TNT el mejor programa de parsimonia

TNT el mejor programa de parsimonia
TNT el mejor programa de parsimonia

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miércoles, 1 de octubre de 2014

¿Cómo realizar el método de propincuidad media de Rapoport usando un programa SIG?

Este método desarrollado por Eduardo Rapoport se basa en el concepto de distancia con el vecino más próximo y en la teoría de grafos. El primer paso es el trazado de un árbol de tendido mínimo (mst, en inglés) entre las localidades o nodos donde se ha verificado la existencia de la especie. Una vez medidas las distancias, se halla la media aritmética, y alguna medida de dispersión (varianza, desviación estándar o error estándar (Rapoport y Monjeau, 2001). El calculo del mst se realizará utilizando el programa PASSAGE, para lo cual necesitamos un archivo en formato shapefile (*.shp) como datos de entrada que contenga los biorregistros. En la siguiente figura se aprecia la vista de el programa PASSAGE:



Oprima con el botón derecho de ratón sobre la ventana “data monitor”, y aparecerá la opción “load data”. Seleccione el archivo shapefile:




A continuación, indique el formato Lat / Lon, y cliqueé en aceptar. Al hacer doble clic en el archivo, se pueden apreciar los datos:
 


Seleccione el menú “Create”. Luego oprima en “Distance / Angles for Coordinates”: 




Ahora oprima en “Connections / Tassellations”, y elija la opción de “Minimum Spanning Tree”:


Para ver el resultado, elija el menú “Draw”, y seleccione “Draw Points” y “Draw Connections”:



Para guardar los resultados del mst, oprima botón derecho del ratón sobre el diagrama del árbol de tendido mínimo, y seleccione “Export to Google Earth”:




Utilice el bloc de notas (o Notepad) para abrir el archivo guardado y verificar su estructura. Note
que PASSAGE almacenó las coordenadas de el mst utilizando comas y no puntos para los decimales:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<kml xmlns="http://earth.google.com/kml/2.0">
<Document>
 <description>PASSaGE 2 GoogleEarth Export</description>
 <name>PASSaGE 2 Export</name>
.
.
.
   <coordinates>
     -71,4855996555,7,6150988275,0
     -69,0809089063,8,8597462197,0
    </coordinates>
   </LineString>
.
.
.

Si deseamos cargar el árbol de tendido mínimo en  QGIS tenemos dos posibles soluciones: 1) cambiar
los decimales a puntos utilizando el bloc de notas, o 2) cambiar la configuración de Windows, seleccionar
la notación Norteamericana y repetir el análisis en PASSAGE:

.
.
.
   <coordinates>
     -71.4855996555,7.6150988275,0
     -69.0809089063,8.8597462197,0
    </coordinates>
   </LineString>
.
.
.

Para cargar la capa del mst en QGIS seleccione en el menú: Capa --> Añadir capa vectorial.
Y a continuación elija el tipo de archivo KML (Keyhole Markup Language). Cambie las propiedades
de mst para que pueda verse fácilmente:

 



En la última parte de el método de propincuidad media se deben calcular el promedio y alguna medida de dispersión (Ej: desviación estándar) para las distancias del mst. Para ello elegimos la capa de puntos de nuestra especie hipotética y utilizamos la herramienta del menú: Vectorial --> Herramientas de análisis --> Matriz de distancia. Luego elegir el tipo de matriz de salida: Matriz de distancia lineal (N*k x 3). Recuerde que la matriz de distancia posee los decimales en formato norteamericano, así que debe configurar MS-EXCEL o CALC de OpenOffice para que lo reconozca:

Ahora la matriz de distancia debe verse de la siguiente forma. Fíjese que aparece la distancia entre pares de puntos (InputID -> TargetID), así que solo debemos conocer que distancias se utilizaron para crear el mst:


InputID
TargetID
Distance
0
5
1,3124965233
0
3
3,1992492027
0
2
3,4386145291
0
8
4,0752566316
0
14
4,4727581951
0
13
4,7553475788
0
12
4,8508520012
0
1
4,9028601318
0
4
5,1487224861
0
9
5,3137516228
0
10
6,2233965449
0
6
6,3989988376
0
7
6,5732926456
0
11
7,5607337908
1
12
0,3042497689
1
14
1,1610465533
1
13
1,1753958548
1
11
2,7077083909

Para realizar esto colocaremos en QGIS una leyenda sobre los puntos para conocer su ID:


Fíjese que la capa de puntos muestra el ID de cada biorregistro:


Ahora en la matriz de distancia calcule los valores promedios y desviación estándar de la conexión (mst). Por ejemplo, busque la distancia entre 7 y 10, y así sucesivamente: 


Según estas distancias, el promedio es 1,288 grados y desviación estándar 0,869. Realice un buffer utilizando estos valores para los radios. Una vez finalizado, el resultado de el método de propincuidad media debería apreciarse como la siguiente figura:























Bibliografía

Rapoport E, Monjeau A. 2001. Aerografía. En: Introducción a la biogeografía en Latinoamérica: Teorías, conceptos, métodos y aplicaciones. Llorente J & JJ. Morrone (Eds.). UNAM, México. pp. 23 - 30.

Páginas de Internet:

QGIS Tutorials. Disponible en: http://qgis.spatialthoughts.com

QGIS Documentation. Disponible en: http://www.qgis.org/en/docs/index.html

martes, 30 de septiembre de 2014

Mapa base formato NDM para Islas Hawaii

En esta entrada les traigo el mapa base en formato NDM (xydata) de las Islas Hawaii (al final de la entrada podrán descargarlo):



























Este mapa base fue realizado a partir del siguiente procedimiento:

1) Se visitó la página del SIG para el estado de Hawaii: http://planning.hawaii.gov/gis/

2) Entramos a la zona de descarga: http://planning.hawaii.gov/gis/download-gis-data/

3) Seleccionamos "Coastline" para descargar la linea de costa

4) Utilizamos el programa gvSIG para cargar el shapefile. En nuestro caso la linea de costa son polígonos:



5) Seleccionamos las herramientas de Sextante para emplear un algoritmo que transforme de polígono a polilínea:



Esto debe realizarse para luego colocar puntos equidistantes sobre la polilínea y obtener pocas coordenadas por polígono (recuerden que NDM sólo admite 500 coordenadas por mapa).

6) Una vez creadas las polilíneas, volvemos a emplear Sextante pero esta vez utilizamos el algoritmo que permite colocar puntos equidistantes a lo largo de cada línea. Fíjense que se colocó en tolerancia 5000.00 porque la proyección cartográfica esta en UTM (NAD83 1:24000):



7) Obtenemos los puntos, pero aun nos falta reproyectar el shapefile UTM (NAD83) a el sistema de coordenadas geográficas en WGS84. Esto lo logramos con la herramienta de geoproceso Reproyectar que posee gvSIG:




8) Finalmente preparamos el archivo xydata siguiendo el formato de NDM.

Aqui tienen el archivo XYD para su descarga.

lunes, 21 de abril de 2014

Colocando filogenias en Google Earth (4)



Esta entrada retoma los antiguos post donde les mostraba como colocar filogenias en Google Earth (GE), para crear “geofilogenias”.

En esta ocasión les muestro la aplicación desarrollada por R. Page:




Para crear un archivo kml que podamos ver en GE necesitamos:

Un archivo de árboles en formato NEXUS, y un listado de terminales con coordenadas geográficas. Ambos deben coincidir los nombres de los terminales:


 

Ejecutamos la aplicación de IPHYLO, e insertamos el archivo de árboles (pendientes con el formato, porque el comando UTREE no es reconocido):




Luego colocamos el listado de terminales y coordenadas (en grados decimales); fíjense que la primera fila contiene el título de cada columna (Scientific_name,Latitude,Longitude):



 
Finalmente nos muestra si los datos hacen “match”, y más abajo aparece el código kml (que puede ser copiado y guardado):


 

El archivo kml puede abrirse con GE:


Fíjense que este árbol está anclado al suelo y las ramas se ven muy extendidas.

viernes, 18 de abril de 2014

Resúmenes de la XI Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía - marzo de 2014

En esta entrada les coloco el enlace con el libro de Resúmenes de la RACB -2014, en la Universidad Nacional del Litoral.



...y acá un "abre boca" con los títulos de las interesantes conferencias dictadas:




Página del Curso Biogeografía de Chile - 2014

Este curso fue realizado en ENERO del 2014. Sin embargo, les coloco la información pues están disponibes las lecturas y clases de el Curso.

Este es el programa del Curso:








Pre- y Postgrado, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile
Programa de Postgrado en Ecología, Pontificia Universidad Católica de Chile

Profesores Coordinadores: Dra. Carolina Villagrán & Dr. Juan J. Armesto
Ayudante: Dr. Ricardo Segovia;

Profesores Invitados: Dra. Fernanda Pérez, Dr. Kester Bull, Dr. Constantino Mpodozis, Dr. Patricio Aceituno, Dr. Alexander Vargas, Dr. Ricardo Segovia, Dr. Iván Díaz, Dr. Pablo Guerrero, Dr. Claudio Latorre, Dr. Antonio Maldonado y Dr. Jorge Mpodozis

Segundo Semestre 2013
Lugar: Universidad de Chile, Facultad de Ciencias, Las Palmeras 3425
Fecha: 6 al 14 de enero 2014
Curso intensivo
Horario: Mañana: 9.30 -13 hrs.   Tarde: 14.30 – 18 hrs.


OBJETIVOS

1.         Examinar el desarrollo histórico de la Biogeografía y disciplinas relacionadas, desde la perspectiva del pensamiento de la Historia Natural.

2.         Fundamentar y presentar los conceptos, procesos, mecanismos, principios teóricos, métodos y técnicas que sustentan la investigación biogeográfica.

3.         Determinar la conexión de procesos tectónicos, geomorfológicos y cambios climáticos con los patrones tempo-espaciales de distribución de la biota de Chile y Sudamérica.

4.        Analizar, desde una perspectiva histórica-evolutiva del Paleógeno y Neógeno, los caracteres biogeográficos que singularizan la biota de los principales ecosistemas terrestres chilenos (bosques subtropicales-mediterráneos y templado-lluviosos, desiertos y semidesiertos, Andes).

5.                  Discutir el papel de los seres humanos en la biogeografía actual y la contribución de las ciencias biogeográficas a la comprensión de los problemas ambientales y desafíos de la modernidad.


TEMARIO

I INTRODUCCIÓN HISTÓRICA

Lunes 6 de Enero: 9:30 - 13 hrs. Concepto de Biogeografía. Desarrollo histórico de la Biogeografía y ciencias relacionadas. Naturalistas y exploradores del siglo XIX. Darwin y el origen de la teoría del origen de las especies.
Escala de tiempo geológico. Unidades Biogeográficas.  Desarrollo de las Ciencia Naturales Históricas y  las bases físicas que sustentan  la Biogeografía. Teoría de Deriva Continental y Tectónica de Placas. Teoría Glacial. Raíces filosóficas que fundamentan la Historia Natural de los seres vivos
Juan J. Armesto & Carolina Villagrán

Lunes 6 de Enero: 14.30 – 18 hrs. Introducción a la Biogeografía de Sudamérica y Chile.  Singularidad del continente: Diagonal Árida, Interjuego Clima – Andes – Pacífico. Biomas de Sudamérica. Desarrollo histórico de la Biogeografía en Sudamérica y Chile. Composición florística y patrones de distribución de la vegetación chilena.
Carolina Villagrán & Juan J. Armesto

II FUNDAMENTOS TEÓRICOS Y MÉTODOS DE LA BIOGEOGRAFÍA

Martes 7 de Enero: 9:30- 13 hrs.  hrs. Origen y extinción de especies en la historia de la vida. El origen de las especies y la biodiversidad. Modelos de Evolución.
Teoría de Biogeografía de Islas. Teoría de Vicarianza versus hipótesis dispersalistas. Breve introducción a las principales Escuelas biogeográficas. Métodos de análisis biogeográfico.
Juan J. Armesto

Sistemática molecular y Biogeografía histórica. Estudios en América del Sur, con énfasis especial en el Cono Sur del continente.
Fernanda Pérez
Martes 7 de Enero: 14.30 – 18 hrs. Morfología, formas de vida y fisionomía vegetal. La conformidad vegetación-ambiente en vinculación con el desarrollo y la morfogénesis floral  
(continuación Fernanda Pérez)  Kester Bull


III FUNDAMENTOS FÍSICOS DE LA BIOGEOGRAFÍA DE CHILE

Miércoles 8 de enero: 9:30 - 13 hrs. La historia de la Tierra. Evolución geológica  de Sudamérica y Chile. Teoría de tectónica de Placas. Paleomagnetismo. Orogenia andina. Vulcanismo. Historia del cambio climático en el tiempo geológico.
Constantino Mpodozis

Miercoles 8 enero: 14.30 – 18 hrs. Clima de Sudamérica y Chile. Rasgos generales del sistema climático y sus fluctuaciones. Interacción océano-atmósfera en el Pacífico oriental y su impacto en el clima de Sudamérica. El fenómeno ENOS (El Niño-Oscilación del Sur).
Patricio Aceituno

IV BIOGEOGRAFÍA DE SUDAMÉRICA Y CHILE: CRETÁCICO-TERCIARIO

Jueves 9 de enero: 9.30-13 hrs.  Caracterización biogeográfica de la flora de los ecosistemas de bosques de Sudamérica y Chile. Elementos Fitogeográficos. Aislamiento y relictualidad de la flora. Disyunciones Gondwánicas y Neotropicales. Endemismos y áreas de concentración. Bosques relictos.
Carolina Villagrán

Historia terciaria de la flora de bosques de Sudamérica y Chile: Paleofloras del Cretácico-Terciario de América del Sur e historia tectónica asociada. Clima terciario. Métodos fisionómico-foliares. Paleodiversidad.
Felipe Hinojosa

Jueves 9 de enero: 14:30 - 18 hrs.
Provincia biogeográfica Weddeliana desde el Cretácico al Eoceno. Paleontología de Dinosaurios, Plesiosaurios y Reptiles marinos.  Evolución del desarrollo (Evo-Devo).
Alexander Vargas

Orogenia andina y origen de la Diagonal Árida. Evolución de los ecosistemas áridos en Sudamérica. Biogeografía y ecología de la flora de desiertos. Relación de los sistemas biológicos con los ciclos ENOS. Formaciones de Lomas de la costa Pacífica y dinámica de los ecosistemas de neblina.
Juan J. Armesto
V BIOGEOGRAFÍA DE SUDAMÉRICA Y CHILE: CUATERNARIO

Viernes 10 de enero: 9.30-13 hrs.: 
Principios y metodologías en ciencias naturales históricas. Desarrollo de los métodos de información paleo-ambiental. Relojes isotópicos. Indicadores paleoclimáticos físicos y biológicos (proxy data): sedimentos oceánicos y hielo; microfósiles, polen y esporas, insectos, carbón, microalgas; macrofósiles: madera, hojas, anillos de árboles.

Historia cuaternaria de la vegetación de bosques de Chile. Procesos físicos que han afectado la distribución de la vegetación del Cono Sur durante el Pleistoceno. Glaciaciones y su cronología. Reconstrucciones climático-vegetacionales en Chile sobre la base de registros paleobiológicos. Consecuencias biogeográficas de las glaciaciones: Areas de endemismos y  concentración de la riqueza de especies. Disyunciones montañosas. Refugios y relictos.
Carolina Villagrán

 Viernes 10 de enero: 14:30 - 18 hrs:  Filogeografía de los bosques de Chile. Hipótesis y predicciones filogeográficas. Ejemplos de casos: Eucryphia, Myrceugenia, Cryptocarya. Hipótesis acerca de refugios Pleistocénicos de biota.
Ricardo Segovia

Incidencia del factor histórico en las anomalías en los gradientes latitudinales de riqueza de especies de plantas Vasculares y No Vasculares de los bosques chilenos.
Carolina Villagrán & Ricardo Segovia

Origen de las Aves de los bosques chilenos
Iván Díaz

VI – ECOSISTEMAS ANDINOS Y DESIERTOS

Sábado 11 de enero: 9:30 – 13 hrs. Rasgos fisiográfico-climáticos y biogeografía de los  Andes de Sudamérica. Gradientes altitudinales de clima y vegetación: Pisos andinos. Análisis Fitogeográfico y relaciones florísticas entre la flora puneña y la andino-patagónica. Barreras a la dispersión.
Carolina Villagrán

Macro-evolución de la flora del desierto de Atacama: diversificación de linajes y restricciones a la colonización de zonas hiper-áridas. Aproximaciones filogenéticas en las inferencias evolutivas y nichos climáticos ancestrales de grupos xerofíticos.
Pablo Guerrero

Lunes 13 de enero: 9.30 – 13 hrs. Historia de la vegetación andina de la región árida durante el Pleistoceno tardío. Reconstrucciones paleo-ambientales sobre la base del estudio de paleomadrigueras de roedores, depósitos de macrofósiles vegetales y  proxy físicos.
      Claudio Latorre 
El Holoceno en la región semiárida y Chile Central. Reconstrucciones paleo-ambientales sobre la base de análisis de polen, carbón, sedimentos y depósitos arqueológicos.
Antonio Maldonado

VI -  EL antropoceno

Lunes 13  de enero: 14:30-18  hrs.
Una nueva era geológica – impactos humanos a nivel global – el nuevo contrato social
Juan Armesto
“Deriva natural”: la perspectiva histórica-sistémica de la evolución –ser humano y naturaleza
                                                   filósofo – Jorge Mpodozis

FORO: “MERIDIANO 70-73 OESTE: EL LUGAR QUE HABITAMOS”
Expositores:
Profesora Victoria Castro, Profesor Humberto Maturana & Profesor Pablo Oyarzún
Martes 14 de enero:  9:30 – 13 hrs.
Panel de discusión: El lugar que habitamos, desde la naturaleza a las culturas

Asado de cierre

EVALUACIÓN: Ensayo de 10 páginas máximo, Word, espacio y medio, 12. Entrega: Última semana de Febrero 2014


Acá les coloco la página con las lecturas: