TNT el mejor programa de parsimonia

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jueves, 10 de marzo de 2011

Morfometría y Filogenia

En este tutorial, les mostrare como pasar de una matriz TPS del tipo:

LM=18
619 154
303 206
42 209
24 188
24 162
33 146
47 129
79 101
132 80
208 59
276 48
564 125
594 148
392 177
171 183
272 161
188 134
338 121
ID=AN1

A una matriz que puede utilizarse en TNT:

xread
'datos de mosquitos tomados de TPSTree'
1 11
& [ landmark 2d]
ANOPHELES 619,154 303,206 42,209 24,188 24,162 33,146 47,129 79,101 132,80
.
.
;

Con esta última, podremos obtener filogenias a partir de datos morfométricos.



Para hacer un analisis cladístico con landmarks. Tienen que descargar el script landsch.run.

Aqui les van los videos:

Parte1


Parte2


Parte3


Tambien es importante resaltar que en el ejemplo anterior, los datos morfométricos no fueron alineados (rotación, traslación y escalado a la talla centroide). En estos otros videos explicaremos como hacer esto.. y a su vez como nos quedaría la nueva matriz:

Parte4


Parte5


De esta forma al utilizar TnT + el script "landsch.run" obtenemos un cladograma:

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