csv2xyd: Optimizando el Análisis de Endemismo en la "Era de Big Data"

 

csv2xyd

El análisis de áreas de endemismo es crucial en biogeografía y conservación. Sin embargo, el manejo de los crecientes volúmenes de datos de biodiversidad online presenta desafíos significativos, como errores tipográficos, duplicados e inconsistencias taxonómicas. Para abordar esto, se ha desarrollado csv2xyd, un nuevo software en Python diseñado para simplificar el preprocesamiento de estos datos.

csv2xyd es una herramienta con interfaz gráfica que facilita la conversión de archivos CSV (un formato común en repositorios de biodiversidad) al formato XYD, el cual es específico y requerido por programas de análisis de endemismo como NDM/vNDM.

Características csv2xyd ofrece una serie de funcionalidades:

• Limpieza de datos: Detecta errores tipográficos en los nombres de las especies y permite corregirlos, además de eliminar ocurrencias duplicadas. También ayuda a identificar inconsistencias taxonómicas.
• Filtrado avanzado: Ofrece opciones para filtrar los datos, por ejemplo, eliminando especies con pocas ocurrencias o seleccionando registros específicos.
• Eficiencia con Big Data: Ha sido probado con éxito en conjuntos de datos masivos, procesando millones de registros en minutos. Por ejemplo, un dataset de 4.8 millones de ocurrencias es procesado en 136.53 segundos.
• Visualización y análisis geoespacial exploratorio: Incluye la posibilidad de generar mapas interactivos de las ocurrencias y realizar análisis espaciales básicos como el cálculo de riqueza y diversidad en polígonos.

Desarrollado en Python, csv2xyd aprovecha bibliotecas potentes como Pandas para la manipulación de datos y Dask para el procesamiento eficiente de grandes volúmenes de información.

El software es de código abierto y está disponible gratuitamente en su repositorio de GitHub. 

Esto no solo facilita su adopción, sino que también invita a la comunidad de desarrolladores e investigadores a contribuir a su mejora. Para facilitar su uso, los desarrolladores han proporcionado tutoriales en video tanto en inglés como en español.

Hasta el momento, la herramienta GeX (Santos & Fuhlendorf, 2018) ha abordado la necesidad de convertir archivos de biodiversidad a formatos como XYD. Mientras GeX es una aplicación web sencilla diseñada para la conversión directa y básica de CSV a XYD para bases de datos de tamaño moderado, csv2xyd ofrece un enfoque mucho más integral y robusto. Nuestro software va más allá de la simple conversión, proporcionando capacidades avanzadas de limpieza de datos (detección de errores tipográficos, eliminación de duplicados e inconsistencias), eficiencia para manejar millones de registros (Big Data) y filtrado avanzado. Además, csv2xyd incluye funcionalidades de visualización y análisis geoespacial exploratorio, y al ser de código abierto, invita a la comunidad a colaborar en la integración con APIs de servicios de biodiversidad como Global Biodiversity Information Facility y Encyclopedia of Life para automatizar georreferenciación de localidades sin coordenadas y validación taxonómica. Además, se busca mejorar la capacidad de fusión de múltiples archivos CSV basándose en relaciones de campos, similar a las uniones de bases de datos. Esto asegura que csv2xyd pueda crecer y adaptarse a las necesidades emergentes de la comunidad científica.

Esta es la cita:

Liria J, Soto-Vivas A 2025 Csv2xyd: A Python Software for Processing Large Biodiversity Datasets for Endemism Analysis. Journal of Open Research Software, 13: 8. DOI: https://doi.org/10.5334/jors.538

https://openresearchsoftware.metajnl.com/articles/10.5334/jors.538