TNT el mejor programa de parsimonia

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lunes, 12 de septiembre de 2011

Nueva versión de NDM

Hola, en esta entrada les comento un poco sobre la versión 3.0 de NDM.

Si no conocen el vínculo de descarga, aca se los coloco: www.zmuc.dk/public/phylogeny/endemism/

Una vez que descarguen y descompriman el zip "VNDM-NDM August 2011.zip" en su directorio de elección, deberian tener estos archivos:





















Los archivos CulicidaeVenezuela1.xyd y CulicidaeVenezuela2.xyd, los utilizaré en esta entrada para indicarles como ejecutar NDM 3.0. El programa ahora debe abrir tres tipos de archivos, siguiendo este orden:

1) DAT file: contiene una matrix de "n" columnas x "m" filas con las presencias de las especies.
2) XYD file: contiene el archivo "clasico" de coordenadas (latitud y longitud) para cada especie.
3) NDM file: contiene las áreas.

¿Qué pasa entonces si tratamos de ejecutar NDM 3.0, y solo tenemos el archivo XYD?




















El programa da este error, porque ha solicitado el archivo DAT y no lo encuentra. Los archivos DAT y NDM son creados en las versiones anteriores de NDM una vez que se lee el archivo XYD. Sin embargo, en la nueva versión son requeridos al principio. Entonces ¿cómo hacemos para que lea nuestros datos XYD?

Hay dos formas, pero en ambos casos debemos usar la línea de comandos en MS-DOS (es muy sencillo!)




















En esta doble ventana se aprecian a la izquierda el archivo CulicidaeVenezuela1.xyd y a la derecha el archivo CulicidaeVenezuela2.xyd. Solo difieren en que el primero no tiene separada las coordenadas por comas (por ello el nuevo comando nocommas). Tambien se aprecian en ambos archivos los siguientes comandos:

autogrid: Crea una cuadricula de tamaño dependiente de la densidad de puntos 
automatrix: Una vez que lee los datos XYD, crea automaticamente la matrix DAT  
fill x y: Llena celdas alrededor de los puntos, con cierto porcentaje de ancho y alto
assume x y: Llena celdas alrededor de los puntos, pero asumiendo los registros  


El programa viene con un manual (en PDF) donde se explican estos y otros comandos.

Siguiente paso, vamos a la línea de comando del MS-DOS:




















...y si el archivo XYD no tiene errores, podemos ver nuestros datos
























16 comentarios:

  1. Hola Jonathan,

    Muy buena aportación, sin embargo, creo que el programa tiene una gran cantidad de bugs respecto a la versión anterior, aunque por lo menos esta ya se puede correr en WIN7 y no se requiere un emulador. Yo detecto que no hay forma de girar los mapas (Flip on) ya que a mí me los muestra como imagenes especulares, además aunque esta habilitada la posibilidad de cambiar el tamaño del grid al momento de intentarlo marca error y provoca que se cierre el programa :S.

    Una pregunta técnica, he tratado de abrir los archivos GRID que se generán con la versión anterior para sobreponerla en un mapa pero no he tenido éxito en leer el archivo desde DIVA GIS, Arc map o Map windows, me podrías sugerir alguna forma de hacerlo?

    Te agradezco de antemano la atención

    Un saludo desde México

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  2. Hola,

    Tengo poco tiempo con NDM 3.0, asi que no he podido ver estos bugs que mencionas. Sin embargo, creo que puedes reportar estos problemas a los autores del programa.

    Sobre las cuadriculas de NDM. Bueno hace tiempo yo les comente sobre la posibilidad de utilizar otros archivos de salida como: Shapefile o el formato de GoolgeEarth.

    Por ahora lo que se utiliza es GlobalMapper. Este programa reconoce los archivos "acf" y luego exportas polígonos (=cuadriculas) y puntos (especies endemicas) como shapefile.

    No se si esta era tu duda...

    Saludos

    JL

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  3. Hola Jonathan,

    Un amigo tiene una versión antigua de Global Mapper, hice la prueba y funciono, te agradezco la respuesta

    Saludos

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  4. pregunta, que pasa si no puedo escribir el comando en MS-DOS??

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    1. Hola Kathi. disculpa lo tarde de la respuesta!
      Necesito mas informacion para saber que sucede y porq no puedes colocar el moando de MSDOS...
      Puede ser que cuando abres la linea de comoando de MSDOS esta en un directorio distinto a donde esta NDM...

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  5. Antes que nada muchas gracias, ha sido de mucha ayuda esta explicación.
    Yo estoy trabajando desde México, y si agrego los puntos en la forma X-Y se proyecta con un giro de 90° a la derecha. Si los acomodo Y-X me aparecen bien proyectados, ¿alguna idea de a que puede deberse? de antemano muchas gracias.

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  6. Hola.

    Si esto me ocurre...
    Cuando le pregunte a Claudia Szumik, me sugirio agregar un comando para girar los datos y que se viera bien. Lo que hago es tenerlo siempre, como una plantilla de xyd, y solo variar los tipos de datos.

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  7. Tengo problemas desde abrir mi archivo :( no puedo hacer la parte de símbolo del sistema

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  8. Hola

    Intentaste abrirlo con el formato minimo de NDM en formato xyd?, es decir, como si trabajaras con la version anterior de el programa?

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  9. Hola Jonatha, cuando intenta abrir el archivo con el ms-dos me aparece un cartel que dice "give xy data with sp N [x][y]". Al abrirlo directamente desde el vdnm me dice lo mismo. Que es lo que debo hacer?. Gracias por su ayuda.

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  10. Este comentario ha sido eliminado por el autor.

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  11. Boa noite, estou fazendo umas análises com NDM para o estado da BA, só que as áreas de endemismo que encontro são muito amplas e sobrepostas, quando faço as análises de consenso, ainda encontro muitas áreas similares em composição de grides. Isso é normal?
    Acredito que possa estar tendo dificuldade para interpretar os resultados pela pouca experiência que tenho com o programa.

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    1. Estmad@ Dinéia

      No vi tu mensaje. En los resultados de NDM puedes tener áreas con composición de especies similares y superpuestas. Por ello, los autores desarrollaron las áreas de consenso. Y claro tambien, dependiendo del % de congruencia entre especies vas a encontrar áreas consenso similares.

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  12. Hola!
    Tengo un archivo xyd pero no lo reconoce en MS-DOS y tampoco abre en vndm. Cuando ingreso mi archivo xyd a VNDM aparece una ventanita de error donde dice "found EOF before data appeared". La version que estoy usando es NDM/VNDM 2.5. Soy nueva en este programa, tengo el manual pero no es especifica muchas cosas.
    Te agradezco por tu respuesta
    Saludos!
    Esperanza

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    1. Hola Esperanza

      Si deseas puedes mandarme una pequeña parte de tu matriz (sólo pocos datos) y el mapa xyd que deseas. Luego yo te reenvio para que puedas leerlo. Por cierto yo uso la versión 3.0. Escribe a jonathan.liria@gmail.com

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  13. Hola Jonathan
    Recientemente he utilizado la ultima version del programa, en este sentido se me ha dificultado mucho como leer los archivos para global mapper. Podrias indicarme si existe alguna guia de como abrilos en este prgrama. Muchas gracias

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