TNT el mejor programa de parsimonia

TNT el mejor programa de parsimonia
TNT el mejor programa de parsimonia

Páginas

lunes, 19 de septiembre de 2011

Matrices para docencia en Biología Animal

La siguiente entrada esta dedicada a los Docentes en Biología Animal y Zoología. En la asignatura Biología Animal de la Carrera Licenciatura en Biología en la Universidad de Carabobo, tenemos un tema que se titula “Recapitulación de la filogenia de Metazoa”. La idea es que los participantes vean varias hipótesis filogenéticas en Metazoa (desde las clásicas hasta las más recientes). En este sentido, años atrás recopilé algunas matrices morfológicas y moleculares para realizar filogenias utilizando programas ad hoc.

Acá les coloco algunas matrices morfológicas “clásicas”, basadas en las siguientes referencias:

Brusca, R.C., Brusca, G.J. 2005. Invertebrados. McGraw-Hill/Interamericana de España, S.A.U., Madrid. 1005 p.

Eernisse, D.J., Albert, J.S., Anderson, F.E. 1992. Annelida and Arthropoda are not sister taxa: A phylogenetic analysis of spiralian metazoan morphology. Systematic Biology, 41, 305-330.

Nielsen, C. 2001. Animal Evolution, Interrelationships of the Living Phyla Second Edition, Oxford University Press, Oxford, 563 p.

La matrices tienen la extensión “.ss” (de Hennig86), no obstante pueden abrirlas en programas como NoNa (y Piwe), WinClada, y TNT.

Brusca-Brusca2005.ss (Taxa = 35 ; caracteres = 96)
Eernisse_et_al1992.ss (Taxa = 26 ; caracteres = 141)
Nielsen2001.ss (Taxa = 32; caracteres = 64)

Las figuras a continuación son los consensos estrictos de corridas en TNT (con búsquedas tradicionales). Sin embargo, como se darán cuenta cuando vean cada archivo, las matrices no incluyen la lista de caracteres, así que deben tener las referencias para saber que carácter corresponde con cada número. Por cierto si alguien ya tiene estas matrices, y ademas poseen los caracteres, o tiene tiempo de hacerlo, sería excelente si las mandan para sustituirlas.




No hay comentarios:

Publicar un comentario en la entrada