TNT el mejor programa de parsimonia

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1 de diciembre de 2018

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB) - Resúmenes

Hola a tod@s

Les traigo información reciente relacionada con la XIII-RACB.



Acá tienen las direcciones donde podrán ver todo lo relacionado a la presentación (formato) y envió de resúmenes: 

Fecha límite envío de resúmenes: 22 de Febrero 2019.

Para revisar el formato de los resúmenes ir al siguiente enlace: Formato de resúmenes

Para enviar un resumen ir al siguiente enlace: Envío de resúmenes online



Finalmente les dejo el vínculo de la 2da circular

3 de mayo de 2016

Curso de Morfometría Geométrica en Quito 2016

En esta entrada les traigo fotos de un nuevo curso de Morfometría Geométrica en Ecuador. Este se realizó en la Universidad de las Fuerzas Armadas (ESPE). Contó con la participación de Investigadores y estudiantes de ESPE, profesionales de la Universidad Regional Amazónica IKIAM, así como profesionales de AGROCALIDAD.





















1 de septiembre de 2015

Curso de Morfometría Geométrica en Quito 2015

En esta entrada les muestro algunas fotos del 1er Curso de Morfometría Geométrica dictado en el Centro Internacional de Zoonosis de la Universidad Central del Ecuador.

Acá la publicidad del curso:


Y acá el programa del curso:





































A continuación algunas fotos durante el curso:











































































































































20 de marzo de 2015

Quantitative Cladistics and Use of TNT.... (P. Goloboff's slides)


Cladistics and Use of TNT
 
All Rights Reserved
© Pablo A. Goloboff
Instituto Superior de Entomología, CONICET
Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo,
Miguel Lillo 205, 4000 S.M. De Tucumán

 
 

 

20 de febrero de 2015

Curso de Postgrado: Morfometría Geométrica para Biólogos y ciencias afines


CURSO DE POSTGRADO

 23 AL 27 DE FEBRERO DE 2015

Morfometría geométrica para biólogos y ciencias afines

Profesor: Dr. Jonathan Liria Salazar (Coordinador). Laboratorio Museo de Zoología, Facyt. Universidad de Carabobo. Email: jonathan.liria@gmail.com


Teoría:

Tema 1. Historia de la morfometría.
Tema 2. Fundamentos en Morfometría Geométrica
Tema 3. Adquisición de datos (registro de imágenes)
Tema 4. Tipos de datos (puntos anatómicos de referencia)
Tema 5. Métodos de Superposición
Tema 6. Programas computacionales para Morfometría Geométrica
Tema 7. Métodos de Deformación
Tema 8. Análisis Estadísticos univariados (paramétricos y no-paramétricos)
Tema 9. Análisis estadísticos multivariados
Tema 10. Análisis de Matriz de Distancia Euclideana
Tema 11. Análisis filogenéticos a partir de configuraciones de puntos anatómicos de referencia

Sesiones  practicas:

Practica 1. Adquisición y procesamiento de imágenes.
Practica 2. Digitalización de puntos anatómicos de referencia.
Practica 3. Análisis morfométrico I.
Practica 4. Análisis morfométrico II.


Programas informáticos:

Serie TPS: http://life.bio.sunysb.edu/morph/index.html

Paquete IMP: http://www3.canisius.edu/~sheets/moremorph.html

PAST: http://folk.uio.no/ohammer/past/download.html

TNT: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny



Duración: 1 semana intensiva (Teórico Práctico), 40 horas

Acreditación: 2 UC para estudiantes de postgrado

Cupo Máximo (15 estudiantes)

Dirigido a: Profesionales en Biología y carreras afines



Notificar su participación a: POSTGRADO EN ECOLOGIA , Telf. 0212-6051300

Contacto e Información: herminia.daboin@ciens.ucv.ve

Organizadora: elizabeth.gordon@ciens.ucv.ve; egordoncolon@gmail.com 

COORDINADORA DEL POSTGTADO EN ECOOLOGIA: Dra. Estrella Villamizar

Correo:  estrella.villamizar@ciens.ucv.ve; estrellavillamizar@yahoo.com



20 de marzo de 2013

Curso programas de computación para Biogeografía (NDM y VIP)

CURSO DE POSTGRADO TEÓRICO - PRÁCTICO INTRODUCTORIO

"PROGRAMAS DE COMPUTACIÓN PARA BIOGEOGRAFÍA: FUNDAMENTOS Y APLICACIONES"

DOCENTES RESPONSABLES:

Dra.  M.  Dolores  CASAGRANDA  (Inst.  Herpetología-FML  - Postdoc Carnegie Museum)

Dra. Claudia A. SZUMIK  (INSUE; Fac. Cs. Naturales e  IML  - Inv. Indep. CONICET)

Coordinador:  Dr.  Diego  BALDO.  Laboratorio  de  Genética Evolutiva, Instituto de Biología Subtropical (CONICET-UNaM).

Objetivos del curso:

Brindar a los alumnos fundamentos teóricos y metodológicos de ayuden a abordar algunas preguntas y problemas  de  la  biogeografía  histórica;  específicamente  en  el  análisis  de  áreas  de  endemismo  y eventos de vicarianza. Se propone dar a los alumnos herramientas básicas necesarias para desarrollar estudios biogeográficos básicos. De manera que  los objetivos de este  curso no  son  sólo mostrar  los fundamentos  teóricos  sino  también  su  aplicación  práctica  mediante  el  uso  de  programas  de computación específicamente desarrollados para estos estudios.

Contenidos:

Tema 1. AREAS DE ENDEMISMO. Generalidades. Propuestas  formales y no  tan  formales para  la identificación  de  áreas  de  endemismo.  Areas  de  endemismo  y  regionalizaciones  biogeográficas Importancia de los métodos cuantitativos y su relación con lo que se pretende evaluar. Introducción a los programas NDM/VNDM parte I.

Tema  2.  AREAS  DE  ENDEMISMO.  Criterio  de  optimalidad  en  el  análisis  de  endemicidad. Propuestas de renombrar el concepto de a.e. Necesidad de modelo nulo?. Introducción a los programas NDM/VNDM parte II.

Tema 3. EVENTOS DE VICARIANZA. Distinción entre estudios sobre historia de la tierra e historia de los taxones. Críticas y propuestas de Hovenkamp sobre la Biogeografía Histórica. Importancia del componente  espacial.  Criterio  de  optimalidad  para  la  identificación  de  potenciales  barreras. Introducción al programa VIP.

Información:

Secretaría del Doctorado en Ciencias Aplicada, Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales.

Calle Félix de Azara 1552 – 1º Piso (3300) Posadas – MisionesTE: 0376-422186 Int. 125 (Martes a Viernes de 16:00 a 18:00 hs.) Email: doctoradoaplicadas@fceqyn.unam.edu.ar/@gmail.com

13 de marzo de 2013

Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística

Esta información fue colocada en el Grupo Clado de Yahoo:


Los invitamos a participar del Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística, organizado por el PROBIOL (Programa de Posgrado en Biología), Mendoza.

El evento tendrá lugar los días 13 al 17 de Mayo del 2013 en el CCT-CONICET Mendoza.



Este curso está destinado a estudiantes avanzados de carreras de Ciencias Naturales y estudiantes de doctorado que planean utilizar la metodología Cladística en sus proyectos de tesis.

Aquí tienen el PDF de el curso.

Para mayor información contactar a PROBIOL: Informes e inscripción para los cursos: María Eugenia Pozzatto (probiol@fca.uncu.edu.ar; 0261-413-5000, int. 1123).

16 de febrero de 2013

Taller: Uso de filogenias en macroevolución

Aquí les dejo la información de un curso ofrecido por Transmitting Science:

THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION




I Have a Phylogeny, and Now What?: Studying Macroevolution

 







Evolution leaves its footprint in fossil and living taxa. This signal on the processes of origination of new organisms from ancestral lineages and their extinction can be recovered and depicted in phylogenetic trees. New phylogenetic methods would allow us to draw on the information encapsulated in phylogenetic trees in order to address a wide range of questions on macroevolution. First, this workshop will introduce attendees to the use, modification and representation of phylogenetic trees. Then, we will focus on the use of phylogenetic information to reconstruct ancestral characters and biogeographic histories, learning how to apply phylogenetic comparative methods. The workshop will also tackle the study of the shape of phylogenetic trees and how to estimate the rates of diversification throughout the evolutionary history of groups. Finally, we will learn how to test the phylogenetic signal of a trait of interest. Participants are encouraged to bring their data sets to use in the practical class.

Instructor:

Dr. Juan López-Cantalapiedra
(Museo Nacional de Ciencias Naturales - CSIC, Spain).

Workshop requirements: Graduate or Postgraduate in Biology (including paleontologists no matter the degree), basic knowledge in Statistics, R and personal  computers. In case you are not familiar with the R project, an introductory course on R will be offered the week before this workshop: INTRODUCTION TO R - Second Edition. People attending the workshop THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION and the course INTRODUCTION TO R - Second Edition will have a 20% off on the last one (see "Fees" section below). Participants should bring their personal laptop (Windows, Mac, Linux) with this software installed:

- Mesquite (free): http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
- R (free): http://www.r-project.org
- Python Essentials for running Lagrange (free): http://www.enthought.com/products/epd_free.php
- FigTree, Tracer and TreeEdit (only Mac) (free): http://tree.bio.ed.ac.uk/software

17 de enero de 2013

Curso Técticas moleculares en sistemática

La Universidad Nacional de Córdoba - ARGENTINA invita:

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES


Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 951-T-2012).

Modalidad: Teórico-práctico

Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).

Fecha de realización: 11 al 15 de marzo de 2013.
Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.
Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)
Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal

Cupo: 12 alumnos. En lo posible, traer notebook para llevar a cabo la parte de uso de programas de análisis de datos.


Arancel: $ 700. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 560.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.


OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.
2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).
3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.
4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA

1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.
2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.
3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).
5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: ISSR y AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).
6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.
7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.
8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.


BIBLIOGRAFIA BASICA

  1. Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
  2. De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
  3. Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
  4. Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
  5. Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
  6. Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
  7. Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.


Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, R. González Ittig y M. Chiappero.


Informes y pre-inscripciones:
vía e-mail entre el 1º de febrero hasta el 1º de marzo de 2013
marina.chiappero@gmail.com

Requisitos para la pre-inscripción:
- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas,
- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el lunes 4 de marzo de 2012.

2 de noviembre de 2012

Curso: Introducción a la Morfometría Geométrica - México

En esta entrada les traigo información de el Curso (tomado de http://www.filogenetica.org/cursos/Morfometria/):


Presentación: Este curso esta dirigido a estudiantes de posgrado, pero tambien se invita a estudiantes de licenciatura, profesores e investigadores. El curso contendrá tanto elementos de teoría (justificaciones teóricas, y argumentos metodológicos) como prácticas en el uso de programas de computadora para análisis morfométricos, análisis de matrices de deformación y  solución de problemas comunes.


Requisitos: El curso es para estudiantes de posgrado, pero también esta abierto a investigadores y profesores.  Los interesados deberán estar familiarizados con los métodos morfométricos básicos y los métodos de la estadística multivariada, especialmente análisis de varianza, regresiones, componentes principales y análisis discriminantes.


Formato: El curso es intensivo, una semana, de Lunes a Viernes.

Objetivos: El curso provee instruccion teórica y experiencia práctica en los métodos para el registro de datos morfométricos (coordenadas de marcas) y el análisis estadístico de la variación de la forma y tamaño. 

Organizador por:

Grupo de Investigación de Sistemática y Biogeografía
Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo
Pachuca, Hgo. México.

Contacto:
Dr. Julián Bueno-Villegas,
Lab. de Sistemática Animal,

CIB, UAEH
milpatas@gmail.com



 

12 de octubre de 2012

Taller en Cladística Cuantitativa - España

En esta entrada les traigo la información (PDF) sobre un Workshop en Cladística utilizando TnT:


 

 
Transmitting Science --->


QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT 
June 3-7, 2013 

The workshop will cover the basics of parsimony analysis and character optimization, tree-searches, diagnosing and summarizing results efficiently, and measuring group supports. The course will be informal, with extensive hands-on exercises which will help students get familiar with the main aspects of phylogenetic analysis using TNT. For each of the units in the workshop, there will be a lecture (one to two hours, depending on the topics), then switching to exercises illustrating the points just seen in the lecture. Switches between "lecture" and "hands-on" mode will be dynamic, depending on how students advance on the exercises. The workshop will make extensive use of TNT. There will also be a demonstration and some practice with GB->TNT, a program to create TNT matrices from GenBank data (in turn, GB->TNT requires installation of some alignment program, ideally Mafft or Muscle and possibly BioEdit to inspect alignments).

27 de septiembre de 2012

Curso: Modelos de distribución de especies...

Esta información fue publicada en el grupo Clado de Yahoo:

Uso de bases de datos de biodiversidad en los Modelos de distribución de especies e índices evolutivos para la Conservación.

El evento tendrá lugar los días 10, 11 y 12 de Diciembre en la Ciudad de La Plata y está destinado a todos aquellos Profesionales en Ciencias Biológicas que tengan un grado académico de licenciatura o equivalente y que pertenezcan a una Institución (museo, centro de investigación, universidad).

...y aca les coloco el afiche: