TNT el mejor programa de parsimonia

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Docentes Innovadores

lunes, 19 de septiembre de 2011

Matrices para docencia en Biología Animal

La siguiente entrada esta dedicada a los Docentes en Biología Animal y Zoología. En la asignatura Biología Animal de la Carrera Licenciatura en Biología en la Universidad de Carabobo, tenemos un tema que se titula “Recapitulación de la filogenia de Metazoa”. La idea es que los participantes vean varias hipótesis filogenéticas en Metazoa (desde las clásicas hasta las más recientes). En este sentido, años atrás recopilé algunas matrices morfológicas y moleculares para realizar filogenias utilizando programas ad hoc.

Acá les coloco algunas matrices morfológicas “clásicas”, basadas en las siguientes referencias:

Brusca, R.C., Brusca, G.J. 2005. Invertebrados. McGraw-Hill/Interamericana de España, S.A.U., Madrid. 1005 p.

Eernisse, D.J., Albert, J.S., Anderson, F.E. 1992. Annelida and Arthropoda are not sister taxa: A phylogenetic analysis of spiralian metazoan morphology. Systematic Biology, 41, 305-330.

Nielsen, C. 2001. Animal Evolution, Interrelationships of the Living Phyla Second Edition, Oxford University Press, Oxford, 563 p.

La matrices tienen la extensión “.ss” (de Hennig86), no obstante pueden abrirlas en programas como NoNa (y Piwe), WinClada, y TNT.

Brusca-Brusca2005.ss (Taxa = 35 ; caracteres = 96)
Eernisse_et_al1992.ss (Taxa = 26 ; caracteres = 141)
Nielsen2001.ss (Taxa = 32; caracteres = 64)

Las figuras a continuación son los consensos estrictos de corridas en TNT (con búsquedas tradicionales). Sin embargo, como se darán cuenta cuando vean cada archivo, las matrices no incluyen la lista de caracteres, así que deben tener las referencias para saber que carácter corresponde con cada número. Por cierto si alguien ya tiene estas matrices, y ademas poseen los caracteres, o tiene tiempo de hacerlo, sería excelente si las mandan para sustituirlas.




viernes, 16 de septiembre de 2011

Importando modelos de MaxEnt a un programa SIG

En esta entrada les daré unos trucos para ver los mapas predictivos obtenidos en MaxEnt y llevarlos a un programa SIG. Para ello necesitaremos tres programas: MaxEnt, DIVA-GIS y GVSIG.

...y con esta presentación les muestro en 8 diapositivas como hacerlo (es muy sencillo):


Como vieron podemos resumirlo en tres pasos:

1) En MaxEnt cambiamos el archivo de salida de asc (defecto) a grd.
2) En DIVA-GIS abrimos la capa grid. Y manipulamos las categorías y colores a nuestro gusto.
3) En GVSIG insertamos la capa raster (archivo bmp).


Para los que tienen ArcView, no hay tanto problema. Solo deben importar el archivo asc y convertirlo a un GRID.

lunes, 12 de septiembre de 2011

Nueva versión de NDM

Hola, en esta entrada les comento un poco sobre la versión 3.0 de NDM.

Si no conocen el vínculo de descarga, aca se los coloco: www.zmuc.dk/public/phylogeny/endemism/

Una vez que descarguen y descompriman el zip "VNDM-NDM August 2011.zip" en su directorio de elección, deberian tener estos archivos:





















Los archivos CulicidaeVenezuela1.xyd y CulicidaeVenezuela2.xyd, los utilizaré en esta entrada para indicarles como ejecutar NDM 3.0. El programa ahora debe abrir tres tipos de archivos, siguiendo este orden:

1) DAT file: contiene una matrix de "n" columnas x "m" filas con las presencias de las especies.
2) XYD file: contiene el archivo "clasico" de coordenadas (latitud y longitud) para cada especie.
3) NDM file: contiene las áreas.

¿Qué pasa entonces si tratamos de ejecutar NDM 3.0, y solo tenemos el archivo XYD?




















El programa da este error, porque ha solicitado el archivo DAT y no lo encuentra. Los archivos DAT y NDM son creados en las versiones anteriores de NDM una vez que se lee el archivo XYD. Sin embargo, en la nueva versión son requeridos al principio. Entonces ¿cómo hacemos para que lea nuestros datos XYD?

Hay dos formas, pero en ambos casos debemos usar la línea de comandos en MS-DOS (es muy sencillo!)




















En esta doble ventana se aprecian a la izquierda el archivo CulicidaeVenezuela1.xyd y a la derecha el archivo CulicidaeVenezuela2.xyd. Solo difieren en que el primero no tiene separada las coordenadas por comas (por ello el nuevo comando nocommas). Tambien se aprecian en ambos archivos los siguientes comandos:

autogrid: Crea una cuadricula de tamaño dependiente de la densidad de puntos 
automatrix: Una vez que lee los datos XYD, crea automaticamente la matrix DAT  
fill x y: Llena celdas alrededor de los puntos, con cierto porcentaje de ancho y alto
assume x y: Llena celdas alrededor de los puntos, pero asumiendo los registros  


El programa viene con un manual (en PDF) donde se explican estos y otros comandos.

Siguiente paso, vamos a la línea de comando del MS-DOS:




















...y si el archivo XYD no tiene errores, podemos ver nuestros datos
























jueves, 8 de septiembre de 2011

Libro SIG gratis

Encontré este libro en PDF en el Archivo Digital de la Universidad Politécnica de Madrid:

Mancebo Quintana, Santiago y Ortega Pérez, Emilio y Martín Fernández, Luis y Valentín Criado, Ana Cristina (2009) LibroSIG: aprendiendo a manejar los SIG en la gestión ambiental: Ejercicios. Los autores, Madrid. ISBN 978-84-692-8534-3





















Aquí les coloco el resumen (de los autores):

Es resultado de la recopilación de los ejercicios prácticos asociados a las clases impartidas durante más de 10 años en los cursos de SIG del Departamento de Construcción y Vías Rurales de la Escuela de Montes de la Universidad Politécnica de Madrid. Estos cursos de postgrado comparten el objetivo de ofrecer unos conocimientos teórico-prácticos suficientes para poder realizar adecuadamente la cartografía ambiental presente en multitud de proyectos relacionados con la gestión ambiental. Aunque los cursos difieren en duración y perfil del alumno: estudiantes del último año de carrera, recién licenciados, desempleados y profesionales. Hemos recopilado buena parte de los ejercicios, especialmente los de dificultad baja y media. Estos ejercicios son, básicamente, el resultado de adaptar y simplificar experiencias reales de los autores, proyectos fin de carrera, asesorías técnicas, etc., si bien alguno de los más básicos son invenciones de principio a fin. Con el objetivo de acercar el mundo real a los estudiantes, también la información suministrada es real y, la mayor parte, es una copia fidedigna de la información que distintas administraciones ofrecen. Por tanto, hay que tener presente que toda la información está sujeta a derechos de autor. Buena parte de esta información es de acceso libre, pudiéndose usar y distribuir libremente. Otra parte es libre sólo en el ámbito de la docencia y la investigación. En consecuencia, hay que tener muy presente que, por defecto, toda la información que se aporta en los ejercicios es para su uso exclusivo en la realización de estos ejercicios, quedando prohibido su uso, venta o distribución para cualquier otro fin, estando estos términos sujetos a los derechos de autor originales de cada unidad de información aportada. Cada capítulo es un ejercicio que consta de planteamiento y resolución paso a paso. La solución planteada en todos los casos es con el SIG ArcGis 9.2, si bien todos son susceptibles de ser realizados con cualquier otro SIG. Los capítulos están ordenados siguiendo el mismo orden y numeración que en el libro de teoría, en parte por dificultad de aprendizaje y en parte por orden natural, y en su conjunto cubren todas las fases típicas de un proyecto SIG de gestión ambiental del territorio. El orden natural aparece en el gráfico. Varios temas que aparecen en el esquema de proyecto cartográfico no están tratados en el libro de teoría ni en este de ejercicios: revisión bibliográfica, escaneado y tratamiento de imágenes. Tampoco hemos incluído ningún ejercicio específico de cambios de formato, si bien, sí se practica este punto como parte de otros ejercicios. Tampoco se trata la digitalización con GPS-PDA por requerir trabajo de campo. 

Capítulo 1: Los SIG y ArcGIS
Capítulo 2: Visualización
Capítulo 3: Diseño de mapas
Capítulo 4: Análisis alfanumérico
Capítulo 5: Gestión de datos
Capítulo 6: Cambios de formato
Capítulo 7: Sistemas de referencia
Capítulo 8: Georreferenciación
Capítulo 9: Digitalización y edición
Capítulo 10: Digitalización con GPS-PDA
Capítulo 11: Análisis vectorial
Capítulo 12: Análisis ráster
Capítulo 13: Análisis de redes
Capítulo 14: Topología
Capítulo 15: Fuentes de información.

Descarga el PDF (aprox. 10 MB)
Descarga los ejercicios

lunes, 5 de septiembre de 2011

domingo, 4 de septiembre de 2011

Mapas base para NDM (5)

Preparé otros mapas base para NDM; como siempre en formato XYdata, y al final les coloco los archivos ZIP del shapefile de ESRI:

Francia
















Inglaterra

















Italia

















Shapefiles: Francia, Inglaterra e Italia.