica

Particularmente utilizo los articulos de la revista Ciencia Hoy, durante los cursos de pregrado de las asignaturas Biología General y Biología Animal en la Universidad de Carabobo. Por ello deseo compartir con Uds este articulo titulado "CLADISMO Y DIVERSIDAD BIOLÓGICA", publicado en el volumen 4, numero 21 del año 1992:

JUAN J. MORRONE, MARIA M. CIGLIANO - JORGE V. CRISCI

"El cladismo, método que clasifica a los seres vivos por sus relaciones de parentesco, intenta reconstruir la historia de la vida sobre la Tierra. Se trata, además, de una herramienta útil para plantear estrategias de conservación de la diversidad biológica.
"

lunes, 1 de noviembre de 2010

¿Quieres conocer sobre W. Hennig?


Simplemente colocando en Wikipedia.. "Willi Hennig" encontraremos información básica sobre el precursor de la Sistemática Filogenética, conocida en la actualidad como "Cladismo".


Sin embargo, en este artículo... encontrarán más detalles sobre la vida y obra de este Entomologo.



Schmitt, M. (2003). "Willi Hennig and the Rise of Cladistics". In Legakis, A., Sfenthourakis, S., Polymeni, R. & Thessalou-Legaki, M. (eds.). The New Panorama of Animal Evolution - Proceedings of the 18th International Congress of Zoology. Sofia - Moskau: Pensoft Publ. 369–379.

miércoles, 20 de octubre de 2010

instalando gvSIG en Ubuntu

Aqui les va una ayuda muy completa que encontre en el Blog GIS de JC, de como instalar gvSIG 1.1.2 en Ubuntu.
Yo probe estas instrucciones.. y fue muy sencillo. Quedaria intentar con otra version más reciente de gvSIG.

(Les aviso que ya existe una version portatil para gvSIG 1.9 para Windows).

Instalando gvSIG en Ubuntu 9.04 Jaunty Jackalope

Hola,

--TO DO: Crear una página que hable un poco mas sobre gvSIG: Es un software GIS libre muy robusto y puede remplazar tranquilamente al ArcGIS en muchas aplicaciones.
Estuve instalando gvSIG en mi computadora y me di cuenta de algunos detalles a tener en consideración. Así que este es mi HOWTO:

Notas previas:
- Si bien este instalador está redactado usando la versión 9.04 de Ubuntu, también he instalado gvSIG en la versión 8.10 Hardy Heron y todos los pasos aplican de la misma manera.
- En Windows los pasos son muy similares, de hecho hay mucho menos problemillas y detallitos, es simplemente descargar el instalador y seguir los pasos.

-Todos los comandos que impliquen la carpeta "home" o capeta de usuario seguiran la ruta /home/juancarlos/ pero deben ser cambiadas de acuerdo al usuario, tambien pueden ser remplazadas por el carácter "colita de chancho" pero no logro ponerlo en este blog :P
1. Descargar los paquetes binarios de la página web de gvSIG (En este momento la última version es la 1.2 que se obtiene instalando la version 1.1 y actualizando a la version 1.2)

wget ftp://downloads.gvsig.org/gva/descargas/ficheros/11/gvsig-1_1-linux-i586-withjre.bin
wget ftp://downloads.gvsig.org/gva/descargas/ficheros/11/gvSIG-update-1_1_2-linux-i586.bin


2. Estos paquetes son ejecutables sin embargo se necesita darles el permiso adecuado para poder usarlos de esa manera:

chmod a+x gvsig-1_1-linux-i586-withjre.bin
chmod a+x gvSIG-update-1_1_2-linux-i586.bin


3. Ejecutar el instalador de gvSIG 1.1:

./gvsig-1_1-linux-i586-withjre.bin

3.1 Eleccion de java JRE a utilizar
gvSIG JRE

La opción mas segura es instalar un JRE listo para funcionar en directorio del usuario. Se instalará una versión propia de Java JRE 1.5 solo para gvSIG. Esto generará un problema de visualización en escritorios con efectos de ventana activados (compiz), pero si el objetivo es tenerlo instalado de la manera mas fácil y rápida esta es la opción a seguir.

NOTA: Si se desea evitar problemas con los efectos de ventana y java se debe seguir este howto para configurar java y no utilizar la versión del instalador.

3.2 Elección del idioma
gvSIG idioma

3.3 Presentación y Aceptar licencia
gvSIG licencia

3.4 Selección de paquetes
gvsig paquetes

Por el tamaño de los paquetes no creo que valga la pena discriminar aquellos que no se desean. Dejar todos los paquetes seleccionados e ir al siguiente paso.

3.5 Eleccion de la ruta
gvsig ruta

La ruta por defecto está bien.

3.6 Se Realizará la instalación
gvsig finalizando instalacion

3.7 Accesos directos
gvsig accesos directos

Esta sección del instalador tiene errores:
a. Por mas que desactive la opción de crear un acceso directo, igual lo hace.
b. Los accesos directos los crea en la carpeta Desktop y no en la carpeta Escritorio de la versión Ubuntu en español
c. Los accesos simplemente no funcionan seguramente por el tipo de acceso, pues los comandos con los que han sido creados si funcionan.

3.8 Listo
El sistema dará una ventana de confirmación de la instalación

4. Ahora actualizamos la versión de 1.1 a 1.1.2 ejecutando el update:

./gvSIG-update-1_1_2-linux-i586.bin

4.1 Elección del JRE
gvsig update JRE

En este caso utilizar la primera opción: el JRE ya utilizado en la versión previa. Sin embargo la segunda opción, instalar JRE en el directorio del usuario, tampoco me ha representado problemas.

4.2 La misma historia
-Elegir idioma
-Aceptar la licencia
-Seleccionar el único paquete que es la actualización (tampoco se puede quitar la selección)

4.3 Ruta
gvsig update ruta

El autodetectar no funciona por lo que se debe indicar la ruta manualmente o con el boton buscar
La ruta de instalación es la misma que se indicó en la instalación de gvSIG 1.1. De no haberla movido, por defecto es:

/home/juancarlos/gvSIG_1.1
(donde juancarlos es el nombre del usuario que instala gvSIG)

4.4 Instalacion, Mensajes y Confirmación

Se procede con la instalación, se mostrarán una serie de mensajes indicando que se ha borrado uno y otro archivo (¿por qué es importante esto?)
Se mostrará un mensaje de confirmación de que todo está bien y ya tenemos instalado gvSIG en su última version estable.

5. Arreglando los accesos directos.
Los accesos directos que instala gvSIG simplemente NO SIRVEN. se pueden borrar con el siguiente comando (no es necesario):

rm /home/juancarlos/Desktop/gvSIG.desktop
rm /home/juancarlos/Desktop/gvSIG Uninstaller


Para crear los nuevos accesos hacer click derecho en el escritorio y crear un lanzador:

Icono (hacer click en la imagen) : /home/juancarlos/gvSIG_1.1/bin/ico-gvSIG.png
Tipo: Aplicación
Nombre: gvSIG
Comando: /home/juancarlos/gvSIG_1.1/bin/gvSIG.sh
Comentario: Instalado con la ayuda del blog GIS de JC :P


Y también podemos instalar el lanzador del desinstalador:

Icono (hacer click en la imagen) :/home/juancarlos/gvSIG_1.1/bin/uninstall.png
Tipo: Aplicación
Nombre: gvSIG Uninstaller
Comando: /home/juancarlos/gvSIG_1.1/Uninstaller/uninstall.sh
Comentario: Instalado con la ayuda del blog GIS de JC :P


6. Problemas con la visualización
Debido a que con la versión 1.5 de java (la que viene con el instalador de gvSIG) tiene problemas con los efectos de ventanas. Se pueden producir problemas como:
- El contenido de la ventana no se redimensiona con la ventana.
- Algunas ventanas no muestran su contenido.

Este problema es común con las aplicaciones que utilizan java y la mejor solución es utilizar el último paquete sun-java6-jdk. Sin embargo, como gvSIG utiliza su versión propia de JRE y no la versión del sistema, la siguiente mejor opción, hay varias opciones pero esta es la que me parece mas simple e inmediata, es utilizar el comando:

metacity --replace

Con esto se perderán los efectos de ventana de la sesión (si reinicias el sistema o recargas el escritorio con ctrl-alt-backspace todo volverá a la normalidad).

Tener cuidado de no cerrar la ventana en la cual corre el comando pues sino el escritorio se volverá inestable.

Para configurar gvSIG y que pueda utilizar el JRE del sistema hace falta una serie de pasos y detalles que también escribiré en un próximo HOWTO.

Saludos.

lunes, 16 de agosto de 2010

Tutorial para TNT

Esta es una pequeña presentación para las herramientas y algunos de los menus de TnT. Para mayor información consultar la WIKI de TnT. La presentación hace enfasis en las opciones para búsquedas.

domingo, 8 de agosto de 2010

Tutoriales para NoNa y Winclada

En estos documentos PDF encontrarán tutoriales para los programas NoNa y Winclada. El primer programa fue escrito por Pablo A. Goloboff en 1996, y se emplea para realizar búsquedas de árboles más parsimoniosos; se utiliza en MS-DOS. El segundo fue creado por Kevin Nixon en 1999, presenta una interfaz de Windows y permite crear matrices y manipular árboles; también interactúa con NoNa para realizar las búsquedas.



miércoles, 21 de julio de 2010

Ontologías, imagenes, bases de datos y Biología Evolutiva - Dr. Martin Ramírez

Presentación del Dr. Ramirez





Articulo relacionado:

Ramírez, M. J., J. A. Coddington, W. P. Maddison, P. E. Midford, L. Prendini, J. Miller, C. E. Griswold, G. Hormiga, P. Sierwald, N. Scharff, S. P. Benjamin, W. C. Wheeler. 2007. Linking of digital images to phylogenetic data matrices using a morphological ontology. Systematic Biology, 56, 283–294.

SupraMap

SUPRAMAP: A web application for integrating genetic, evolutionary, geospatial, and temporal data.

Dan Janies - Results, datasets, and background information; registration, bug reports, and general inquiries about the project.

Kitching, Forey, Humphries & Williams

Kitching, I.J., P.L. Forey, C.J. Humphries and D.M. Williams. 1998. Cladistics. The Theory and Practice of Parsimony Analysis. Oxford University Press, New York.

sábado, 10 de julio de 2010

Conferencias de Farris, Goloboff y Janies

Para ver las Conferencias es necesario instalar Real Player




Current Topics Workshop: The Problems of Phylogenetic Analysis of Large Datasets: Abstracts and Lectures

In this workshop, we will focus on recent advances in phylogenetic analysis of large datasets considering two major aspects. The first is the problem of analysis of datasets with a large number of taxa (exceeding several hundreds). This includes recent improvements in tree search algorithms and synergistic application of parallelization strategies using Beowulf clusters and distributed computing. The workshop participants will also compare and discuss the use of improved search tools for competing methods (e.g., parsimony, maximum likelihood, Bayesian). This discussion will illustrate advantages and problems associated specific to various methods with the analysis of datasets with large number of taxa.

The second point of discussion will be the problems associated with analysis of large comparative genomic datasets with various types of information (homology, rearrangement, origin, loss, and multiplication among loci between ancestor and descendant genomes). This problem includes the generalization of edit cost models to account for of multiple kinds of genomic change rather than only DNA substitution.

In summary, this workshop aims to gather leading researchers in this field to discuss common and specific problems, applications, and new models for large-scale phylogenetic and genomic analysis.

LECTURE MATERIALS:

J. Farris, Molecular Systematics Laboratory, Swedish Museum of Natural History.

Intro

Pablo A. Goloboff, Instituto Superior de Entomologia, Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas, Miguel Lillo 205, 4000 San Miguel de Tucuman, Argentina.

On divide and conquer strategies for parsimony analysis of large data sets

Daniel Janies, Department of Biomedical Informatics, The Ohio State University

Applications of large-scale phylogenetic analysis for research in emerging infectious disease

miércoles, 30 de junio de 2010

Trabajando con GvSIG

Este es un introductorio para trabajar con GvSIG.

Este programa está orientado al manejo de información geográfica. Se caracteriza por una interfaz amigable y sencilla, con capacidad para acceder ágilmente a los formatos más usuales (ráster y vectoriales). gvSIG además es capaz de integrar datos en una vista, tanto locales como remotos. Está orientado a usuarios finales de información geográfica, profesionales o personal de Administraciones Públicas.

La aplicación es de código abierto, con licencia GPL (General Public License o licencia pública general) y gratuita. Se ha hecho especial hincapié desde sus inicios, en que gvSIG sea un proyecto extensible, de forma que los desarrolladores puedan ampliar las funcionalidades de la aplicación fácilmente, así como desarrollar aplicaciones totalmente nuevas a partir de las librerías utilizadas en gvSIG (siempre y cuando cumplan la licencia GPL).


Georreferenciación

Guia de Kristina georreferenciando rápido y sucio

Para cada localidad georreferenciada, usted necesita registrar los parámetros de la latitud, longitud, datum, extensión, y error, así como también los parámetros para que futuros investigadores determinen como usted obtuvo la información (determinaciones de referencias, marcas latlong y anotaciones y nombre del lugar). La siguiente es una guía rápida de algunos de los primeros sitios web a consultar mientras está georreferenciando. Sin embargo, es imperativo que antes que un georreferenciador comience a georreferenciar, este debe leer y entender las pautas de la georreferencianción y calculos manuales de error.

1. Ubicaciones en EEUU

Topozone.com es su mejor opción para localizaciones de EEUU, si su institución no posee su propio Navegador de Terreno para el área que quiere georreferenciar topozone.com tiene una interfaz relativamente fácil de usar, y los mapas son versiones escaneadas de los mapas en papel producidos por el United States Geological Survey. Las coordenadas tienen una precisión cercana a 0.0001 grado, y usted puede elejir el datum con que quiere que sus coordenadas sean presentadas.
Una vez que usted ha ubicado la localidad y cargado el mapa correspondiente, el datum y el formato de la coordenada estos pueden ser cambiados en el lado izquierdo de la pantalla. Las escalas del mapa también pueden ser cambiadas sobre el lado izquierdo. Extensiones y distancias pueden ser medidas usando la escala ubicada debajo del mapa.


Vea un ejemplo de cómo se ve un mapa Topozone.com para Gilchrist, Oregon aquí:
http://www.topozone.com/map.asp?lat=43.4780&lon=-121.6847
Note que la barra gris en el lado izquierdo contiene los parámetros disponibles para cambiar la escala del mapa y el datum. Cambie el formato de las coordenadas de UTM a DD.DDD, y note que las coordenadas (ubicadas al tope del mapa) cambian adecuadamente.

Si usted hace click en el mapa, el mapa se centra en el lugar que usted clickeo, y las coordenadas cambian a las del nuevo sitio. Así, uno fácilmente puede usar a Topozone.com para medir distancias de carreteras y para georreferenciar partes de una ciudad.

GEORREFERENCIANDO PARAMETROS DE UNA CALCULADORA (http://manisnet.org/gci2.html):

Fuente de las Coordinadas: mapa USGS 1:24.000, 1:100.000, o 1:250.000 dependiendo de la escala elegida
Sistema de Coordinadas: grados decimales
Datum: WGS84 o NAD27, dependiendo del datum elegido
Precisión de las Coordinadas: 0.0001 grados

EJEMPLO

Localidad Específica: Gilchrist, Oregon
Referencia de la Determinación: Topozone.com USGS 1:24,000
Datum: WGS84
LatDec: 43.4780
LongDec: -121.6847
Localidad Citada: Gilchrist, ppl
Extensión: 0.7
Distancia Maxima del Error: 0.716
Unidades de la Distancia: mi
Sistema de Coordenadas Original: grados decimales

2. Lugares fuera de los EEUU: Lugares Poblados

Yo prefiero usar Fallingrain.com para lugares fuera de los EEUU ya que uno puede obtener tanto las coordenadas como las estensiones. Fallingrain.com usa datos NIMA para las coordenadas, que son informadas al minuto más cercano y su Datum es WGS84.

Vea un ejemplo de uso de fallingrain.com para Chocloca, Bolivia aquí:

http://www.fallingrain.com/world/BL/9/Chocloca.html

Fallingrain.com provee mapas generados a partir de imágenes satelitales y muestra la ubicación de las coordenadas en el mapa. Si el pueblo que esta buscando es relativamente pequeño, entonces el puto se mostrará sin el polígono amarillo debajo (Chocloca, Bolivia es representado como un solo punto). Para tales casos, usted puede usar las extensión como fue registrada en la imágen satelital bajo el título “Nearby Cities and Towns.” Una copia de esta sección se muestra debajo.

West
North
East
South

Tolomosita (6.2 nm)
San Jacinto (5.1 nm)
Chorrillos (5.1 nm)
Colon (3.4 nm)
Uriondo (3.4 nm)
Las Juntas (2.7 nm)
Huayrihuana (4.1 nm)

Para Chocloca, Bolivia, se puede observar que el pueblo más cercano es Las Juntas, ubicado a una distancia de 2.7 nm (millas náuticas). Uno puede usar esta información para determinar la extensión de Chocloca convirtiendo primero las 2.7 millas náuticas a kilómetros (una forma fácil de hacerlo es escribir “2.7 nautical miles in km” en Google.com y pressionar “Enter”) 2.7 millas náuticas son 5.0004 km, y la mitad de esta distancia, 2,5 km, que es la mitad de la distancia entre Chocloca y Las Juntas, se usa como la extensión.


Para pueblos con polígonos amarillos debajo, los nombres de la ciudad en el mapa satelital como por ejemplo Tokyo (http://www.fallingrain.com/world/JA/40/Tokyo.html) usar la herramienta Nearby Cities and Towns no es una opción, ya que fallingrain.com usa distritos y áreas dentro de la ciudad como si fuesen los pueblos más cercanos. Para estas grandes ciudades se debe utilizar otras fuentes para determinar la extensión, por ejemplo consultar la colección de mapas Perry Castaneda Map Library, diponible en http://www.lib.utexas.edu/maps/

GEORREFERENCIANDO PARAMETROS DE UNA CALCULADORA (http://manisnet.org/gc.html):

Fuente de las Coordenadas: gacetero
Sistema de Coordenadas: grados, minutos, y segundos (note que aunque las coordenadas son mostradas tanto en grados decimales como en grados, minutos, y segundos, el dato original desde el cuál fallingrain.com obtiene las coordenadas es en grados, minutos, y segundos)
Datum: WGS84
Precisión de las Coordenadas: minuto más cercano si el segundo es 0’ o 59’, de otra forma es el segundo más cercano.

EJEMPLO:
Localidad Específica: Chocloca, Tarija, Bolivia
Referencia de la Determinación: Gacetero Fallingrain.com
Datum: WGS84
LatDec: -21.7167
LongDec: -64.7333
Localidad Citada: Chocloca, ppl
Extensión: 2.5
Distancia Maxima del Error: 5.026
Unidades de la Distancia: km
Sistema de Coordenadas Original: grados, minutos, y segundos
Observaciones acerca de la Georreferencia: La extensión es la mitad de la distancia al pueblo. Las Juntas, el lugar nombrado más cercano, según lo muestra fallingrain.com

EJEMPLO:
Localidad Específica: Tokyo, Japan
Referencia de la Determinación: Gacetero Fallingrain.com
Datum: WGS84
LatDec: 35.6850
LongDec: 139.7514
Localidad Citada: Tokyo
Extensión: 19.5
Distancia Maxima del Error: 19.544
Unidades de la Distancia: km
Sistema de Coordenadas Original: grados minutos segundos
Observaciones acerca de la Georreferencia: La extensión se basa en el mapa disponible en http://www.worldexecutive.com/cityguides/tokyo/maps.html

Note que los programas SIG son una opción para lugares fuera de los EEUU pero su valor depende de las capas disponibles para la región de interés.

3. Lugares fuera de los EEUU: Lugares que no están poblados, tales como ríos o montañas

Este tipo de lugar es lo que más tiempo demanda para georreferenciar. Involucra el uso de un gacetero, por ejemplo Alexandria Digital Library Gazetteer o el sitio web de NIMA, para obtener las coordenadas. Luego se debe usar un mapa, ya sea un mapa en papel, uno mapa escaneado disponible en la collección Perry Castaneda Map Library u otro tipo de fuentes, o un mapa satelital para obtener la extensión. A menudo tales mapas están limitados y/o tienen poca calidad. Se puede usar Google Earth, pero su utilidad se puede ver disminuida en áreas como China.

Ríos y arroyos no deben ser georreferenciados utilizando las coordenadas disponibles en gaceteros basados en NIMA, ya que estas coordenadas se corresponden con la desembocadura del río y no con el centro geográfico. Por lo tanto, ríos y arroyos deben ser georreferenciados en su totalidad utilizando mapas de algún tipo.

A pesar de la presencia creciente de sitios web de mapeo y colecciones de mapas online, es todavía difícil obtener extensiones para accidentes geográficos que no son ampliamente conocidos tales como pequeñas colinas o lagos. Si no hay disponible mapas de papel de gran escala para su región puede ser posible localizar un mapa apropiado usando un buscador tal como Google Images. Es en esta etapa que un georreferenciador se convierte en algo parecido a un detective/investigador, bibliotecario/historiador/geógrafo, y con suerte luego de un arduo trabajo se podrán conseguir las extensiones.

. . .

en pocas palabras, buena suerte.

GEORREFERENCIANDO PARAMETROS DE UNA CALCULADORA (http://manisnet.org/gci2.html) si uso el gacetero de Alexandria Digital Library Gazetteer o el NIMA:

Fuente de las Coordinadas: gacetero
Sistema de Coordinadas: grados, minutos, y segundos (note que aunque las coordenadas son mostradas tanto en grados decimales como en grados, minutos, y segundos, el dato original desde el cuál los sitios web obtienen las coordenadas es en grados, minutos, y segundos).
Datum: WGS84
Precisión de las Coordinadas: minuto más cercano si el segundo es 0’ o 59’, de otra forma es el segundo más cercano.

domingo, 27 de junio de 2010

Documentales de L. Croizat

Aquí les dejo unos Documentales (4 en total), sobre León Croizat. Y si quieren conocer un poco de este Biogeografo del siglo XX, este articlo de JJ Morrone les dará más información.

Morrone JJ. 2000. Between the taunt and the eulogy: Leon Croizat and the panbiogeography. INTERCIENCIA 25: (1) 41-47.

Abstract:
The Italian botanist Leon Croizat (1894-1982) is a controversial figure in the most recent history of biogeography. Based on the metaphor that "life and earth evolve together" -which means that geographic barriers and biotas coevolve- Croizat developed a new biogeographic methodology, which he named 'panbiogeography '. This method was basically to plot distributions of organisms on maps and connect the disjunct distribution areas or collection localities together with lines called tracks. Croizat found that individual tracks for unrelated groups of organisms were repetitive, and considered the resulting summary lines as generalized tracks which indicated the preexistence of ancestral biotas, subsequently fragmented by tectonic and/or climatic changes. Some authors, mainly those belonging to the dispersalist establishment, have dismissed Croizat's contributions, considering him as idiosyncratic, or a member of a lunatic fringe. Others have considered Croizat as one of the most original thinkers of modern comparative biology, whose contributions advanced the foundations of a new synthesis between earth and life sciences. Following its synthesis with phylogenetic systematics, Croizat's panbiogeography has emerged as being central to vicariance or cladistic biogeography. In spite of this synthesis, some authors currently agree in the distinction between Croizat's panbiogeography and cladistic biogeography.

En este link encontraran otros Documentales interesantes:

http://www.youtube.com/user/videocienciavzla

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viernes, 18 de junio de 2010

Archivos para NDM

En este tutorial van a preparar un archivo para el programa NDM. Este permite identificar áreas de endemismo a partir de un cirterio de optimalidad. Dado que la distribución de un taxón es producto de factores históricos y actuales; si diferentes taxa responden de igual manera a esos factores debería haber concordancia en los rangos de distribución de dichos taxa. El criterio evalúa mediante un índice de endemicidad cuántos y cuán endémicos son los taxa para un área dada. Aquellas áreas mejor apoyadas por los datos serán seleccionadas como áreas de endemismo. A semejanza de métodos como el PAE (Parsimony Analysis of Endemicity), el método está obligado al uso de una cuadricula de ausencia/presencia de taxa para una región dada; si bien también es posible trabajar con datos georeferenciados.




Este es el Manual de NDM, aquí encontrarán más detalles de los analisis que pueden realizar.

martes, 15 de junio de 2010

The Logical Basis of Phylogenetic Analysis

Este es un clásico del Cladismo que deseo compartir con Ustedes:

Farris J. 1983. The Logical Basis of Phylogenetic Analysis. En “Advances in Cladistics II” (N. I. Platnick and V. A. Funk, Eds.), pp. 7–36. Columbia Univ. Press, NY.

lunes, 14 de junio de 2010

¿Cómo preparar un archivo para MaxEnt?

En esta oportunidad voy a indicarles como se prepara el archivo de datos para que pueda ser utilizado en el programa MaxEnt.

El archivo de datos que vamos a construir es del tipo:

species,longitude,latitude

bradypus_variegatus,-65.4,-10.3833

bradypus_variegatus,-65.3833,-10.3833

bradypus_variegatus,-65.1333,-16.8

bradypus_variegatus,-63.6667,-17.45

bradypus_variegatus,-63.85,-17.4

Donde cada item está separado por una coma sencilla ",". Es decir, un archivo CSV que puede crearse en MS-EXCEL o CALC de OpenOffice.

La primera fila esta definida por los titulos de cada columna. Seguidamente se coloca la especie sin separación, y a continuacion las coordenadas en grados decimales: longitud y latitud. Aqui tienen un tutorial en español para que vean de que hablo.



Clase de Biogeografía y SIG

domingo, 13 de junio de 2010

Tutoriales para archivos DBF

Estos videos son parte de una serie de Tutoriales para el manejo de programas de Sistema de Información Geográfica (SIG) del tipo DIVA-GIS y GVSIG.

En este caso, los primero Tutoriales permitiran a los participantes exportar los datos georreferenciados en MS-EXCEL a un formato tipo DBASE (o DBF).

Archivo DBF 1/2



Archivo DBF 2/2



viernes, 11 de junio de 2010

Biogeografía histórica

BIOGEOGRAFÍA HISTÓRICA


La Biogeografía histórica trata de explicar la distribución actual de los organismos a través de procesos que se suceden a gran escala del tiempo, e.g. millones de años. Según Crisci et al (2000) la reconstrucción en la biogeografía histórica de los eventos biogeográficos del pasado puede hacerse desde tres perspectivas diferentes que se relacionan a tres objetivos diferentes: 1- la reconstrucción de la historia de la distribución de grupos individuales (biogeografía del taxón); 2- la reconstrucción de la historia de las áreas de endemismo (búsqueda de relaciones entre las áreas, o biogeografía del área); 3- la reconstrucción de la historia de la distribución de las biotas (búsqueda de la homología espacial).

Los insectos en las teorías Biogeográficas
Los insectos han sido ampliamente utilizados para proponer distintas teóricas biogeográficas. Entre las más famosas podemos nombrar, dentro del Dispersalismo, la postura de Darlington (1965) que los grupos se originan en las regiones tropicales y desde ahí “conquistan” las regiones templadas, basó su trabajo en insectos, principalmente de las regiones australes de América del Sur. Jeannel, quien ya en 1942, defendía la Deriva de Continentes y se oponía al dispersalismo, basó todo su trabajo en insectos. La Teoría de los Refugios, fue ampliamente apoyada con datos de insectos por Lindroth. La nueva teoría de la Panbiogeografía, en la cual se utilizaron diversos grupos de artrópodos por Craw y Morrone. Es también en el comienzo de la Biogeografía Filogenética, que se utilizan grupos de dípteros, por Hennig (1968) y Brundin (1966). También han sido, los artrópodos, ampliamente utilizados en estudios biogeográficos de montañas, islas, continentales, etc. Es dentro del marco teórico de esta última, o en su predecesora, en la cual hemos desarrollado nuestras investigaciones. La biogeografía cladística asume una correspondencia entre las relaciones de parentesco de los taxa y las relaciones de áreas por ellos ocupadas. Las comparaciones entre filogenias de varios taxa no relacionados que habitan una misma área conducen a un patrón general que puede ser usado para proponer hipótesis de las relaciones históricas de las áreas en estudio. Esta metodología se basa en la idea de que los organismos de cada biota han evolucionado en conjunto, influidos por la historia de la Tierra y esta historia biótica puede ser inferida a partir de los análisis cladísticos de diversos taxa que componen dicha biota.

América del Sur austral

Historia. Con la publicación del origen de las especies de Darwin (1859) y los posteriores aportes de Wallace (1876), se consideraba a los continentes boreales como grandes centros de origen de las biotas y a los australes como los receptores de esa biota primaria. Por ello los organismos que habitaban los continentes australes eran vistos como primitivos, llevados al sur por el advenimiento de otros "más competitivos". De esta manera las áreas australes pasaron a ser centros de preservación de viejos relictos de la fauna y la flora. Esta idea se basaba en la distribución de los vertebrados, sin considerar la importancia de las relaciones mostradas por insectos y plantas.

Sin embargo otros biólogos, principalmente botánicos y entomólogos, apoyaban la idea de una biota austral. Los más prominentes en la botánica fueron Hooker y Skottsberg. Hooker (1853) pensaba que la flora de cada una de las áreas australes estaba más relacionada entre sí que con las floras de los continentes del norte y que la divergencia entre las floras del norte/sur debía haber ocurrido antes de la fragmentación de la austral. Lamentablemente la unión de esta flora austral fue planteada por medio de puentes, idea que no era sustentada por las teorías geológicas del momento. Skottsberg (1960), basado en un amplio conocimiento de campo, concebía a la Antártida como un gran centro de evolución terciario, del cual varias formas radiaron a los extremos australes de los continentes actuales.


Entre los zoólogos Jeannel (1942, 1967) fue quizás uno de los más fuertes defensores de la idea de un origen común de toda la biota austral. Desde sus primeros trabajos sobre coleópteros proponía que el origen de muchos de los insectos australes debía haber ocurrido entre el Cretácico-Terciario, en un área austral común y que su actual distribución se debía a la deriva continental. Otros entomólogos que dieron gran importancia a estas relaciones transantárticas fueron Hennig (1960) y Brundin (1966).






Sin embargo, no toda la biota de América del Sur posee relación con la de otras áreas australes. En el Jurásico, antes de la fragmentación de Gondwana, desde Perú se prolongaba hacia el sur un golfo que ocupaba la actual posición de la cordillera de los Andes. Ya en el Jurásico superior el golfo se prolongaba sobre la Patagonia y se unía con el Océano Atlántico que recién comenzaba a formarse. De esta manera América del Sur quedaba separada en dos grandes unidades cuyas biotas poseían distintas afinidades: una relacionada con Africa tropical, la biota Inabrésica o Brasílica y otra relacionada con los continentes australes, la Paleantártica o Patagónica.






Definición. La región austral de América del Sur es designada como el área situada por debajo de los 30° latitud Sur incluyendo además las áreas montañosas de los Andes situadas al norte de esta latitud. Numerosos estudios biogeográficos separan este área del resto del continente Americano al considerarla más cercanamente relacionada con biotas de áreas templadas del hemisferio sur, tales como Australia, Nueva Zelanda y África del Sur. Se ha postulando además que América del Sur es un continente de origen híbrido que debería ser dividido en dos áreas: templadas del sur y tropicales del norte.





Componentes bióticos de América del Sur austral

Componente brasilico.- Los taxa (=especies o grupos de especies) pertenecientes a este componente se caracterizan porque la búsqueda de grupos hermanos recae en otros taxa que poseen una distribución en América tropical. A su vez el grupo hermano de los sudamericanos se encuentra presente en las regiones tropicales de Africa.

Componente austral.- Los taxa pertenecientes a este componente se distinguen porque el grupo hermano está distribuido en las otras áreas australes (Australia, Tasmania, Nueva Zelandia, Africa del Sur, Nueva Caledonia, etc...). Este componente es el que posee la mayor diversidad de especies, presentando un alto grado de endemismo. Los diversos esquemas biogeográficos de insectos se han basado en taxa de este componente para delimitar la región austral (Monrós, 1958; Kuschel, 1960; 1969; Kusnezov, 1963; Peña, 1966; Jeannel, 1967; O'Brien, 1971; Rapoport, 1971; Willink, 1991; Morrone et al. 1994).

Componente erémico
.- Los taxa pertenecientes a este componente se distinguen porque su grupo hermano está distribuido en los continentes boreales. Esta fauna, denominada erémica por Kuschel (1964), no tiene relación con la de Africa o Australia y see encuentra ausente en Nueva Zelandia. Es un grupo que está siempre restringido a las zonas xéricas (Kuschel, 1964) constituyendo un alto porcentaje de su flora y fauna.


Componente holártico.- Como en el componente erémico el grupo hermano es boreal. Sin embargo su edad de aparición en América del Sur es más reciente siguiendo una dispersión semejante a la propuesta por Wallace. Para diferenciarlo del componente erémico es necesario considerar el grado de parentezco con sus grupos hermanos. Al constituir elementos recientes son subgrupos de un taxon de rango superior ampliamente distribuido en la región holártica. Por lo general están más estrechamente relacionados sólo con grupos de América del Norte.

miércoles, 9 de junio de 2010

Conceptos Biogeográficos


Conceptos biogeográficos

(http://zoo.bio.ufpr.br/diptera/bz023/conceitos_biogeograficos.htm)

Elementos No.41, Vol. 8, Marzo-Mayo 2001

Raúl Contreras Medina.
Isolda Luna Vega.
Juan J. Morrone.


Los cambios en métodos son las armas más poderosas del progreso. Encontrar un hecho nuevo puede ser muy importante para la ciencia, pero desarrollar un nuevo método para interpretar globalmente hechos del pasado, presente y en parte, al menos, del futuro, es aún más importante. Las ventajas de un método nuevo son aseveradas razonablemente sobre la base de su eficiencia. Nunca ha habido un caso en toda la historia de la ciencia en que un método más eficiente haya sido descartado por uno menos eficiente (León Croizat, 1964).

La biogeografía es la disciplina que estudia la distribución de los seres vivos, tanto en el tiempo como en el espacio, considerando también los procesos que dieron lugar a dicha distribución. Básicamente esta disciplina presenta dos vertientes: la biogeografía histórica y la biogeografía ecológica (Morrone y cols., 1996).

Dentro de la biogeografía histórica contemporánea existen tres enfoques para explicar la distribución de los seres vivos, a saber: el dispersalismo, la panbiogeografía y la biogeografía cladística. De ellos, el más antiguo es la biogeografía dispersalista, la cual se considera que se originó a partir de las ideas de Darwin y Wallace a mediados del siglo XIX (Crisci y Morrone, 1992). Este enfoque trabaja con taxones individuales, en el sentido de que son los organismos los que se dispersan sobre una geografía estable.

Como reacción a la biogeografía dispersalista, a mediados del siglo XX surge la panbiogeografía, la cual fue propuesta originalmente por León Croizat (1958). Este autor hizo énfasis en el análisis conjunto de diferentes taxones para buscar patrones comunes de distribución, evitando analizar un solo taxón como se hacía tradicionalmente. Esto se debe a que organismos con distintas capacidades de dispersión pueden compartir similitudes en sus distribuciones, ya que cualquier distribución en plantas de alguna u otra forma tiene su contraparte en los animales (Craw y cols., 1999). A partir de la combinación de la panbiogeografía con la sistemática filogenética de Willi Hennig, surge la biogeografía cladística en la década de los setenta (Espinosa y Llorente, 1993; Morrone y cols., 1996). A pesar de las diferencias conceptuales y metodológicas entre los enfoques de la biogeografía dispersalista y de la panbiogeografía, en ocasiones se confunden algunos de sus términos. Nuestro objetivo es comentar y diferenciar algunos conceptos de ambas escuelas a partir de nuestras experiencias docentes con los estudiantes de los cursos de biogeografía.

DISPERSIÓN VERSUS MOVILIDAD

En un sentido amplio, el término dispersión implica el proceso mediante el cual un organismo es capaz de propagarse desde su lugar de origen hacia otro sitio (Udvardy, 1969). En el idioma inglés existen dos términos diferentes que a veces se confunden, pero que implican conceptos completamente distintos: dispersal y dispersion; ambas palabras hacen referencia a la dispersión en español. La primera se refiere al movimiento azaroso a grandes distancias y atravesando barreras, que lleva a que la especie se establezca en nuevos sitios que antes no habitaba; por esta razón varios autores que escriben en español prefieren utilizar el nombre de biogeografía dispersalista en lugar de biogeografía dispersionista (e.g. Crisci y Morrone, 1992; Morrone y cols., 1996; Morrone, 2000), debido a que el primero se ajusta mejor al proceso más importante en esta escuela biogeográfica.

Dispersion implica la expansión gradual del área de distribución bajo condiciones favorables del medio, lo que permite la ampliación del área de distribución original de una especie sin atravesar barreras. Sin embargo, en nuestro idioma un solo término (dispersión) alude a ambos conceptos y no existe diferencia entre ellos, por lo que no es raro que exista confusión. Desde el punto de vista de Croizat, los organismos de una especie presentan una etapa de movilidad que consiste precisamente en la expansión del área de distribución original a todas las áreas con condiciones favorables posibles sin que intervengan barreras, generación tras generación (Figura 1A), lo que se podría definir como difusión a zonas adyacentes al sitio original de distribución de una especie (Espinosa y Llorente, 1993; Craw y cols., 1999). Como puede observarse, la movilidad no se relaciona con la dispersión de la escuela dispersalista, proceso que involucra el traslado a través de barreras (Figura 1B). Si comparamos los dos términos del inglés con los enfoques biogeográficos, dispersion equivaldría a la etapa de movilidad en ausencia de barreras propuesta en la panbiogeografía, mientras que dispersal implicaría el proceso de cruzar barreras de la biogeografía dispersalista.

CENTRO DE ORIGEN VERSUS CENTRO DE MASA

Uno de los conceptos fundamentales de la biogeografía dispersalista se refiere al sitio particular del planeta donde se originó un determinado taxón –denominado centro de origen– a partir del cual se dispersó y adquirió su distribución actual (Croizat y cols., 1974). Aunque el significado de este concepto no representaría problema alguno, los criterios que se han utilizado para establecerlo son muy variables. Cain (1944) discutió trece criterios diferentes para reconocer centros de origen, los que en ocasiones pueden ser contradictorios entre sí al analizar el sitio probable de origen de un taxón. Ya en 1909, Adams (en Cain, 1944) reconoció que un criterio puede tener gran peso en algunos casos, mientras que para otros grupos no tiene valor. Para mencionar algunos ejemplos, tomemos el género Pinus, la familia de las cactáceas, los marsupiales y el género Pseudotsuga. Los pinos están ampliamente distribuidos en el hemisferio norte. Según el criterio de ubicar el centro de origen de un taxón en el sitio con su mayor diversidad, este centro debería localizarse en México, debido a que es en nuestro país donde habita el mayor número de especies de pinos. Sin embargo, actualmente se considera que México es un centro de diversificación secundario. Para las cactáceas sucede algo similar, ya que México representa el país con mayor diversidad, pero se ha considerado que la parte norte de América del Sur es el centro de origen de la familia, según el criterio de localización de las formas más primitivas del grupo. En el caso de los marsupiales, Australia es el país con su mayor diversidad y por ello podría considerarse como su centro de origen, sin embargo, algunos autores sostienen que el estado norteamericano de Utah es el centro de origen del grupo, debido a que de ese lugar proviene el fósil de marsupial más antiguo conocido.

El género Pseudotsuga presenta una distribución disyunta entre el norte de América y el este de Asia, considerándose al estado mexicano de Coahuila como el centro de origen (Figura 2A), basándose en el registro fósil más antiguo que se conoce (Domínguez, 1994). Aunque existen otros problemas asociados con el concepto de centro de origen, como las ideas de dominancia, razas favorecidas y de dispersión a través de barreras, la falta de un solo criterio para reconocer tales centros es el mayor problema de la biogeografía dispersalista, sobre todo si se considera que en este enfoque una de las tareas fundamentales es precisamente determinar el centro de origen de los taxones estudiados (Croizat y cols., 1974). En relación con los centros de origen, cabría hacer una aclaración. Suele pensarse que los biólogos que no siguen los principios de la escuela dispersalista, como aquellos que aplican los métodos de la biogeografía cladística y la panbiogeografía, niegan rotundamente que las especies se hayan originado en un área determinada. Ésta es una idea errónea, porque dichos biólogos no niegan la existencia de áreas donde se originaron las especies, pero determinar su ubicación no constituye un tema central de sus investigaciones, enfocadas más bien a la búsqueda de patrones comunes y no de historias biogeográficas individuales.

Para ilustrar lo anterior, consideremos el caso de ciertos taxones que habitaron una parte de la Gondwana, específicamente África y América del Sur. Cuando estos continentes derivaron, separaron algunas poblaciones originalmente continuas de ciertos taxones. ¿Cuál sería su centro de origen? Actualmente no existe como tal el área original de distribución de dichos taxones, sin embargo existió y no carecería de interés encontrarlo, el problema sería ¿cómo?

El centro de masa es un concepto panbiogeográfico que se refiere al sitio donde se encuentra la máxima concentración de diversidad de un taxón dentro de su área de distribución (Craw y cols., 1999). Junto con la línea de base y el análisis filogenético, constituyen los criterios para orientar o dar dirección al trazo individual de un taxón (Espinosa y Llorente, 1993).

El centro de masa presenta el inconveniente de tener cierta similitud con el criterio de mayor diversidad para ubicar los centros de origen, por lo que frecuentemente se los confunde. Sin embargo, en el método panbiogeográfico, el centro de masa es el sitio a partir del cual se orienta el trazo, mas no el lugar en el que se originó el taxón y desde donde se dispersaron posteriormente los individuos pertenecientes al mismo.

En la Figura 2B se muestra el trazo individual del género Araucaria, el cual fue orientado tomando en cuenta el criterio de centro de masa, ubicado en Nueva Caledonia, debido a que en esta isla habitan trece de las diecinueve especies conocidas (Setoguchi y cols., 1998); las líneas indican relación entre áreas y no la dirección de la dispersión.

RUTAS DE DISPERSIÓN VERSUS DIRECCIÓN DE LOS TRAZOS

En la biogeografía dispersalista, las rutas de dispersión representan un concepto que se refiere a los caminos que recorrie ron y atravesaron los individuos de cierto taxón para alcanzar su distribución actual, a partir de su centro de origen. En la literatura dispersalista dichas rutas generalmente se representan en una figura donde aparecen las áreas de distribución y una serie de flechas que indican la dirección de las rutas recorridas (Figura 2A). Por otro lado, cuando se dibuja un trazo individual en un mapa, su dirección u orientación se representa mediante una serie de flechas que conectan las localidades o las áreas de distribución del taxón (Figura 2B). Conceptualmente, el trazo individual representa el lugar en el espacio donde ocurre la evolución de un taxón (Morrone y cols., 1996). Si se comparan ambas figuras, es notoria cierta similitud gráfica entre ellas; sin embargo, conceptualmente son completamente diferentes. En el primer caso, la ruta de dispersión indica la secuencia e historia de la dispersión, mientras que en el segundo, el trazo indica la relación de localidades o áreas como se comentó anteriormente, y no se analiza aisladamente, sino que se compara con los trazos de otros organismos pertenecientes a taxones diferentes. Pese a que la diferencia entre estos conceptos es importante, algunos autores como Savage (1982) han considerado a los trazos como rutas de dispersión. Con respecto a las rutas de dispersión, los peces de agua dulce representaron un serio problema para los biogeógrafos de la primera mitad del siglo XX, ya que era difícil de imaginar el movimiento de algunos peces a través de tierras y mares para alcanzar su distribución actual, particularmente en el caso de ciertos grupos de peces que actualmente están separados por una gran masa de agua salada y cuyas relaciones indican que están emparentados. En este sentido, los métodos de la panbiogeografía representan una ventaja, al plantear que los continentes se mueven y llevan consigo a los seres vivos, permitiendo además considerar la existencia de biotas ancestrales.

AMANERA DE CONCLUSIÓN

A pesar de que ciertos términos y conceptos aparentan ser lo mismo o estar relacionados, como sucede con los comentados anteriormente, ellos implican principios y métodos diferentes aplicados en distintas escuelas biogeográficas.

En parte esto se debe, tal vez, a que las representaciones gráficas son similares, por lo que los conceptos pueden confundirse, pero sus implicaciones biogeográficas son totalmente distintas. Si, por ejemplo, observamos de manera aislada el trazo individual de un taxón particular, se puede interpretar erróneamente como la señalización de sus rutas de dispersión y centro de origen, mientras que en la panbiogeografía el análisis se realiza con varios taxones en forma conjunta, tratando de develar la existencia de biotas ancestrales y no de estudiar historias biogeográficas individuales, como sucede en la escuela dispersalista. La panbiogeografía de Croizat vino a revolucionar la biogeografía, al reconocer las insuficiencias de los métodos dispersalistas y sugerir un método significativamente más apropiado (Morrone, 2000).

Éste permite analizar áreas de distribución conjuntas de diversos organismos, buscar relaciones espaciales entre las mismas y reconocer los nodos, los cuales son áreas que representan fragmentos bióticos y geológicos ancestrales distintos, que se relacionan en espacio y tiempo como respuesta a algún cambio tectónico (Crisci y Morrone, 1992).

En este contexto, la vicarianza representa el proceso causal primario en la biogeografía histórica, mientras que la dispersión es un fenómeno secundario (Croizat y cols., 1974). Los patrones de distribución biótica que actualmente observamos son el resultado de una compleja interacción entre la evolución de la Tierra y la evolución de los seres vivos. La aplicación de métodos modernos en la biogeografía histórica, como los de la panbiogeografía, nos ayudan a develar parte de esta compleja historia.

AGRADECIMIENTOS

Los autores desean expresar su agradecimiento a Adrián Nieto y a Othón Alcántara por sus valiosas sugerencias al manuscrito. El presente trabajo fue apoyado parcialmente por los proyectos PAPITT IN205799 de DGAPAUNAM, y 31879N de CONACYT

GLOSARIO

Biota : conjunto de seres vivos (plantas, animales, hongos, algas y microorganismos) que habitan una determinada área geográfica.

Gondwana : antiguo continente del periodo Jurásico (aproximadamente hace 136 millones de años) que se originó por el rompimiento del supercontinente Pangea y que agrupaba a América del Sur, África, Australia, Nueva Zelanda, India y la Antártida.

Taxones: grupo de seres vivos de cualquier nivel en la jerarquía linneana (por ejemplo: Homo sapiens, mamíferos, angiospermas, etcétera).

Vicarianza : fenómeno por el cual el surgimiento de una barrera divide a una población o una biota en dos o más fragmentos, permitiendo que con el paso del tiempo cada uno evolucione aisladamente

REFERENCIAS
Cain, SA , Foundations of plant geography, Hafner Press, Nueva York, 1944.

Craw, RC , Grehan, JRy Heads, MJ , Panbiogeography: Tracking the history of life, Oxford University Press, Nueva York, 1999.

Crisci JVy Morrone, JJ , “Panbiogeografía y biogeografía cladística: Paradigmas actuales de la biogeografía histórica”, Ciencias, númespecial 6, 1992, pp87-97.

Croizat, L , Panbiogeography, publicado por el autor, Caracas, 1958.

Croizat, L , Nelson, Gy Rosen, D E , “Centers of origin and related concepts”, Systematic Zoology, Vol23, Núm2, 1974, pp265-287.

Domínguez, F A , Análisis históricoecológico de los bosques de Pseudotsuga en México, SARH, México, folleto técnico núm23. 1994.

Espinosa, Dy Llorente , J , Fundamentos de biogeografías filogenéticas, UNAM, CONABIO, México, 1993.
Morrone, J J , “Entre el escarnio y el encomio: Léon Croizat y la panbiogeografía”, Interciencia, Vol. 25, núm1, 2000, pp 41-47.

Morrone, J J , Espinosa, Dy Llorente, J , Manual de biogeografía histórica, UNAM, México, 1996.
Savage, J. , “The enigma of the Central American herpetofauna: Dispersal or vicariance?”, Annals of the Missouri Botanical Garden, Vol69, núm3, 1982, pp.464-547.

Setoguchi, H. , Asakawa, T. , Pintaud, J. C. , Jaffré, T.y Veillon, J. M. , “Phylogenetic relationships within Araucariaceae based on rbcL gene sequences”, American Journal of Botany, Vol.85, núm.11, 1998, pp.1507-1516

Udvardy, M. D. F. , D ynamic zoogeography, Van Nostrand Reinhold Company, Nueva York, 1969.

Raúl Contreras Medina, Isolda Luna Vega y Juan J.Morrone son profesores del Departamento de Biología de la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México