Matrices morfométricas 2D y 3D

En esta entrada les traigo unas matrices para que puedan practicar los análisis filogenéticos (utilizando parsimonia) de datos continuos, particularmente puntos anatómicos de referencia (=landmarks).

El programa TNT admite matrices de landmarks en dos (X,Y) y en tres (X,Y,Z) dimensiones:

Esta es una matriz 2D (Sneath.tnt), para cuatro géneros de Hominidos:

Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run























Esta es una matriz 3D (Caiman_3D.tnt), basada en un articulo sobre ontogenia en Cocodrilia:

















Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run

Esta es una matriz 3D (Cercocebus_3D.tnt), basada en un articulo sobre dimorfismo en Cercocebus:

Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run

Dos Latinos galardonados con el premio GBIF "E. Nielsen"

Aquí les coloco parte de la información tomada de la página (GBIF):

Two biogeographers were selected to receive the €4,000 Young Researchers Award, presented annually to biodiversity informatics students enrolled in a master’s or doctoral programme at universities in countries which are GBIF Participants.

Salvador Arias, a PhD student at the Universidad Nacional de Tucumán in Argentina, developed the Vicariance Inference Programme (VIP), which uses georeferenced data to explore the splitting of the geographical ranges of groups of organisms because of barriers to gene flow or species movement. Arias plans to process GBIF-mediated data through the VIP to formulate hypotheses on how species distributions have changed over time.

Elkin Tenorio Moreno is a master’s student at the Department of Biological Sciences, Universidad de los Andes in Colombia. He plans to use the award to analyse dispersal patterns of Amazonian and Andean birds across climatic and geographic barriers, generating climatic niche models for over 500 bird species using GBIF-mediated data from natural history collections.

Leonard Krishtalka added, “Salvador Arias’ and Elkin Tenorio’s investigations embody the innovation and originality called for in the GBIF Young Researchers Award. Arias’ doctoral research project will affect biodiversity science worldwide in developing an analytical tool for modelling the spatial distribution of animals and plants using GBIF-served biodiversity data. Tenorio, the first master’s student to receive the YRA, will investigate how the dispersal ability of birds affects their numbers of species and evolutionary potential.”

 

 

 

Felicitaciones a Salvador y Elkin... !!!

Áreas de Endemismo de Venezuela

Esta entrada fue inspirada en este trabajo:

Szumik et al. 2011. Detecting areas of endeminm with a taxonomically diverse data set: plants, mammals, reptiles, amphibians, birds, and insects from Argentina. Cladistics 1-13.

En Venezuela existen varias propuestas de áreas de Endemismo, sin embargo en cada caso han sido postuladas para grupos particulares: Peces, Reptiles, Mamíferos o Insectos. Por ello, el presente estudio (preliminar) pretende realizar un análisis con datos de diversos grupos taxonómicos.

La matriz realizada contempla 8964 bioregistros y 1292 especies de: Anfibios, Reptiles, Mamíferos, Aves e Insectos:

 En NDM, se utilizó la opción AUTO para construir cuadriculas de 0,58° x 0,58°; también fue considerado el relleno especial. Posteriormente se generó la matriz:

Para este tamaño de cuadriculas, se obtuvieron 194 áreas. Aquí les muestro algunas de ellas:

En este caso se presenta el Consenso a partir del 70% de similaridad de especies que integran el área.

En lineas generales, existen áreas con elevados índices de endemicidad: Andes y Cordillera Central de La Costa. Un análisis posterior con cuadriculas más pequeñas reveló áreas de endemismo similares, pero con mayor índice de endemicidad para las áreas al Sur del país. 

En una próxima entrada tratare de disponer de bioregistros de grupos de plantas.

Megafilogenias: ¿Quién y cómo lo hicieron?

¿Existe un record para la filogenia de mayores dimensiones posible?

Imaginen el Record Mundial Guinnes para la filogenia que contemple el mayor número de taxa posibles (Megafilogenia):

Ya existe un record:

Goloboff, P.A., Catalano, S.A., Mirande, J.M., Szumik, C.A., Arias, J.S., Kallersjo, M., Farris, J.S., 2009. Phylogenetic analysis of 73 060 taxa corroborates major eukaryotic groups. Cladistics 25, 211– 230.

Esto no implica que hasta el 2009 no se realizaran megafilogenias. Sin  embargo, este es el estudio de mayores dimensiones (taxa y caracteres) conocido hasta el momento. 

Recientemente, Goloboff y Catalano (2012) publicaron un articulo donde se explica como puede prepararse una matriz de tales dimensiones:

              Este es el manual de GB-to-TnT: GB2TNT_MANUAL.pdf 

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El año pasado, tuvimos la visita del Dr. Pablo Goloboff, durante el Congreso Venezolano de Entomología. En su Charla nos mostró algunos de los avances que permitieron realizar esta Megafilogenia. Aquí les dejo la presentación:

Venezuela_2011.ppt

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Mapas base para NDM (8)

Esta entrada contempla un mapa base del Neártico y Neotrópico. Es uno de los primeros que hice... pero hasta el momento no lo había colocado en el blog.

Este es el vínculo para el archivo XYD.

Espero les sirva!

Mapas base para NDM (7)

Esta entrada contiene el mapa base (map line) para NDM del Continente Africano

Formato xyd (xyData)

Formato shp (Shapefile)


Les recuerdo (tomado del Manual de NDM) en que consiste el comando "map line":

"En este tipo de matrices VNDM permite poner de fondo los límites de un mapa. Esto se logra incluyendo al final del archivo:   

                                      map 
                                      line 
                                      66.217 21.767
                                      66.183 21.783
                                      66.167 21.800
                                      66.117 21.817
                                      66.067 21.833
                                      66.050 21.850
                                      66.050 21.867
                                      66.050 21.883

Cada línea (máximo 300 líneas) del mapa puede tener  hasta 5000 referencias planas. Nótese que si se termina de definir la península de Yucatán y se pasa a la costa occidental de México debe definirse una nueva línea, sino ese salto aparecerá dibujado también en el mapa. También es posible editar las líneas en modo gráfico y salvar posteriormente las coordenadas resultantes."

Ahora que el mapa base esta disponible, sería interesante realizar un analisis de endemismo con NDM para el Continente Africano. Asi podrían compararse los resultados con otros estudios.