TNT el mejor programa de parsimonia

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10 de marzo de 2011

Morfometría y Filogenia

En este tutorial, les mostrare como pasar de una matriz TPS del tipo:

LM=18
619 154
303 206
42 209
24 188
24 162
33 146
47 129
79 101
132 80
208 59
276 48
564 125
594 148
392 177
171 183
272 161
188 134
338 121
ID=AN1

A una matriz que puede utilizarse en TNT:

xread
'datos de mosquitos tomados de TPSTree'
1 11
& [ landmark 2d]
ANOPHELES 619,154 303,206 42,209 24,188 24,162 33,146 47,129 79,101 132,80
.
.
;

Con esta última, podremos obtener filogenias a partir de datos morfométricos.



Para hacer un analisis cladístico con landmarks. Tienen que descargar el script landsch.run.

Aqui les van los videos:

Parte1


Parte2


Parte3


Tambien es importante resaltar que en el ejemplo anterior, los datos morfométricos no fueron alineados (rotación, traslación y escalado a la talla centroide). En estos otros videos explicaremos como hacer esto.. y a su vez como nos quedaría la nueva matriz:

Parte4


Parte5


De esta forma al utilizar TnT + el script "landsch.run" obtenemos un cladograma:

20 de febrero de 2011

Presentación sobre gvSIG Mobile

Aquí les dejo dos presentaciones sobre gvSIG Mobile:

Y esta otra...

Envenenando mi PDA

Hace un mes adquirí un PDA usado, modelo HTC p4350. Si les interesa, estas son algunas características del modelo (no es propaganda!!!):

Empresa: High Tech Computer Corporation. "HTC Atlas"

Tipo: Pocket PC

Sistema Operativo: Windows Mobile 6.0 (Pocket PC Phone Edition)

CPU: OMAP 850 201MHz

Memoria de almacenamiento (interna): 39.44 MB

Memoria de almacenamiento (externa, mSD): 4 Gb

Memory RAM: 64 MB

La pregunta es: ¿porqué les escribo sobre esto?

La razón es porque aproveche para instalarle gvSIG Mobile 0.3.0, Garmin Mobile XT y OpenMobileMaps.

1) gvSIG Mobile-Pilot:



En la imagen de la izquierda, se aprecia un capa del tipo vectorial del estado Guarico (Venezuela) y en la derecha una capa raster en formato (ECW) donde se muestra el Lago de Valencia, entre los estados Aragua y Carabobo (Venezuela).

2) Garmin Mobile XT:



Cuando se instala el programa, se agrega un mapa base. Sin embargo, se le pueden instalar mapas desde la PC. Para ello se utiliza MapSource, y se conecta el PDA para enviarle los mapas. En este caso se transfirieron los datos de Venrut.

3) OpenMobileMaps:



Los mapas son descargados vía conexión de internet. Y como pueden ver, tienen mucho detalle.

19 de enero de 2011

Nuevo libro de Biogeografía: Biogeografia da América do Sul - Padrões e Processos


Hola a todos... en esta entrada encontrarán la información sobre un nuevo libro de Biogeografía para Suramerica (publicado por la Editora Roca)





Apresentação: Claudio José Barros de Carvalho & Eduardo A. B. Almeida
Prefácio: Nelson Papavero
Parte I: Histórico e Conceitos
Capítulo 1 – Evolução geológica da América do Sul nos últimos 250 milhões de anos: Ernesto Lavina & Gerson Fauth
Capítulo 2 – América do Sul e a geografia da vida: uma comparação de algumas propostas de regionalização: Juan José Morrone
Capítulo 3 – Áreas de endemismo: Claudio José Barros de Carvalho
Capítulo 4 – A lógica da Biogeografia de Vicariância: Eduardo A. B. Almeida & Charles Morphy D. dos Santos
Parte II: Métodos e aplicações
Capítulo 5 – Introdução à Panbiogeografia: método e síntese: John Grehan
Capítulo 6 – Biogeografia Cladística: Silvio Shigueo Nihei
Capítulo 7 – Modelos de eventos para reconstrução biogeográfica: Eduardo A. B. Almeida
Capítulo 8 – Filogeografia: Felipe de Mello Martins & Marcus Vinicius Domingues
Capítulo 9 – Macroecologia e mudanças climáticas: José Alexandre Felizola Diniz Filho & Miguel Bastos Araújo
Capítulo 10 – Conservação da biodiversidade e a Biogeografia Histórica: Peter Löwenberg-Neto
Parte III: Evolução espacial da região
Capítulo 11 – Evolução da Região Andina da América do Sul: Paula Posadas & Edgardo Ortiz-Jaureguizar
Capítulo 12 – Padrões e processos biogeográficos na Amazônia: José Maria Cardoso da Silva & Adrian Garda
Capítulo 13 – Evolução da biota da diagonal de formações abertas secas da América do Sul: Fernando César Vieira Zanella
Capítulo 14 – A história biogeográfica da Mata Atlântica: opiliões (Arachnida) como modelo para sua inferência: Márcio Bernardino daSilva & Ricardo Pinto-da-Rocha
Parte IV: Padrões e processos – estudos de casos
Capítulo 15 – A caatinga no contexto de uma metacomunidade: evidências da biogeografia, padrões filogenéticos e abundância de espécies em Leguminosas: Domingos Benício Oliveira Silva Cardoso & Luciano Paganucci de Queiroz
Capítulo 16 – Biogeografia dos peixes de água doce da América do Sul: Alexandre Cunha Ribeiro; Flávio César Thadeo de Lima & Naércio A. Menezes
Capítulo 17 – Biogeografia de Muscidae (Diptera) na região Neotropical e Andina: Claudio José Barros de Carvalho & Márcia Souto Couri
Glossário