TNT el mejor programa de parsimonia

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martes, 8 de octubre de 2013

¿Sabes qué es “Oblong”?

¿Sabes qué es “Oblong”?

Primero que todo, “Oblong” es una palabra en ingles (obviamente...) que se traduce como oblongo.

Ahora bien, oblongo(ga) significa:

oblongo, ga.

(Del lat. oblongus).

1. adj. Más largo que ancho.

En el caso que interesa a los sistemáticos, “oblongo” u “oblong” significa:



Un programa para analizar grupos de datos con millones de caracteres utilizando muy poca memoria RAM.

(traducido de: “a program to analyse phylogenomic data sets with millions of characters, requiring negligible amounts of RAM”)

Este programa diseñado por Pablo A.Goloboff, realiza análisis de parsimonia de grupos/bloques de datos para miles de caracteres, y contemplando un número moderado de taxa (hasta varios cientos).

El programa utiliza un bajo consumo de memoria RAM al guardar temporalmente los datos en buffers del disco (Figura 1), permitiendo que sólo algunas partes se lean periódicamente de nuevo en el programa. Así, el conjunto total de datos no se carga en la memoria RAM, y sólo una pequeña parte de él.
Figura 1.- Esquema de Oblong mostrando la lectura de datos y almacenamiento en buffers.

Aun cuando el uso de archivos de disco para almacenar los datos las búsquedas son lentas por un factor relativamente pequeño, los tiempos de ejecución (Tabla 1) están dentro de un orden de magnitud similar a los programas más rápidos existentes (Ej.: TNT).


 

 
Tabla 1. Tiempos de ejecución para matrices de distintas dimensiones (caracteres y taxa) y varios programas de parsimonia.

¿Quieres conocer más de Oblong?:


Y acá les coloco el sitio de descarga: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/oblong/






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