TNT el mejor programa de parsimonia

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sábado, 26 de diciembre de 2015

1er Encuentro Venezolano de Morfometría

Estimados amigos

Desde hace varios meses estamos organizando el 1er Encuentro Venezolano de Métodos de cuantificación Morfológica. Una iniciativa que surge de varios colegas interesados en el estudio cuantitiativo de la forma biológica. El evento se desarrollará en el Instituto de Zoología y Ecología Tropical de la Universidad Central de Venezuela, en el marco de las Jornadas de Investigación y Extensión de la Facultad de Ciencias, en Mayo del 2016.

Acá les coloco la convocatoria:


martes, 1 de septiembre de 2015

Curso de Morfometría Geométrica en Quito 2015

En esta entrada les muestro algunas fotos del 1er Curso de Morfometría Geométrica dictado en el Centro Internacional de Zoonosis de la Universidad Central del Ecuador.

Acá la publicidad del curso:


Y acá el programa del curso:





































A continuación algunas fotos durante el curso:











































































































































viernes, 20 de marzo de 2015

Quantitative Cladistics and Use of TNT.... (P. Goloboff's slides)


Cladistics and Use of TNT
 
All Rights Reserved
© Pablo A. Goloboff
Instituto Superior de Entomología, CONICET
Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo,
Miguel Lillo 205, 4000 S.M. De Tucumán

 
 

 

martes, 17 de marzo de 2015

Curso de Morfometría Geométrica para biólogos y ciencias afines (fotos)

Acá les coloco algunas fotos tomadas durante el curso de Postgrado realizado en el Instituto de Zoología y Ecología Tropical de la Facultad de Ciencias de la Universidad Central de Venezuela

Los participantes se encuentran realizando las actividades practicas:






















































































































































































Y acá, los participantes realizan la defensa de sus proyectos finales:












sábado, 14 de marzo de 2015

Morfometría geométrica y filogenia: Un ejemplo utilizando triángulos

A continuación les presento un análisis filogenetico realizado a un grupo de triángulos. Pero antes, les recomiendo la lectura de los siguientes artículos:





















Una vez que tengan la idea de el procedimiento, podemos ver los triángulos que utilizamos para inferir las relaciones filogenéticas a partir de coordenadas de puntos anatómicos (PAR o landmarks):


El análisis se realizó con base en 5 triángulos (denotados por letras y colores). El grupo externo (para enraizar el cladograma) estará representado por la configuración del triángulo azul o "Triángulo A".

A continuación se presentan un gráfico con cada una de estas configuraciones:



En la gráfica superior se aprecia que los triángulos A, D y C están cercanos al punto 0,0 de coordenadas. Mientras que los triángulos B y E se localizan hacia coordenadas positivas de X e Y.

A continuación se muestran los árboles obtenidos mediante el script Landschw.run ejecutado en TNT. La primera figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas sin alinear:


El cladograma posee un score de 1,5018. En este árbol el triángulo B se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo D se ubica como grupo hermano del clado B y E. Y finalmente, el triángulo C se aprecia como grupo hermano del clado D, B y E.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método generalizado de Procrustes (=GLS) a partir de la configuración consenso:







El cladograma posee un score de 1,5980. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método generalizado de Procrustes (=GLS) a partir de la configuración del triángulo A:



El cladograma posee un score de 1,3634. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

La siguiente figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método "two point registration Bookstein":



El cladograma posee un score de 1,3702. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

Esta figura corresponde con el cladograma resultante de datos de coordenadas alineadas con el método implementado en TNT donde se minimiza la distancia euclidiana respecto a la configuración de el triángulo A:



El cladograma posee un score de 1,2425. En este árbol el triángulo D se coloca como más derivado y hermano a el triángulo E. Seguidamente, el triángulo C se ubica como grupo hermano del clado D y E. Y finalmente, el triángulo B se aprecia como grupo hermano del clado D, E y C.

A modo de conclusiones, observamos que:

1) Distintos alineamientos pueden llegar a resultados contrastantes en cuanto a topología de los árboles e inclusive a la descripción de los cambios entre configuraciones ancestro-descendientes.

2) En términos del score de los árboles más parsimoniosos; el análisis de PAR sin alineamiento generó el score más elevado, mientras que el método implementado en TNT mostró el menor valor de score.

3) El análisis generalizado de Procrustes (o GLS) con base en la configuración consenso, resultó en un peor score respecto al análisis utilizando la configuración del grupo externo (en este caso el triángulo A) como configuración de referencia.

4) El cladograma obtenido con el alineamiento de two point registration no difiere de los restantes: GLS, GLS utilizando la configuración A, y minimizando la distancia euclidiana respecto a la configuración A. No obstante, el valor de score fue similar al alineamiento de GLS utilizando la configuración A.

viernes, 20 de febrero de 2015

Curso de Postgrado: Morfometría Geométrica para Biólogos y ciencias afines


CURSO DE POSTGRADO

 
 23 AL 27 DE FEBRERO DE 2015

 
Morfometría geométrica para biólogos y ciencias afines

Profesor: Dr. Jonathan Liria Salazar (Coordinador). Laboratorio Museo de Zoología, Facyt. Universidad de Carabobo. Email: jonathan.liria@gmail.com


Teoría:

Tema 1. Historia de la morfometría.
Tema 2. Fundamentos en Morfometría Geométrica
Tema 3. Adquisición de datos (registro de imágenes)
Tema 4. Tipos de datos (puntos anatómicos de referencia)
Tema 5. Métodos de Superposición
Tema 6. Programas computacionales para Morfometría Geométrica
Tema 7. Métodos de Deformación
Tema 8. Análisis Estadísticos univariados (paramétricos y no-paramétricos)
Tema 9. Análisis estadísticos multivariados
Tema 10. Análisis de Matriz de Distancia Euclideana
Tema 11. Análisis filogenéticos a partir de configuraciones de puntos anatómicos de referencia

Sesiones  practicas:

Practica 1. Adquisición y procesamiento de imágenes.
Practica 2. Digitalización de puntos anatómicos de referencia.
Practica 3. Análisis morfométrico I.
Practica 4. Análisis morfométrico II.


Programas informáticos:

 
Serie TPS: http://life.bio.sunysb.edu/morph/index.html

Paquete IMP: http://www3.canisius.edu/~sheets/moremorph.html

PAST: http://folk.uio.no/ohammer/past/download.html

TNT: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny



Duración: 1 semana intensiva (Teórico Práctico), 40 horas

Acreditación: 2 UC para estudiantes de postgrado

Cupo Máximo (15 estudiantes)

Dirigido a: Profesionales en Biología y carreras afines



Notificar su participación a: POSTGRADO EN ECOLOGIA , Telf. 0212-6051300

Contacto e Información: herminia.daboin@ciens.ucv.ve

Organizadora: elizabeth.gordon@ciens.ucv.ve; egordoncolon@gmail.com 

COORDINADORA DEL POSTGTADO EN ECOOLOGIA: Dra. Estrella Villamizar

Correo:  estrella.villamizar@ciens.ucv.ve; estrellavillamizar@yahoo.com



martes, 2 de diciembre de 2014

Quantum GIS 2.0 en Android 4.2

Hace unas semanas instale en mi teléfono móvil (Lenovo S820) el programa QGIS 2.0 para Android:


Estas son las especificaciones del dispositivo:

Lenovo S820 HD4.7 (1280X720), MTK6589 Quad Core 1.2GHz 1GB RAM Android 4.2

La versión que instalé de QGIS fue: qgis-nightly-20141121-armeabi-v7a.apk

La pueden conseguir aquí: http://android.qgis.org/download/apk/nightly/



Bueno ahora les dejo algunas capturas de pantalla:






Esta es la ventana de inicio... mostrando la versión.




Acá se aprecia la pantalla con la vista a la derecha, los menues en la parte superior, y a la izquierda la
ventana de las capas.























Se muestra una capa vectorial cargada.



 
Acá se cargaron otras capas vectoriales: Puntos y polígonos.

Si desean conocer en que dispositivos se ha instalado, pueden ingresar aca.