TNT el mejor programa de parsimonia

TNT el mejor programa de parsimonia
TNT el mejor programa de parsimonia

Páginas

Docentes Innovadores

miércoles, 1 de octubre de 2014

¿Cómo realizar el método de propincuidad media de Rapoport usando un programa SIG?

Este método desarrollado por Eduardo Rapoport se basa en el concepto de distancia con el vecino más próximo y en la teoría de grafos. El primer paso es el trazado de un árbol de tendido mínimo (mst, en inglés) entre las localidades o nodos donde se ha verificado la existencia de la especie. Una vez medidas las distancias, se halla la media aritmética, y alguna medida de dispersión (varianza, desviación estándar o error estándar (Rapoport y Monjeau, 2001). El calculo del mst se realizará utilizando el programa PASSAGE, para lo cual necesitamos un archivo en formato shapefile (*.shp) como datos de entrada que contenga los biorregistros. En la siguiente figura se aprecia la vista de el programa PASSAGE:



Oprima con el botón derecho de ratón sobre la ventana “data monitor”, y aparecerá la opción “load data”. Seleccione el archivo shapefile:




A continuación, indique el formato Lat / Lon, y cliqueé en aceptar. Al hacer doble clic en el archivo, se pueden apreciar los datos:
 


Seleccione el menú “Create”. Luego oprima en “Distance / Angles for Coordinates”: 




Ahora oprima en “Connections / Tassellations”, y elija la opción de “Minimum Spanning Tree”:


Para ver el resultado, elija el menú “Draw”, y seleccione “Draw Points” y “Draw Connections”:



Para guardar los resultados del mst, oprima botón derecho del ratón sobre el diagrama del árbol de tendido mínimo, y seleccione “Export to Google Earth”:




Utilice el bloc de notas (o Notepad) para abrir el archivo guardado y verificar su estructura. Note
que PASSAGE almacenó las coordenadas de el mst utilizando comas y no puntos para los decimales:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<kml xmlns="http://earth.google.com/kml/2.0">
<Document>
 <description>PASSaGE 2 GoogleEarth Export</description>
 <name>PASSaGE 2 Export</name>
.
.
.
   <coordinates>
     -71,4855996555,7,6150988275,0
     -69,0809089063,8,8597462197,0
    </coordinates>
   </LineString>
.
.
.

Si deseamos cargar el árbol de tendido mínimo en  QGIS tenemos dos posibles soluciones: 1) cambiar
los decimales a puntos utilizando el bloc de notas, o 2) cambiar la configuración de Windows, seleccionar
la notación Norteamericana y repetir el análisis en PASSAGE:

.
.
.
   <coordinates>
     -71.4855996555,7.6150988275,0
     -69.0809089063,8.8597462197,0
    </coordinates>
   </LineString>
.
.
.

Para cargar la capa del mst en QGIS seleccione en el menú: Capa --> Añadir capa vectorial.
Y a continuación elija el tipo de archivo KML (Keyhole Markup Language). Cambie las propiedades
de mst para que pueda verse fácilmente:

 



En la última parte de el método de propincuidad media se deben calcular el promedio y alguna medida de dispersión (Ej: desviación estándar) para las distancias del mst. Para ello elegimos la capa de puntos de nuestra especie hipotética y utilizamos la herramienta del menú: Vectorial --> Herramientas de análisis --> Matriz de distancia. Luego elegir el tipo de matriz de salida: Matriz de distancia lineal (N*k x 3). Recuerde que la matriz de distancia posee los decimales en formato norteamericano, así que debe configurar MS-EXCEL o CALC de OpenOffice para que lo reconozca:

Ahora la matriz de distancia debe verse de la siguiente forma. Fíjese que aparece la distancia entre pares de puntos (InputID -> TargetID), así que solo debemos conocer que distancias se utilizaron para crear el mst:


InputID
TargetID
Distance
0
5
1,3124965233
0
3
3,1992492027
0
2
3,4386145291
0
8
4,0752566316
0
14
4,4727581951
0
13
4,7553475788
0
12
4,8508520012
0
1
4,9028601318
0
4
5,1487224861
0
9
5,3137516228
0
10
6,2233965449
0
6
6,3989988376
0
7
6,5732926456
0
11
7,5607337908
1
12
0,3042497689
1
14
1,1610465533
1
13
1,1753958548
1
11
2,7077083909

Para realizar esto colocaremos en QGIS una leyenda sobre los puntos para conocer su ID:


Fíjese que la capa de puntos muestra el ID de cada biorregistro:


Ahora en la matriz de distancia calcule los valores promedios y desviación estándar de la conexión (mst). Por ejemplo, busque la distancia entre 7 y 10, y así sucesivamente: 


Según estas distancias, el promedio es 1,288 grados y desviación estándar 0,869. Realice un buffer utilizando estos valores para los radios. Una vez finalizado, el resultado de el método de propincuidad media debería apreciarse como la siguiente figura:























Bibliografía

Rapoport E, Monjeau A. 2001. Aerografía. En: Introducción a la biogeografía en Latinoamérica: Teorías, conceptos, métodos y aplicaciones. Llorente J & JJ. Morrone (Eds.). UNAM, México. pp. 23 - 30.

Páginas de Internet:

QGIS Tutorials. Disponible en: http://qgis.spatialthoughts.com

QGIS Documentation. Disponible en: http://www.qgis.org/en/docs/index.html