TNT el mejor programa de parsimonia

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miércoles, 18 de mayo de 2011

Tutoriales sobre VIP

Hace unos días les comente sobre "Vicariance Inference Program" o VIP, realizado por Salvador Arias. Pues bien, estoy recien trabajando con el y me gustaría compartir con ustedes algunos aspectos sobre la instalación y el tipo de datos que se utilizan, así como unas imagenes de las ventanas del programa.

1) El programa utiliza las librerías de GTK+ para la interfaz gráfica. Esto puede traerles inconvenientes cuando deseamos instalar VIP en sistemas operativos de Windows. Hace unos dias baje la última versión de VIP, para instalarla en tres maquinas: Una con WindowsXP, otra con Windows2000, y la portatil que aun tiene Vista!. Cuando descargué la versión 2.22 de GTK+, me di cuenta que VIP solo funcionó en XP; los otros sistemas dieron errores relacionados con la falta de archivos dll (del GTK). Me puse a buscar los posilbes problemas de GTK en Windows2000 y Vista, hasta que encontré la versión 2.16.6. Al instalarla en las dos maquinas, el programa corrió debidamente (de hecho la 2.16.6 es la última versión estable para Windows2000). Aqui les muestro una imagen de VIP en Windows Vista:    



En la izquierda, encontramos la ventana principal donde se abren datos (árboles y registros georreferenciados), y se realizan las búsquedas heurísticas de los eventos vicariantes; la ventana del medio es el visor de árboles y selección de nodos; finalmente en la ventana de la derecha encontramos el visor de mapas, con los registros. 

2) Como les dije tambien, esta disponible el manual de VIP. No obstante para darles una ayuda, les indico los "tips" más relevantes, para preparar los datos:


2.1) Hace falta una filogenia del grupo en estudio. Para ello utilizamos TNT y el macro toxml. Este script nos permite pasar un archivo de árboles en notación parentética [(A (((BC) D)(E(F(GH))))) (A (((BC) D) (E (F (GH )))))] al formato XML. Lo importante es que el archivo de árboles debe contener SOLO los terminales que poseen registros georreferenciados, es decir, debemos quitar los grupos externos de nuestro(s) cladogramas. Para ello, utilizamos el block de notas (o Notepad) y abrimos el archivo *.tre para eliminar los terminales que deseamos. Luego abrimos el archivo de árboles en TNT para asegurarnos que quedó bien. Luego ejecutamos el macro toxml, teniendo en cuenta que por defecto, exportará el primer árbol de nuestro archivo (si deseamos que sea otro, debemos indicarle el número del árbol).  

2.2) Necesitamos datos georreferenciados. En este caso pueden utilizarse varios formatos; en mi caso resultaron faciles los de NDM (archivos *,xyd) y texto separados por tabulaciones (*.txt). Vamos a mostrarles este último:

Scientific name    Latitude    Longitude
Ps_albigenu    -24.4333    -54.9333
Ps_albigenu    9.3617    -71.7311
Ps_albigenu    -22.7333    -50.6167
Ps_albigenu    -28.1333    -64.9667

La primera fila solo tiene tres etiquetas: Scientific name, Latitude y Longitude. Este formato de etiquetas es similar al de GBIF. Luego se coloca cada terminal seguido de tabulación, la coordenada en latitud, tabulación, y la coordenada de longitud. Lo importante aca es que los nombres de las especies DEBEN COINCIDIR con la de los terminales del árbol.

Bueno, eso es todo por ahora. Les dejo otras imagenes de VIP:


Se aprecia la misma disposición de las ventanas, pero mostrando el número de nodos vicariantes y la cuadrícula (en este caso de 1,5 x 1,5) para realizar la búsqueda heurística. 


Este es resultado de la búsqueda de eventos vicariantes, y se aprecia un nodo y la distribución de taxa (azul y rojo) y la barrera (alopatría) hipotética (en verde). Notese que la especie en azul ocupa el área del arco de las Antillas.

15 comentarios:

  1. Hola Jonathan,

    ¿Sabes si es posible correr NDM es Windows 7? Yo lo tenía instalado en mi máquina anterior con XP y corría pero ahora no

    gracias

    salu2 desde México

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  2. Hola,

    De verdad no tengo W7. Asi que no podria decirte si NDM funciona en ese sistema. Yo tengo NDM en W2000, W-xp y WVista... y en todos bien.
    Intentare averiguar ... y si encuentro algo te digo.

    Saludos

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  3. Hola,

    Te agradezco la información. Ya pude correr el programa en Win7 a través de un emulador de winxp, el problema ahora es que al momento de abrir el archivo me marca un error, lo estoy haciendo como dice el manual pero nada

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  4. Hola!!

    Estoy intentando correr el VIP. Quisiera utilizar el macro toxml para el cladograma, pero soy inexperta en TNT. Como lo instalo? O de qué manera se utiliza ese macro?

    Muchas gracias! Saludos!!!

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    1. Hola Ana

      Disculpa lo tarde de la respuesta. Pudiste correr el macro de TNT? Es muy facil: Para ejecutar el macro debes ir a linea de comando de TNT (en la región inferior de el programa) y colocar "run" el nombre de el archivo (en tu caso toxml) y las opciones requeridas. Si entras con el block de notas (notepad) y abres toxml puedes ver el archivo y sus opciones.

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    2. Ana Silva-Galicia7 de abril de 2013, 13:52

      Muchas gracias, sí pude convertirlo y también editarlo fácilmente. Ahora el problema que tengo es que no me abre el archivo de las coordenadas, me dice que el formato del archivo es desconocido. He probado con archivos .xyd y .txt con el formato que se indica arriba, pero nada. Alguna sugerencia? Gracias nuevamente!

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    3. Hola Ana

      Te respondi mendiante correo y por el Grupo de Biogeografía Latinoamericana. Te mande un zip con archivos de árboles y datos...

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  5. Hola, sabes como puedo dibujar el contorno de los continentes en los programas NDM/VNDM? Saludos

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    1. Creo si se puede, en la opción de editar. Pero yo prefiero usar una capa shapefile y convertirla (por ejemplo en QGIS) en un conjunto de puntos (x,y). Me parece mejor... aunque el problema es que NDM te limita con el tamaño de el mapa, por eso trato de hacerlo con 500 o menos puntos x,y...

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  6. Hola Jonathan

    Intento correr VIP, pero tengo problemas para generar el archivo xml mediante el macro toxml. Intento con las indicaciones que diste a Ana Silvia (comentarios anteriores) pero no he tenido éxito. Podrías darme alguna sugerencia?

    Tengo poco tiempo manejando TNT, por lo cual no conozco mucho el funcionamiento del programa.

    Gracias!!!!

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  7. Hola Jonathan

    Antes que nada gracias por estos tutoriales.

    Quiero correr VIP, pero tengo el problema de que no se como pasar mi filogenia a una notación en paréntesis y de ahí a TNT. Tengo mi filogenia en papel y quiero traducirla al lenguaje de paréntesis, pero no se donde debo hacerlo. Se puede en el bloc de notas? y si es así como debo hacerlo?

    Saludos

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    1. Hola De nuevo!

      Creo que ya resolví este asunto de la filogenia, por suerte la encontré almacenada en una base de datos.

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    2. http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

      List of taxon names

      This command reads in a list of taxon names, one per line, and constructs a star tree for them. You can then use TREEVIEW's tree editor to edit the tree. This command provides a quick way of creating trees from lists of taxa. The file containing the taxa must be an ASCII text file with one taxon name per line, e.g.:

      taxon one
      taxon two
      taxon tree
      taxon four

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  8. Hola!

    disculpa no te respondiera.

    Puedes usar el programa TreeView con la opcion "import taxon names". Con esta opcion tomas un TXT con los nombres de los taxa y creas un arbol (tipo peine). Luego editas este arbol en TreeView y lo guardas con el formato deseado.

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